TkA01G548710 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA01G548710

当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 137830138-137835425 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3824 bp · TkA01G548710|TK1151|cDNA

GTTTATACGAATTTGCTACGAAATCAGTTTGGAAATTACCATAATACCCATTGTACAGTACAAATACCCTCATCTTCTGTAGATTTTAGGGTTCTTGCTCTTCAAGCCGAAGCCCTCAAACCTTCTTTCTTCCTCTGTTCATCACCCCAAAGTCATCCAATTTATACGTCGATATAAATTAACACAATGCATCATCCTAATTGATAATTCTTTCTTCCGTATATGTTTTATTTCACACTCCAAACCCTATCAAAATCTCA...

CDS

下载 CDS FASTA

3279 bp · TkA01G548710|TK1151|CDS

ATGCAGATATTGAATTCGGAAGAAGCAGTAGTTGTTCCAACTGATAACCATGATTGCACCACCACCGCAACCGAAAACATCGAAGAAGAGTTGGAGGAGAACTCGAATGTAGAATCCGCAATCGATGCTTCTGGAAAGACTTTGGATCTTCAGGTTTTGGATGAGAGGAGGCTTAGTGATGGTGATAACTCTTCAATAGAGGGTTTATACGTGTACAAAAATACGTTCAATTTGATTCCTCGATCGGTAGGGGGTTTGGT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1092 aa · TkA01G548710|TK1151|PROTEIN

MQILNSEEAVVVPTDNHDCTTTATENIEEELEENSNVESAIDASGKTLDLQVLDERRLSDGDNSSIEGLYVYKNTFNLIPRSVGGLVRLKTLKFFGNEVNLFPSEFGNLVNLERLQVKISLPGLTGLPLQKLKALKELELSKAPPRPSAFPLLGDIMGLERLTKLSVCHFSIRYLPPEIGCLTCLEYLDLSHNKMRNLPTEISNLSALITLKVTNNKLIEIPTALSSLQRLENLDLSNNRLTSLGSLELDTMHNLRRLNL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA01G548710`
TK1151 ID	TkA01G548710
OH-1004 ID	LXL04_001301
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	97.600
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA01G548710

位置 Chr01:137830138-137835425 (+)

描述 Similar to scrib: Protein lap4

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g24360`	丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶，可磷酸化丝氨酸、苏氨酸和酪氨酸残基上的蛋白质。	Genome-wide analysis and experimentation of plant serine/ threonine/tyrosine-specific protein kinases.2006 · DOI: 10.1007/s11103-005-4109-7

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_001301 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000902 cell morphogenesis 生物过程

GO:0001708 cell fate specification 生物过程

GO:0006611 protein export from nucleus 生物过程

GO:0007118 budding cell apical bud growth 生物过程

GO:0007163 establishment or maintenance of cell polarity 生物过程

GO:0008285 negative regulation of cell population proliferation 生物过程

GO:0030100 regulation of endocytosis 生物过程

GO:0035088 establishment or maintenance of apical/basal cell polarity 生物过程

GO:0035556 intracellular signal transduction 生物过程

GO:0043113 receptor clustering 生物过程

GO:0045175 basal protein localization 生物过程

GO:0045186 zonula adherens assembly 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ddi:DDB_G0278863

dme:Dmel_CG43398

sce:YHR102W

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.540

排名 1 · TkA01G548710 · TK1151

细胞核0.361

排名 2 · TkA01G548710 · TK1151

细胞膜0.121

排名 3 · TkA01G548710 · TK1151

高尔基体0.073

排名 4 · TkA01G548710 · TK1151

线粒体0.065

排名 5 · TkA01G548710 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13855LRR_863-98 aa

PF00560LRR_166-86 aa

PF23598LRR_1476-165 aa

PF14580LRR_987-140 aa

PF12799LRR_488-117 aa

PF00560LRR_188-109 aa

PF25019LRR_R13L1-DRL2188-142 aa

PF13855LRR_8104-141 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA01G548710	`PF13855`	LRR_8	63	98	1.9e-11	44.2
TkA01G548710	`PF00560`	LRR_1	66	86	5.4e-06	26.2
TkA01G548710	`PF23598`	LRR_14	76	165	6.3e-19	68.7
TkA01G548710	`PF14580`	LRR_9	87	140	0.0021	18.4
TkA01G548710	`PF12799`	LRR_4	88	117	1.2e-12	48.3
TkA01G548710	`PF00560`	LRR_1	88	109	5.4e-06	26.2
TkA01G548710	`PF25019`	LRR_R13L1-DRL21	88	142	0.035	14.7
TkA01G548710	`PF13855`	LRR_8	104	141	1.9e-11	44.2
TkA01G548710	`PF24048`	LRR_NXF1-5	105	142	4.4	7.7
TkA01G548710	`PF12799`	LRR_4	128	141	1.2e-12	48.3
TkA01G548710	`PF23211`	LRR_LRWD1	129	142	4.4e-05	24.0
TkA01G548710	`PF24758`	LRR_At5g56370	130	196	0.068	13.5
TkA01G548710	`PF23598`	LRR_14	154	265	6.3e-19	68.7
TkA01G548710	`PF23952`	LRR_EndoS	155	239	0.00016	22.5
TkA01G548710	`PF25019`	LRR_R13L1-DRL21	160	214	0.035	14.7
TkA01G548710	`PF12799`	LRR_4	161	203	1.2e-12	48.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9ZQ31`	拟南芥	sp\|Q9ZQ31\|STY13_ARATH Serine/threonine-protein kinase STY13	30.800%	Swiss-Prot	低置信

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