TkA01G411000 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA01G411000

当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 102526815-102527442 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

444 bp · TkA01G411000|TK1151|cDNA

ATGAAAGAGAAGAAAATTTCTAAACCCATTGCGGTTCAAGGCCTTATATATTGTAAATCCGGCGCTAAATTTATCCCACTTAAAGGAGCCACGGCAAGAATAACTTGTTTAGCAAGAAACCAAAAGGGATTGGAATTAGCACCATTCTCCGTCTCAAGTTGCCCAGCTGATGACAAGGGATACTTTTTAGCCAAACTGTCTCCTCCATCGACAAAGTATTTAAAGAATGCTCAGTGGGAGCTGAAAGAGTGCAAGGCGTT...

CDS

下载 CDS FASTA

444 bp · TkA01G411000|TK1151|CDS

ATGAAAGAGAAGAAAATTTCTAAACCCATTGCGGTTCAAGGCCTTATATATTGTAAATCCGGCGCTAAATTTATCCCACTTAAAGGAGCCACGGCAAGAATAACTTGTTTAGCAAGAAACCAAAAGGGATTGGAATTAGCACCATTCTCCGTCTCAAGTTGCCCAGCTGATGACAAGGGATACTTTTTAGCCAAACTGTCTCCTCCATCGACAAAGTATTTAAAGAATGCTCAGTGGGAGCTGAAAGAGTGCAAGGCGTT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

147 aa · TkA01G411000|TK1151|PROTEIN

MKEKKISKPIAVQGLIYCKSGAKFIPLKGATARITCLARNQKGLELAPFSVSSCPADDKGYFLAKLSPPSTKYLKNAQWELKECKAFLENSPLKDCKVPSDINGGVKGAHIISASYHRLLKNANLYSLDPFFYTSGKPEVGSHNKRY

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA01G411000`
TK1151 ID	TkA01G411000
OH-1004 ID	LXL04_002917
关系 / 置信度	序列支持，注释或模型存在差异 / 待复核
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 39.946 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA01G411000

位置 Chr01:102526815-102527442 (+)

描述 Similar to SRPP: Protein SEED AND ROOT HAIR PROTECTIVE PROTEIN

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g02270`	参与根毛和种子细胞壁结构的形成，特别是在磷（Pi）缺乏条件或乙烯存在时。	SRPP, a Cell Wall Protein is Involved in Development and Protection of Seeds and Root Hairs in Arabidopsis thaliana.2017 · DOI: 10.1093/pcp/pcx008 Enhancement of cell wall protein SRPP expression during emergent root hair development in Arabidopsis.2017 · DOI: 10.1080/15592324.2017.1368940 A cell-wall protein SRPP provides physiological integrity to the Arabidopsis seed.2019 · DOI: 10.1007/s10265-018-01083-6

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_002917 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009723 response to ethylene 生物过程

GO:0009826 unidimensional cell growth 生物过程

GO:0009832 plant-type cell wall biogenesis 生物过程

GO:0009873 ethylene-activated signaling pathway 生物过程

GO:0010054 trichoblast differentiation 生物过程

GO:0010286 heat acclimation 生物过程

GO:0016036 cellular response to phosphate starvation 生物过程

GO:0048316 seed development 生物过程

GO:0071365 cellular response to auxin stimulus 生物过程

GO:0071369 cellular response to ethylene stimulus 生物过程

GO:0072732 cellular response to calcium ion starvation 生物过程

GO:0080147 root hair cell development 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G54970

ath:AT3G62680

ath:AT4G02270

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞外0.800

排名 1 · TkA01G411000 · TK1151

细胞质0.089

排名 2 · TkA01G411000 · TK1151

内质网0.072

排名 3 · TkA01G411000 · TK1151

细胞膜0.045

排名 4 · TkA01G411000 · TK1151

溶酶体／液泡0.031

排名 5 · TkA01G411000 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF01190Pollen_Ole_e_112-113 aa

PF16852HHV-1_VABD52-72 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA01G411000	`PF01190`	Pollen_Ole_e_1	12	113	0.17	12.8
TkA01G411000	`PF16852`	HHV-1_VABD	52	72	0.19	12.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`O81417`	拟南芥	sp\|O81417\|SRPP_ARATH Protein SEED AND ROOT HAIR PROTECTIVE PROTEIN	45.700%	Swiss-Prot	中等置信

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