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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA01G504110
当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 126215715-126216149 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

435 bp · TkA01G504110|TK1151|cDNA

ATGTATGTAGCTACCTCATTAGTCGACATGTACTCGAAACTGGGGCAGATGAACTGTGCACAGAAAGTGTTCGATGAAATGCCTGAAAGAAGTCAAGTTTCTTGGACCGCATTAGTCAGTGGGTATGCAAAATACGGACAAATAGACAATGCAAGGATGTTTTTCGACCAGATGCCTAAGAAAGATACGCCGGCATATAACGCAATGATCGATGCTTATGTCAAAATAGGTGACATGACAAATGCTAGTAGTTTATTCAA...

CDS

下载 CDS FASTA

435 bp · TkA01G504110|TK1151|CDS

ATGTATGTAGCTACCTCATTAGTCGACATGTACTCGAAACTGGGGCAGATGAACTGTGCACAGAAAGTGTTCGATGAAATGCCTGAAAGAAGTCAAGTTTCTTGGACCGCATTAGTCAGTGGGTATGCAAAATACGGACAAATAGACAATGCAAGGATGTTTTTCGACCAGATGCCTAAGAAAGATACGCCGGCATATAACGCAATGATCGATGCTTATGTCAAAATAGGTGACATGACAAATGCTAGTAGTTTATTCAA...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

144 aa · TkA01G504110|TK1151|PROTEIN

MYVATSLVDMYSKLGQMNCAQKVFDEMPERSQVSWTALVSGYAKYGQIDNARMFFDQMPKKDTPAYNAMIDAYVKIGDMTNASSLFNKMLDKNVVSWTTMIDGYCNHGDIATARKLFNTMPHKNLVSWNAMIKGYYKINNQTRH

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA01G504110
TK1151 IDTkA01G504110
OH-1004 IDLXL04_001847
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)100.000
蛋白覆盖度 (%)TK1151 25.000 / OH-1004 5.902
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA01G504110
位置Chr01:126215715-126216149 (-)
描述Similar to PCMP-E9: Pentatricopeptide repeat-containing protein At2g44880
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At2g44880 含五重复肽序列的蛋白 At2g44880。 暂无已核实直接文献
At5g44230 含有五肽重复序列的蛋白 At5g44230。 暂无已核实直接文献
At2g13600 含五螺旋肽重复的蛋白 At2g13600。 暂无已核实直接文献
At4g37380 在叶绿体中的单 RNA 编辑事件中发挥重要作用。 暂无已核实直接文献
At1g50270 含五聚肽重复序列的蛋白At1g50270。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_001847 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006397 mRNA processing 生物过程
GO:0009451 RNA modification 生物过程
GO:0016556 mRNA modification 生物过程
GO:0031425 chloroplast RNA processing 生物过程
GO:1900865 chloroplast RNA modification 生物过程
GO:0005739 mitochondrion 细胞组分
GO:0005773 vacuole 细胞组分
GO:0009507 chloroplast 细胞组分
GO:0003723 RNA binding 分子功能
GO:0003729 mRNA binding 分子功能
GO:0008270 zinc ion binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G08070
ath:AT2G29760
ath:AT2G44880
ath:AT2G45350
ath:AT3G29230
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.586
排名 1 · TkA01G504110 · TK1151
质体0.223
排名 2 · TkA01G504110 · TK1151
细胞质0.067
排名 3 · TkA01G504110 · TK1151
细胞核0.053
排名 4 · TkA01G504110 · TK1151
过氧化物酶体0.015
排名 5 · TkA01G504110 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF17049AEP13-42 aa
PF25058ARM_TT213-27 aa
PF23556TPR_Vps413-61 aa
PF01535PPR5-30 aa
PF13041PPR_25-30 aa
PF12854PPR_15-27 aa
PF13812PPR_35-29 aa
PF24760TPR_IF140_C5-27 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA01G504110PF17049AEP13420.01914.8
TkA01G504110PF25058ARM_TT213270.1113.1
TkA01G504110PF23556TPR_Vps413610.1412.0
TkA01G504110PF01535PPR5306.7e-39130.1
TkA01G504110PF13041PPR_25301.3e-33115.6
TkA01G504110PF12854PPR_15271.5e-29102.1
TkA01G504110PF13812PPR_35291.3e-0835.5
TkA01G504110PF24760TPR_IF140_C5270.008317.2
TkA01G504110PF10602RPN76308.8e-0523.0
TkA01G504110PF13428TPR_147270.0001223.1
TkA01G504110PF14559TPR_197330.001619.4
TkA01G504110PF13181TPR_87250.02815.3
TkA01G504110PF10925DUF26807170.1812.7
TkA01G504110PF25064ARM_TT21_5th13600.113.6
TkA01G504110PF28946LvrA_C13430.2112.9
TkA01G504110PF22330Rib_mS39_PPR17474.1e-1247.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q1PEU4拟南芥sp|Q1PEU4|PP201_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At2g4488067.600%Swiss-Prot低置信
Q9FFG8拟南芥sp|Q9FFG8|PP417_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At5g4423057.100%Swiss-Prot低置信
Q9SIT7拟南芥sp|Q9SIT7|PP151_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At2g1360058.300%Swiss-Prot低置信
Q9SZT8拟南芥sp|Q9SZT8|PP354_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein ELI1, chloroplastic69.400%Swiss-Prot低置信
Q9SX45拟南芥sp|Q9SX45|PPR75_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g5027058.300%Swiss-Prot低置信

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