TkA01G561260 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA01G561260

当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 141136209-141137528 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

780 bp · TkA01G561260|TK1151|cDNA

GATATCGTAAACAGCGCATGGGACCCACGCATCGACGTGCTATTCTTCTCTGAAACCACCGCCATATTCCCAGCCGGAAAGTTCAGGGACTTCATTCTTGACGTTAAGAAGTTGCGAGACCTAAATCCGGACAAATTTTGTGGCATCGACATCTACAACGGACTTCTAATACGATTCATCAGGGCATCAACAACGTATTTAGGTCAATCTACAGATTCGGTGGTGGTCGACTTCAATTACTATCGAGCAGACTCGGGAAC...

CDS

下载 CDS FASTA

780 bp · TkA01G561260|TK1151|CDS

GATATCGTAAACAGCGCATGGGACCCACGCATCGACGTGCTATTCTTCTCTGAAACCACCGCCATATTCCCAGCCGGAAAGTTCAGGGACTTCATTCTTGACGTTAAGAAGTTGCGAGACCTAAATCCGGACAAATTTTGTGGCATCGACATCTACAACGGACTTCTAATACGATTCATCAGGGCATCAACAACGTATTTAGGTCAATCTACAGATTCGGTGGTGGTCGACTTCAATTACTATCGAGCAGACTCGGGAAC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

259 aa · TkA01G561260|TK1151|PROTEIN

DIVNSAWDPRIDVLFFSETTAIFPAGKFRDFILDVKKLRDLNPDKFCGIDIYNGLLIRFIRASTTYLGQSTDSVVVDFNYYRADSGTTPRLNQDVMEEVEQMAFVKYGARPHWAKNRKVAFSKVEKKYEGFNGFVAAKMKLDPNDVFSSESSDELLFGRKGENDFDGCGLEGECVCSEHRHCSPTNGYFVDLGLFTKKHVFVDIHHHHSQMSIWVCFFVDIHHHHSQRKHVLLVDVLPLSNNKFPNNLGSILREKKFKV

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA01G561260`
TK1151 ID	TkA01G561260
OH-1004 ID	LXL04_015610
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	91.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 76.448 / OH-1004 34.310 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA01G561260

位置 Chr01:141136209-141137528 (+)

描述 Similar to GULLO3: L-gulonolactone oxidase 3

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g11540`	催化 L-古洛糖-1,4-内酯氧化为抗坏血酸。	暂无已核实直接文献
`At2g46740`	催化 L-古洛糖-1,4-内酯氧化为抗坏血酸。	暂无已核实直接文献
`At2g46760`	可能参与抗坏血酸的生物合成。	暂无已核实直接文献
`At2g46750`	催化 L-古洛糖-1,4-内酯氧化为抗坏血酸。	The contribution of Arabidopsis homologs of L-gulono-1,4-lactone oxidase to the biosynthesis of ascorbic acid.2010 · DOI: 10.1271/bbb.100157
`At5g56470`	可能参与抗坏血酸的生物合成。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_015610 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0019853 L-ascorbic acid biosynthetic process 生物过程

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0005773 vacuole 细胞组分

GO:0009505 plant-type cell wall 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0016020 membrane 细胞组分

GO:0003885 D-arabinono-1,4-lactone oxidase activity 分子功能

GO:0016491 oxidoreductase activity 分子功能

GO:0050105 L-gulonolactone oxidase activity 分子功能

GO:0071949 FAD binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G32300

ath:AT2G46740

ath:AT2G46750

ath:AT2G46760

ath:AT5G11540

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

内质网0.282

排名 1 · TkA01G561260 · TK1151

溶酶体／液泡0.258

排名 2 · TkA01G561260 · TK1151

细胞外0.237

排名 3 · TkA01G561260 · TK1151

细胞质0.140

排名 4 · TkA01G561260 · TK1151

细胞膜0.077

排名 5 · TkA01G561260 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF04030ALO57-150 aa

PF22906GULLO2-like_3rd166-193 aa

PF17492D_CNTX166-189 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA01G561260	`PF04030`	ALO	57	150	2.6e-11	44.5
TkA01G561260	`PF22906`	GULLO2-like_3rd	166	193	4e-11	43.1
TkA01G561260	`PF17492`	D_CNTX	166	189	0.42	11.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LYD8`	拟南芥	sp\|Q9LYD8\|GGLO3_ARATH L-gulonolactone oxidase 3	64.800%	Swiss-Prot	高置信
`O81030`	拟南芥	sp\|O81030\|GGLO5_ARATH L-gulonolactone oxidase 5	43.100%	Swiss-Prot	中等置信
`O81032`	拟南芥	sp\|O81032\|GGLO6_ARATH Probable L-gulonolactone oxidase 6	43.700%	Swiss-Prot	中等置信
`Q6NQ66`	拟南芥	sp\|Q6NQ66\|GGLO2_ARATH L-gulonolactone oxidase 2	42.200%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9FM84`	拟南芥	sp\|Q9FM84\|GGLO7_ARATH Probable truncated L-gulonolactone oxidase 7, mitochondrial	42.000%	Swiss-Prot	中等置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情