TkA01G409100 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA01G409100

当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 102093046-102094982 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1209 bp · TkA01G409100|TK1151|cDNA

AAAACACATTATTTCCGTACCCTATTCATTCCAAGTTCCCACCCAGAAATCTTGGTTGTTCGTCTCCGAAGAGAAGTCAAGGACCGTCGTAAGCGATCGTTAGTGCTATAGCAGCGCTCAACAATGGCGATGGCAACCACCATAAACAACGGAGACAAGGTAATGCTGCTAGAAGCTCCGCCATCTTCCCGGCCTTCTTGGTCCAGTAGTGCAGCGCAGATCGACGCATTGCCCTACATAGACGACGAATACGGCGACCC...

CDS

下载 CDS FASTA

762 bp · TkA01G409100|TK1151|CDS

ATGGCGATGGCAACCACCATAAACAACGGAGACAAGGTAATGCTGCTAGAAGCTCCGCCATCTTCCCGGCCTTCTTGGTCCAGTAGTGCAGCGCAGATCGACGCATTGCCCTACATAGACGACGAATACGGCGACCCCAAAGTGAAAGCGGAAGTTGACCGTTTAATTGAAGACGAGATGCGCCGCAGCTCTAAGAAACCCTCTGATTATCTCAAAGACCTCCCTCCTGTTGCCAAGTTTAATTTCGAGGATTATCCAAT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

253 aa · TkA01G409100|TK1151|PROTEIN

MAMATTINNGDKVMLLEAPPSSRPSWSSSAAQIDALPYIDDEYGDPKVKAEVDRLIEDEMRRSSKKPSDYLKDLPPVAKFNFEDYPMVAREYERVRSGKPMVPLDMSRYGLDIPPINKRNDESAWKQTLHKSQRLLHHQVIRLENLDLMSKYGADVWKQHNQRLEAFLSRMQAQAAELNEKIETVNRERKYHQQNTAYELNALSAQWKELCEKNIGIEAACLNIETYIEQLKAEAAERGWNLDINMENGSSLP

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA01G409100`
TK1151 ID	TkA01G409100
OH-1004 ID	LXL04_002992
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	99.200
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA01G409100

位置 Chr01:102093046-102094982 (+)

描述 Similar to MOS4: Pre-mRNA-splicing factor SPF27 homolog

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g18165`	MAC 复合体的组成部分，可能通过转录控制调节防御反应，因此对于植物先天免疫至关重要。	Regulation of plant innate immunity by three proteins in a complex conserved across the plant and animal kingdoms.2007 · DOI: 10.1101/gad.1559607

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_002992 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000375 RNA splicing, via transesterification reactions 生物过程

GO:0000380 alternative mRNA splicing, via spliceosome 生物过程

GO:0000398 mRNA splicing, via spliceosome 生物过程

GO:0006397 mRNA processing 生物过程

GO:0008380 RNA splicing 生物过程

GO:0030163 protein catabolic process 生物过程

GO:0042742 defense response to bacterium 生物过程

GO:0045087 innate immune response 生物过程

GO:0050832 defense response to fungus 生物过程

GO:0051225 spindle assembly 生物过程

GO:0097061 dendritic spine organization 生物过程

GO:0000974 Prp19 complex 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G18165

dre:493614

hsa:10286

mmu:68183

xtr:394520

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.828

排名 1 · TkA01G409100 · TK1151

细胞质0.234

排名 2 · TkA01G409100 · TK1151

细胞膜0.028

排名 3 · TkA01G409100 · TK1151

线粒体0.027

排名 4 · TkA01G409100 · TK1151

内质网0.014

排名 5 · TkA01G409100 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF05700BCAS232-237 aa

PF27720SSNA149-58 aa

PF05615THOC774-194 aa

PF25683URGCP_GTPase119-219 aa

PF03836IQGAP_helical120-233 aa

PF27720SSNA1121-137 aa

PF04632FUSC127-222 aa

PF02601Exonuc_VII_L129-209 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA01G409100	`PF05700`	BCAS2	32	237	1.1e-73	248.0
TkA01G409100	`PF27720`	SSNA1	49	58	2.7	8.9
TkA01G409100	`PF05615`	THOC7	74	194	0.012	16.6
TkA01G409100	`PF25683`	URGCP_GTPase	119	219	0.39	10.1
TkA01G409100	`PF03836`	IQGAP_helical	120	233	1.2	9.8
TkA01G409100	`PF27720`	SSNA1	121	137	2.7	8.9
TkA01G409100	`PF04632`	FUSC	127	222	1.0	8.6
TkA01G409100	`PF02601`	Exonuc_VII_L	129	209	0.98	9.5
TkA01G409100	`PF28907`	ZapB_rel	148	187	0.57	11.6
TkA01G409100	`PF28716`	PPi_PEPCK_C	154	194	0.22	13.2
TkA01G409100	`PF21865`	TLN1-like_RS	155	225	0.056	14.3
TkA01G409100	`PF27720`	SSNA1	158	230	2.7	8.9
TkA01G409100	`PF00435`	Spectrin	160	213	0.023	15.9
TkA01G409100	`PF28907`	ZapB_rel	204	236	0.57	11.6
TkA01G409100	`PF05615`	THOC7	205	234	0.012	16.6
TkA01G409100	`PF00435`	Spectrin	219	242	0.023	15.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q949S9`	拟南芥	sp\|Q949S9\|SPF27_ARATH Pre-mRNA-splicing factor SPF27 homolog	60.900%	Swiss-Prot	高置信

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