TkA01G564460 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA01G564460

当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 141954231-141959743 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2178 bp · TkA01G564460|TK1151|cDNA

GTGTTTAGGGTCGAAGGTGGAATCCCTCCTCTTGTTGAATTGCTTGAATTCATTGATGCAAAGGTGCAGAGAGCTGCTGCAGGAGCCCTCCGTACCCTAGCTTTCAAAAATGATGAAAACAAAACTCAGATAGTGGACTGTAATGCTTTACCTACTCTTATATTAATGCTCCGGTCTGAAGATGCTGCAATTCACTATGAAGCAGTTGGTGTGATTGGGAATCTTGTTCATTCATCCCCAAACATAAAGAAAGAAGTTCT...

CDS

下载 CDS FASTA

2118 bp · TkA01G564460|TK1151|CDS

ATGGAGAACAAGAAACGCCATGAACAACCTACAAACTCCGTGAGAAGAAGTTTGAAGAGGAAGCTGGAGGACGAATTCATCGTGGATCGAAAGATCACCTCATCTGATGACGCGGCTCAACAAGATCTAGTATCTGAAGTTCGTGCTCAGGTCGAAATCCTCGACTCTACCTTTTCATCGATCGAAGCGGATCGTGCTCTAGTCAAACGTTCAATTCATATCCTCTCCGAGCTCGCGAAGAACGAGGATATCGTGAATTT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

705 aa · TkA01G564460|TK1151|PROTEIN

MENKKRHEQPTNSVRRSLKRKLEDEFIVDRKITSSDDAAQQDLVSEVRAQVEILDSTFSSIEADRALVKRSIHILSELAKNEDIVNLIVESGAVPALVRHLQAPQSKEDVAGPRPYEHEVEKGSAFTLGLLAIKPEHQQLIVDAGALPHLVALLKRHRDGQTSRAVNGVIRRAADAITNLAHENSSIKTRVRVEGGIPPLVELLEFIDAKVQRAAAGALRTLAFKNDENKTQIVDCNALPTLILMLRSEDAAIHYEAVGV...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA01G564460`
TK1151 ID	TkA01G564460
OH-1004 ID	LXL04_001052
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	99.900
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA01G564460

位置 Chr01:141954231-141959743 (-)

描述 Similar to ARIA: ARM REPEAT PROTEIN INTERACTING WITH ABF2

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g19330`	可能作为 E3 泛素蛋白连接酶复合体 (CUL3-RBX1-BTB) 的底物特异性适配器，介导目标蛋白的泛素化及随后通过蛋白酶体降解 (通过相似性推测)。	ARIA, an Arabidopsis arm repeat protein interacting with a transcriptional regulator of abscisic acid-responsive gene expression, is a novel abscisic acid signaling component.2004 · DOI: 10.1104/pp.104.049189
`At5g13060`	可能作为 E3 泛素蛋白连接酶复合体 (CUL3-RBX1-BTB) 的底物特异性适配器，介导目标蛋白的泛素化及随后通过蛋白酶体降解 (通过相似性推测)。	ABAP1 is a novel plant Armadillo BTB protein involved in DNA replication and transcription.2008 · DOI: 10.1038/emboj.2008.191

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_001052 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000011 vacuole inheritance 生物过程

GO:0000045 autophagosome assembly 生物过程

GO:0000425 pexophagy 生物过程

GO:0006261 DNA-templated DNA replication 生物过程

GO:0008285 negative regulation of cell population proliferation 生物过程

GO:0009651 response to salt stress 生物过程

GO:0009737 response to abscisic acid 生物过程

GO:0010187 negative regulation of seed germination 生物过程

GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程

GO:0034517 ribophagy 生物过程

GO:0034727 piecemeal microautophagy of the nucleus 生物过程

GO:0042127 regulation of cell population proliferation 生物过程

KEGG 基因交叉引用

aor:AO090113000014

ath:AT5G13060

ath:AT5G19330

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.557

排名 1 · TkA01G564460 · TK1151

细胞核0.386

排名 2 · TkA01G564460 · TK1151

细胞膜0.110

排名 3 · TkA01G564460 · TK1151

线粒体0.054

排名 4 · TkA01G564460 · TK1151

内质网0.054

排名 5 · TkA01G564460 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF11881SPAR_C4-47 aa

PF25598ARM_PUB39-102 aa

PF03224V-ATPase_H_N45-103 aa

PF24768ARM_ARMC552-161 aa

PF30701ARMC655-110 aa

PF30699ARM_GAC_257-109 aa

PF11841ELMO_ARM59-106 aa

PF01602Adaptin_N60-87 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA01G564460	`PF11881`	SPAR_C	4	47	0.34	11.4
TkA01G564460	`PF25598`	ARM_PUB	39	102	7.7e-13	49.2
TkA01G564460	`PF03224`	V-ATPase_H_N	45	103	7.2e-07	29.7
TkA01G564460	`PF24768`	ARM_ARMC5	52	161	2.4e-23	83.7
TkA01G564460	`PF30701`	ARMC6	55	110	3.5e-12	46.4
TkA01G564460	`PF30699`	ARM_GAC_2	57	109	1.3e-05	24.5
TkA01G564460	`PF11841`	ELMO_ARM	59	106	5.1e-05	23.9
TkA01G564460	`PF01602`	Adaptin_N	60	87	3e-09	36.7
TkA01G564460	`PF28415`	SIL1_FES1_HPBP1_C	65	106	5e-11	43.2
TkA01G564460	`PF04826`	Arm_2	72	99	0.04	14.1
TkA01G564460	`PF26524`	ARM_7	80	99	0.00063	19.9
TkA01G564460	`PF30746`	TMCO6	83	103	9.9e-05	21.9
TkA01G564460	`PF00514`	Arm	85	105	6.2e-48	160.1
TkA01G564460	`PF13646`	HEAT_2	92	101	2.5e-11	44.4
TkA01G564460	`PF28415`	SIL1_FES1_HPBP1_C	118	159	5e-11	43.2
TkA01G564460	`PF13513`	HEAT_EZ	123	155	1.1e-09	39.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`B9DHT4`	拟南芥	sp\|B9DHT4\|ARIA_ARATH ARM REPEAT PROTEIN INTERACTING WITH ABF2	78.900%	Swiss-Prot	高置信
`B7U179`	拟南芥	sp\|B7U179\|ABAP1_ARATH ARMADILLO BTB ARABIDOPSIS PROTEIN 1	66.000%	Swiss-Prot	高置信

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