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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA01G255280
当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 64382995-64383750 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

426 bp · TkA01G255280|TK1151|cDNA

ATGAGAGCCTTCGATGAGTTAAGAAAGCTGGAAATGTTTTTCAAGGAGGAAGACAGACATGGCTGTTCAGTAGTAGACCTGTATGAACTTGTCCAACATGCTGGAAACATTTTACCTAGACTGTATCTTCTATGTACAGTAGGGTCTGTTTACATAAAATCAAAAGAAGCTCCTGCTAATAGAGATGAGGATACTGTCATGGATGCTGTTGAATTTGTGCTGCAAAACTTTTCAGAAATGAACAAGCTTTGGGTCTGGAT...

CDS

下载 CDS FASTA

426 bp · TkA01G255280|TK1151|CDS

ATGAGAGCCTTCGATGAGTTAAGAAAGCTGGAAATGTTTTTCAAGGAGGAAGACAGACATGGCTGTTCAGTAGTAGACCTGTATGAACTTGTCCAACATGCTGGAAACATTTTACCTAGACTGTATCTTCTATGTACAGTAGGGTCTGTTTACATAAAATCAAAAGAAGCTCCTGCTAATAGAGATGAGGATACTGTCATGGATGCTGTTGAATTTGTGCTGCAAAACTTTTCAGAAATGAACAAGCTTTGGGTCTGGAT...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

141 aa · TkA01G255280|TK1151|PROTEIN

MRAFDELRKLEMFFKEEDRHGCSVVDLYELVQHAGNILPRLYLLCTVGSVYIKSKEAPANRDEDTVMDAVEFVLQNFSEMNKLWVWMEVQGPARVRDKMEKERNELRDLFIFDCRLLLQKIYIAKRKLERAISSLPKKHID

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA01G255280
TK1151 IDTkA01G255280
OH-1004 IDLXL04_015068
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)98.600
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 89.241
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA01G255280
位置Chr01:64382995-64383750 (+)
描述Similar to VPS35B: Vacuolar protein sorting-associated protein 35B
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At1g75850 在囊泡蛋白分选中发挥作用。
Arabidopsis VPS35, a retromer component, is required for vacuolar protein sorting and involved in plant growth and leaf senescence.2008 · DOI: 10.1093/pcp/pcn006
At2g17790 在囊泡蛋白分选中发挥作用。
Loss-of-function mutations of retromer large subunit genes suppress the phenotype of an Arabidopsis zig mutant that lacks Qb-SNARE VTI11.2010 · DOI: 10.1105/tpc.109.069294
At3g51310 在囊泡蛋白分选中发挥作用。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_015068 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006886 intracellular protein transport 生物过程
GO:0042147 retrograde transport, endosome to Golgi 生物过程
GO:0045053 protein retention in Golgi apparatus 生物过程
GO:0005737 cytoplasm 细胞组分
GO:0005739 mitochondrion 细胞组分
GO:0005768 endosome 细胞组分
GO:0005770 late endosome 细胞组分
GO:0005771 multivesicular body 细胞组分
GO:0005794 Golgi apparatus 细胞组分
GO:0005829 cytosol 细胞组分
GO:0010008 endosome membrane 细胞组分
GO:0016020 membrane 细胞组分
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G75850
ath:AT2G17790
ath:AT3G51310
ddi:DDB_G0293218
mgr:MGG_05089
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.500
排名 1 · TkA01G255280 · TK1151
细胞核0.451
排名 2 · TkA01G255280 · TK1151
细胞膜0.100
排名 3 · TkA01G255280 · TK1151
线粒体0.063
排名 4 · TkA01G255280 · TK1151
内质网0.053
排名 5 · TkA01G255280 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF03635Vps351-60 aa
PF26019HTH_TIMELESS5-26 aa
PF13910EMARD_N39-105 aa
PF15460SAS445-82 aa
PF26019HTH_TIMELESS55-79 aa
PF03635Vps3561-109 aa
PF15460SAS486-129 aa
PF26019HTH_TIMELESS100-110 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA01G255280PF03635Vps351609.8e-41140.8
TkA01G255280PF26019HTH_TIMELESS5260.04814.6
TkA01G255280PF13910EMARD_N391050.1212.0
TkA01G255280PF15460SAS445820.1413.0
TkA01G255280PF26019HTH_TIMELESS55790.04814.6
TkA01G255280PF03635Vps35611099.8e-41140.8
TkA01G255280PF15460SAS4861290.1413.0
TkA01G255280PF26019HTH_TIMELESS1001100.04814.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
F4I0P8拟南芥sp|F4I0P8|VP35B_ARATH Vacuolar protein sorting-associated protein 35B57.000%Swiss-Prot高置信
Q7X659拟南芥sp|Q7X659|VP35A_ARATH Vacuolar protein sorting-associated protein 35A57.000%Swiss-Prot高置信
A8R7K9拟南芥sp|A8R7K9|VP35C_ARATH Vacuolar protein sorting-associated protein 35C51.700%Swiss-Prot高置信

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