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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA01G358030
当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 88935445-88937085 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1455 bp · TkA01G358030|TK1151|cDNA

ATGCTTCGAGATTCAGTTGCACCATTGAATTATACCATCATTACGTTGCTCAAGGGTTTAGCTAGAGAAGCTAGATTAACACAGGGCGAGGTGGTACATGGACTTGTGTTAAAATGTGGGTTCGATACTGATATAATGGTCCAAAATTCGATGCTTGATTTGTTAATGAGATGTGAGAAACCCGATTTGGCTAGAGGCTTATTCTGTAAAATGCCTGATCGAAATGTCATTTCCTGGACCACCATTATACATGGTTACAT...

CDS

下载 CDS FASTA

1455 bp · TkA01G358030|TK1151|CDS

ATGCTTCGAGATTCAGTTGCACCATTGAATTATACCATCATTACGTTGCTCAAGGGTTTAGCTAGAGAAGCTAGATTAACACAGGGCGAGGTGGTACATGGACTTGTGTTAAAATGTGGGTTCGATACTGATATAATGGTCCAAAATTCGATGCTTGATTTGTTAATGAGATGTGAGAAACCCGATTTGGCTAGAGGCTTATTCTGTAAAATGCCTGATCGAAATGTCATTTCCTGGACCACCATTATACATGGTTACAT...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

484 aa · TkA01G358030|TK1151|PROTEIN

MLRDSVAPLNYTIITLLKGLAREARLTQGEVVHGLVLKCGFDTDIMVQNSMLDLLMRCEKPDLARGLFCKMPDRNVISWTTIIHGYIKIGDMTEARYLFDEMPEKDLASWNVILSGCCKLGNLESARSYFDRIPSKNTASWTIMIDGYMKSGNVNEAKVLFDEMPEKNLITWSTMIGGYAKNEQPKTALELLQIFKKQSIKPDETFILVVISACSQLGVLDAAESAIHDYVGPDIFSNLHITTSLVDMYAKCGNIKKAID...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA01G358030
TK1151 IDTkA01G358030
OH-1004 IDLXL04_003451
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)82.600
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 85.714
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA01G358030
位置Chr01:88935445-88937085 (-)
描述Similar to PCMP-H24: Pentatricopeptide repeat-containing protein At4g02750
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At4g18750 在叶绿体中的单 RNA 编辑事件中发挥重要作用。
Identification of two pentatricopeptide repeat genes required for RNA editing and zinc binding by C-terminal cytidine deaminase-like domains.2013 · DOI: 10.1074/jbc.m113.485755
At5g56310 含五肽重复蛋白 At5g56310。 暂无已核实直接文献
At3g49142 推定含五重复肽的蛋白质 At3g49142。 暂无已核实直接文献
At3g23330 推定含五重复肽的蛋白 At3g23330。 暂无已核实直接文献
At3g29230 含五聚肽重复的蛋白 At3g29230。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_003451 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006397 mRNA processing 生物过程
GO:0009451 RNA modification 生物过程
GO:0010087 phloem or xylem histogenesis 生物过程
GO:0010214 seed coat development 生物过程
GO:0010305 leaf vascular tissue pattern formation 生物过程
GO:0010588 cotyledon vascular tissue pattern formation 生物过程
GO:0016556 mRNA modification 生物过程
GO:0048366 leaf development 生物过程
GO:0140547 acquisition of seed longevity 生物过程
GO:1900865 chloroplast RNA modification 生物过程
GO:0005739 mitochondrion 细胞组分
GO:0005773 vacuole 细胞组分
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G11290
ath:AT2G45350
ath:AT4G02750
ath:AT4G18750
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.626
排名 1 · TkA01G358030 · TK1151
质体0.200
排名 2 · TkA01G358030 · TK1151
细胞核0.051
排名 3 · TkA01G358030 · TK1151
细胞质0.034
排名 4 · TkA01G358030 · TK1151
过氧化物酶体0.006
排名 5 · TkA01G358030 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13041PPR_21-22 aa
PF01535PPR15-36 aa
PF13812PPR_340-71 aa
PF13041PPR_244-76 aa
PF01801Cytomega_gL44-92 aa
PF01535PPR49-76 aa
PF12854PPR_157-71 aa
PF22330Rib_mS39_PPR60-89 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA01G358030PF13041PPR_21225.7e-58193.5
TkA01G358030PF01535PPR15363.6e-65212.5
TkA01G358030PF13812PPR_340718.4e-2071.3
TkA01G358030PF13041PPR_244765.7e-58193.5
TkA01G358030PF01801Cytomega_gL44920.03914.1
TkA01G358030PF01535PPR49763.6e-65212.5
TkA01G358030PF12854PPR_157713.9e-38129.6
TkA01G358030PF22330Rib_mS39_PPR60892.6e-0524.8
TkA01G358030PF13041PPR_2741065.7e-58193.5
TkA01G358030PF12854PPR_1741023.9e-38129.6
TkA01G358030PF13812PPR_3751178.4e-2071.3
TkA01G358030PF01535PPR771063.6e-65212.5
TkA01G358030PF17049AEP1801040.009915.7
TkA01G358030PF12921ATP1380960.02215.4
TkA01G358030PF29070MSC6_N811619.6e-1348.7
TkA01G358030PF24760TPR_IF140_C811020.0003521.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9SN39拟南芥sp|Q9SN39|PP320_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein DOT4, chloroplastic37.400%Swiss-Prot中等置信
Q9FMA1拟南芥sp|Q9FMA1|PP433_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At5g5631033.200%Swiss-Prot中等置信
P0C899拟南芥sp|P0C899|PP271_ARATH Putative pentatricopeptide repeat-containing protein At3g4914228.700%Swiss-Prot低置信
Q9LW63拟南芥sp|Q9LW63|PP251_ARATH Putative pentatricopeptide repeat-containing protein At3g2333038.300%Swiss-Prot中等置信
Q9LS72拟南芥sp|Q9LS72|PP261_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g2923044.900%Swiss-Prot中等置信

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