TkA01G345360 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA01G345360

当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 85801308-85803562 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1264 bp · TkA01G345360|TK1151|cDNA

GTGGTGATTATATGTGTCAAATTTTGTGTTCTTTTGTTAGCAGCGGTGAAGTTTTAGGCTGTCTATTCATACTTTTGTCCTTCGACTCCATCCAATTGGAAATCAGCCGAGTTTGATCAAACTCCATGGCTGTGGTGGACTATTCTGAACCCCAATTTTGCAACCGAAAAACAGTGTTAGCCACTCGGAAGATATTGCAATGGAAGAGACGGCAACTAGCAACACTCCTTCATTGTCGAGGAAGAAAGAGAAGGAGGCCA...

CDS

下载 CDS FASTA

636 bp · TkA01G345360|TK1151|CDS

ATGCACACCTTTCTTATATCTGGCTTGTCTCCCTCTGCACCGCTCTGCCAATTTCTTCACTATATCCGTTCATTTACTTCATGGTATATAAGAGACTTTAATATTGCAAGTCAAGAGGAAGATATCGGCTACTATGCTGGATTTGTGGGTTCTTCATTCATGATTGGAAGAGCCTTGACCTCTCTTTTCTGGGGAGTTCTTGCTGATAGATATGGGAGAAAGCCTATAATACTAGTCGGCACATTTTCAGTGGTCATTTT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

211 aa · TkA01G345360|TK1151|PROTEIN

MHTFLISGLSPSAPLCQFLHYIRSFTSWYIRDFNIASQEEDIGYYAGFVGSSFMIGRALTSLFWGVLADRYGRKPIILVGTFSVVIFNTMFGMSSTFWMAISSRFLLGCFNSLLGTIRTYASEVCREEYQALALSVVSTSRGIGLIIGPAIGGFFAQPAEKYPHLFSENSLFGRYFTCFTIFILPWIASYRKALLLSLCYRLSPLTIVQSD

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA01G345360`
TK1151 ID	TkA01G345360
OH-1004 ID	LXL04_003536
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	89.700
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 78.199 / OH-1004 34.125 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA01G345360

位置 Chr01:85801308-85803562 (-)

描述 Similar to ZIFL2: Probable peptide/nitrate transporter At3g43790

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g43790`	可能的肽/硝酸盐转运蛋白 At3g43790。	暂无已核实直接文献
`At5g13740`	主要易化超家族转运蛋白通过参与锌的液泡封存而参与锌耐受。	A novel major facilitator superfamily protein at the tonoplast influences zinc tolerance and accumulation in Arabidopsis.2007 · DOI: 10.1104/pp.106.092015
`At5g13750`	可能参与物质转运及生长素相关应答。	Heterologous expression of a Tpo1 homolog from Arabidopsis thaliana confers resistance to the herbicide 2,4-D and other chemical stresses in yeast.2009 · DOI: 10.1007/s00253-009-2025-5 A major facilitator superfamily transporter plays a dual role in polar auxin transport and drought stress tolerance in Arabidopsis.2013 · DOI: 10.1105/tpc.113.110353

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_003536 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006882 intracellular zinc ion homeostasis 生物过程

GO:0009414 response to water deprivation 生物过程

GO:0009624 response to nematode 生物过程

GO:0009630 gravitropism 生物过程

GO:0010043 response to zinc ion 生物过程

GO:0010540 basipetal auxin transport 生物过程

GO:0048364 root development 生物过程

GO:0090333 regulation of stomatal closure 生物过程

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0009705 plant-type vacuole membrane 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

afm:AFUA_1G15490

ath:AT3G43790

ath:AT5G13740

ath:AT5G13750

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

内质网0.390

排名 1 · TkA01G345360 · TK1151

高尔基体0.164

排名 2 · TkA01G345360 · TK1151

细胞质0.154

排名 3 · TkA01G345360 · TK1151

溶酶体／液泡0.153

排名 4 · TkA01G345360 · TK1151

线粒体0.115

排名 5 · TkA01G345360 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF07690MFS_128-157 aa

PF00083Sugar_tr44-160 aa

PF06609TRI1248-151 aa

PF12832MFS_1_like49-111 aa

PF05977MFS_359-155 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA01G345360	`PF07690`	MFS_1	28	157	2.3e-22	80.1
TkA01G345360	`PF00083`	Sugar_tr	44	160	1.1e-12	48.3
TkA01G345360	`PF06609`	TRI12	48	151	0.0025	17.1
TkA01G345360	`PF12832`	MFS_1_like	49	111	0.00049	20.0
TkA01G345360	`PF05977`	MFS_3	59	155	0.023	13.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q3EAQ5`	拟南芥	sp\|Q3EAQ5\|PTR36_ARATH Probable peptide/nitrate transporter At3g43790	72.000%	Swiss-Prot	高置信
`Q8RWN2`	拟南芥	sp\|Q8RWN2\|ZIF1_ARATH Protein ZINC INDUCED FACILITATOR 1	62.800%	Swiss-Prot	高置信
`Q94BZ1`	拟南芥	sp\|Q94BZ1\|ZIFL1_ARATH Protein ZINC INDUCED FACILITATOR-LIKE 1	61.800%	Swiss-Prot	高置信

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