TkA01G436440 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA01G436440

当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 109041969-109047512 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2304 bp · TkA01G436440|TK1151|cDNA

AAAATAGAAACACCCCATGATGTTACATTTATTTTCATGTATGGAATAAGGAAGAAAGGAATGATACTAATTATATAACCGCCTTGGAGCTTGTTGCTGGAAAGAAATCCGTACTCTTCTGGAGTCAAAAAAGAACCCTTTTAAAATCCACTATTAATAAACATTCTTATTCCTTCAATTCTTTTCCATTTTTCGTTTCGCAGTTTCCGACGTCTGTGGGTTTGTGCCTCTCTGGGGTTTAATAATCATGGCGCAATCTC...

CDS

下载 CDS FASTA

1785 bp · TkA01G436440|TK1151|CDS

ATGGCGCAATCTCAACAACAACCGCCGACCATGGATGCTGATACAATGCTGGATGTTTATATTCTTGATTATCTCATGAAGAAAAACTATGGTAATTCCACAAAAGCATTTGAAGGTGAAGCAAAAGTACCTGCCAATGTTCGTGCCATTGATGCACCTCGTGGTTTCCTCTTCGAATGGTGGACGGTTTTTTGGGATACTTTTATTTCTAGATACAAGCGACATCAAGGCTCCATGGAACCTTCCAATGAGGTTGTTAG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

594 aa · TkA01G436440|TK1151|PROTEIN

MAQSQQQPPTMDADTMLDVYILDYLMKKNYGNSTKAFEGEAKVPANVRAIDAPRGFLFEWWTVFWDTFISRYKRHQGSMEPSNEVVRVPHQQQGGQHQSQSFNPNNVNIGKNPWIAEASTLMKQPVPPKQWFGDNTAFIMSHMNSIHQQPIEHQKQAMVPRHDINSLTNPMINPSAQLPEGIPTGPHGGINTMPLRGWPLTQHGLEQIQTRIHRQNEGQINPSNSMDRKRKQPMIPIGVPNTSLPPNAVGMFSNNSREVS...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA01G436440`
TK1151 ID	TkA01G436440
OH-1004 ID	LXL04_002605
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	98.700
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA01G436440

位置 Chr01:109041969-109047512 (+)

描述 Similar to LUG: Transcriptional corepressor LEUNIG

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g32551`	花分生组织发育早期阶段 C 类花同源异型基因 AGAMOUS 的 SEU-LUG 转录辅阻遏物的转录阻遏子亚基。	The rotunda2 mutants identify a role for the LEUNIG gene in vegetative leaf morphogenesis.2004 · DOI: 10.1093/jxb/erh165
`At2g32700`	可能作为转录共抑制复合体的亚基，抑制非生物胁迫相关基因的表达。	The Arabidopsis transcription factor LUH/MUM1 is required for extrusion of seed coat mucilage.2011 · DOI: 10.1104/pp.111.172023

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_002605 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0001666 response to hypoxia 生物过程

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006974 DNA damage response 生物过程

GO:0006979 response to oxidative stress 生物过程

GO:0009414 response to water deprivation 生物过程

GO:0009611 response to wounding 生物过程

GO:0009617 response to bacterium 生物过程

GO:0009620 response to fungus 生物过程

GO:0009624 response to nematode 生物过程

GO:0009733 response to auxin 生物过程

GO:0009793 embryo development ending in seed dormancy 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ana:alr3466

ath:AT2G32700

ath:AT4G32551

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.922

排名 1 · TkA01G436440 · TK1151

细胞质0.164

排名 2 · TkA01G436440 · TK1151

细胞膜0.024

排名 3 · TkA01G436440 · TK1151

线粒体0.012

排名 4 · TkA01G436440 · TK1151

内质网0.010

排名 5 · TkA01G436440 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF08513LisH16-41 aa

PF30097LisH_SSDP17-71 aa

PF24951LisH_PAC121-44 aa

PF23381Beta-prop_IFT122_1st281-372 aa

PF24807WD40_CDC20-Fz287-440 aa

PF24817WD40_WDHD1_1st293-387 aa

PF25178Beta-prop_WDR41300-430 aa

PF20426NBCH_WD40300-345 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA01G436440	`PF08513`	LisH	16	41	5.2e-06	26.9
TkA01G436440	`PF30097`	LisH_SSDP	17	71	5.2e-21	75.5
TkA01G436440	`PF24951`	LisH_PAC1	21	44	0.15	12.5
TkA01G436440	`PF23381`	Beta-prop_IFT122_1st	281	372	3e-46	158.7
TkA01G436440	`PF24807`	WD40_CDC20-Fz	287	440	5.5e-25	89.0
TkA01G436440	`PF24817`	WD40_WDHD1_1st	293	387	4.3e-29	102.3
TkA01G436440	`PF25178`	Beta-prop_WDR41	300	430	4.5e-06	26.4
TkA01G436440	`PF20426`	NBCH_WD40	300	345	0.073	12.6
TkA01G436440	`PF23411`	Beta-prop_Vps41	303	335	0.01	15.9
TkA01G436440	`PF23769`	Beta-prop_WDR75_2nd	304	385	0.00027	20.5
TkA01G436440	`PF25171`	Beta-prop_WDR36-Utp21_1st	305	438	4.3e-14	53.3
TkA01G436440	`PF23609`	Beta-prop_EIPR1	305	420	8.7e-14	52.3
TkA01G436440	`PF23393`	Beta-prop_WDR90_POC16_2nd	305	369	3.7e-12	46.8
TkA01G436440	`PF23098`	Beta-prop_NOL10_N	306	433	1.9e-09	37.8
TkA01G436440	`PF04762`	Beta-prop_ELP1_1st	308	334	0.067	12.8
TkA01G436440	`PF21031`	WDR54	310	395	0.07	13.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FUY2`	拟南芥	sp\|Q9FUY2\|LEUNG_ARATH Transcriptional corepressor LEUNIG	49.600%	Swiss-Prot	中等置信
`O48847`	拟南芥	sp\|O48847\|LUH_ARATH Transcriptional corepressor LEUNIG_HOMOLOG	41.100%	Swiss-Prot	中等置信

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