TkA01G420460 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA01G420460

当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 104995550-105001474 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3990 bp · TkA01G420460|TK1151|cDNA

AACAGTTCATAAATATGCAAATAAAATCCTTAAAATGATGGTTTGGAAATAACCCTAAAAAAAATCAACCCTAACTCTACTGCGGCAACAAGGGCATCTCTCCGTCTCTTCTATCGCGCGCCTACAAAGCCATCGTAACTTTGATGATTCCGGAGTCCAGAATGAATTGACGTAGAAATTTAATTCTGTGAAAGAAGCCCGACGAATTGTAACGATCTTGTTGAAACCCTTGTGGTAGTAGTATCAGGATCTGATGGAAG...

CDS

下载 CDS FASTA

1953 bp · TkA01G420460|TK1151|CDS

ATGGAAGACGATGATGAATTCGGGGATCTATACACCGATGTACTCCAGCCCCTTCAGATGTCGTCTGCACCTCCTCAGCAGCCGATACAATCAATACGGCAGCCGCCTAGTCGTTCGATCGATCTTAACGATAGAATTCCCAGCGATGACGAGGAGATTCTCTATGGTGCTAATAATTCAGGAAAGTTGAAATGCGATCAATCTGTTCTAAATCTGAATTTGAATAAAAGAGATGGAGCTGCAGAGAAGAATGAAACGTA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

650 aa · TkA01G420460|TK1151|PROTEIN

MEDDDEFGDLYTDVLQPLQMSSAPPQQPIQSIRQPPSRSIDLNDRIPSDDEEILYGANNSGKLKCDQSVLNLNLNKRDGAAEKNETYWGEEAAPPADSGGRVFGGSSGLVKVEDKGFEQDPNFLDDEKGEFSQIKEEVLEENFGIEDAGEEDEFLIPGLSSSGTRVLEGGAKEGDGGDDWDDSDSEDDLQIVLNDNTGAGIMGMDGGAGQDEEDDEDGDNLVIVTGDDDPNHQHHHPPMEDMQDWGEDPSQAAEGVGERR...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA01G420460`
TK1151 ID	TkA01G420460
OH-1004 ID	LXL04_015392
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	32.500
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 23.231 / OH-1004 11.493 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA01G420460

位置 Chr01:104995550-105001474 (+)

描述 Similar to FIPS3: FIP1[III]-like protein

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g58040`	必需基因。	暂无已核实直接文献
`At3g66652`	裂解和多腺苷酸化特异性因子（CPSF）复合物的组分，在前mRNA 3'-末端形成中起关键作用，识别AAUAAA信号序列，并与多腺苷酸化酶及其他因素相互作用，实现切割和多腺苷酸化添加。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_015392 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006396 RNA processing 生物过程

GO:0006397 mRNA processing 生物过程

GO:0006398 mRNA 3'-end processing by stem-loop binding and cleavage 生物过程

GO:0031124 mRNA 3'-end processing 生物过程

GO:0031440 regulation of mRNA 3'-end processing 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005654 nucleoplasm 细胞组分

GO:0005847 mRNA cleavage and polyadenylation specificity factor complex 细胞组分

GO:0016607 nuclear speck 细胞组分

GO:0003723 RNA binding 分子功能

GO:0030234 enzyme regulator activity 分子功能

GO:0042802 identical protein binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G66652

ath:AT5G58040

mmu:66899

pon:100172699

rno:289582

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.858

排名 1 · TkA01G420460 · TK1151

细胞质0.264

排名 2 · TkA01G420460 · TK1151

细胞膜0.045

排名 3 · TkA01G420460 · TK1151

内质网0.034

排名 4 · TkA01G420460 · TK1151

高尔基体0.017

排名 5 · TkA01G420460 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF05182Fip1337-342 aa

PF05182Fip1387-429 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA01G420460	`PF05182`	Fip1	337	342	1.7e-20	72.9
TkA01G420460	`PF05182`	Fip1	387	429	1.7e-20	72.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`F4KDH9`	拟南芥	sp\|F4KDH9\|FIPS5_ARATH FIP1[V]-like protein	45.000%	Swiss-Prot	中等置信
`F4JC20`	拟南芥	sp\|F4JC20\|FIPS3_ARATH FIP1[III]-like protein	61.200%	Swiss-Prot	低置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情