TkA01G561850 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA01G561850

当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 141296550-141297302 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

753 bp · TkA01G561850|TK1151|cDNA

ATGCAAGTCTACGAAGGCTTAGACATCGTCACCAACAAAATCACCGACGAAGAAAGCGATAGCGTGCCTCACCACCTCATCGGAATCGTAGATCCCGAAGCCGATTTCACCTCCTCTGACTTCGTCAGCACCTCATCAGTCGCAATGAAATCCATCATCGGTAGAAACAAGCTCCCGATTATCGCCGGAGGATCGAACTCCTTCATCGAAGCATTGGTTGATGACCGGAATTACGAGTTCCAGTCGAGTTACGACGTTTG...

CDS

下载 CDS FASTA

753 bp · TkA01G561850|TK1151|CDS

ATGCAAGTCTACGAAGGCTTAGACATCGTCACCAACAAAATCACCGACGAAGAAAGCGATAGCGTGCCTCACCACCTCATCGGAATCGTAGATCCCGAAGCCGATTTCACCTCCTCTGACTTCGTCAGCACCTCATCAGTCGCAATGAAATCCATCATCGGTAGAAACAAGCTCCCGATTATCGCCGGAGGATCGAACTCCTTCATCGAAGCATTGGTTGATGACCGGAATTACGAGTTCCAGTCGAGTTACGACGTTTG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

250 aa · TkA01G561850|TK1151|PROTEIN

MQVYEGLDIVTNKITDEESDSVPHHLIGIVDPEADFTSSDFVSTSSVAMKSIIGRNKLPIIAGGSNSFIEALVDDRNYEFQSSYDVCFLWVDVAMPVLQQFVSDRVNRMVAAGMVDEVRKLFNPNSDYSKGIRRAIGVPEFDSFFRSEYSSSTDENLRSKLLESAINETKINTCKLACRQLRKIQRLKNIKGWKIHRLDATKAFQQKRQTRRRCMGGAGGGRDPPSSATSSMNLIIHKVLPPLHQTAAGR

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA01G561850`
TK1151 ID	TkA01G561850
OH-1004 ID	LXL04_001090
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 82.400 / OH-1004 53.368 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA01G561850

位置 Chr01:141296550-141297302 (+)

描述 Similar to IPT3: Adenylate isopentenyltransferase 3, chloroplastic

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g63110`	参与细胞分裂素生物合成。	暂无已核实直接文献
`At5g19040`	参与细胞分裂素生物合成。	暂无已核实直接文献
`At3g23630`	参与细胞分裂素生物合成。	暂无已核实直接文献
`At1g68460`	参与细胞分裂素生物合成。	Roles of Arabidopsis ATP/ADP isopentenyltransferases and tRNA isopentenyltransferases in cytokinin biosynthesis.2006 · DOI: 10.1073/pnas.0603522103

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_001090 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006400 tRNA modification 生物过程

GO:0009691 cytokinin biosynthetic process 生物过程

GO:0009860 pollen tube growth 生物过程

GO:0034265 isopentenyl adenine biosynthetic process 生物过程

GO:0080117 secondary growth 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0009536 plastid 细胞组分

GO:0031965 nuclear membrane 细胞组分

GO:0005524 ATP binding 分子功能

GO:0009824 AMP dimethylallyltransferase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ag:AAS94327

ath:AT1G68460

ath:AT3G23630

ath:AT3G63110

ath:AT5G19040

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.468

排名 1 · TkA01G561850 · TK1151

细胞核0.338

排名 2 · TkA01G561850 · TK1151

质体0.161

排名 3 · TkA01G561850 · TK1151

线粒体0.095

排名 4 · TkA01G561850 · TK1151

过氧化物酶体0.060

排名 5 · TkA01G561850 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF01715IPPT2-76 aa

PF31070DUF880144-100 aa

PF01715IPPT80-182 aa

PF31070DUF8801141-163 aa

PF31257PBS2_N201-243 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA01G561850	`PF01715`	IPPT	2	76	6e-37	128.3
TkA01G561850	`PF31070`	DUF8801	44	100	0.0052	17.1
TkA01G561850	`PF01715`	IPPT	80	182	6e-37	128.3
TkA01G561850	`PF31070`	DUF8801	141	163	0.0052	17.1
TkA01G561850	`PF31257`	PBS2_N	201	243	0.22	12.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q93WC9`	拟南芥	sp\|Q93WC9\|IPT3_ARATH Adenylate isopentenyltransferase 3, chloroplastic	55.500%	Swiss-Prot	高置信
`Q94ID2`	拟南芥	sp\|Q94ID2\|IPT5_ARATH Adenylate isopentenyltransferase 5, chloroplastic	58.900%	Swiss-Prot	高置信
`Q94ID1`	拟南芥	sp\|Q94ID1\|IPT7_ARATH Adenylate isopentenyltransferase 7, mitochondrial	51.700%	Swiss-Prot	高置信
`Q94ID3`	拟南芥	sp\|Q94ID3\|IPT1_ARATH Adenylate isopentenyltransferase 1, chloroplastic	41.600%	Swiss-Prot	中等置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情