TkA01G216160 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA01G216160

当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 55109370-55114338 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1560 bp · TkA01G216160|TK1151|cDNA

ATGGCGGAAAAAGCTGGAGGAGCAGGGGATCTGCAACACGCGATTGAGCTTCAGAATCGGAGAATCGTAGATCTGCAACTCCGAGTTTTCAGAGAACAAGGTTTGATTTTAGCTGCACTTCTGGGCTTATCCGCCTTCTTTTCCATGGCCGAAACTTCAATCACCACTCTTTCACCTTGGAAGGTGAGAGAGCTAGCTGAAAAAGAAGACGAAAATGGCGTCTTCAAGCTCCTTCGTACTGATATCACACAATTCCTCAC...

CDS

下载 CDS FASTA

1560 bp · TkA01G216160|TK1151|CDS

ATGGCGGAAAAAGCTGGAGGAGCAGGGGATCTGCAACACGCGATTGAGCTTCAGAATCGGAGAATCGTAGATCTGCAACTCCGAGTTTTCAGAGAACAAGGTTTGATTTTAGCTGCACTTCTGGGCTTATCCGCCTTCTTTTCCATGGCCGAAACTTCAATCACCACTCTTTCACCTTGGAAGGTGAGAGAGCTAGCTGAAAAAGAAGACGAAAATGGCGTCTTCAAGCTCCTTCGTACTGATATCACACAATTCCTCAC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

519 aa · TkA01G216160|TK1151|PROTEIN

MAEKAGGAGDLQHAIELQNRRIVDLQLRVFREQGLILAALLGLSAFFSMAETSITTLSPWKVRELAEKEDENGVFKLLRTDITQFLTTILIGTTSVDLQLRVFREQGLILAALLGLSAFFSMAETSTTTLSPWKVRELAEKEDENGVFKLLRTDITQFLTTILIGTTVVNIGATALFTEAATTVFGEAGVSAATGVMTVVVLLLTEITPKSIAVHNATAVARAVVRPVAWLSIVLYQVGRVVTFLSMGMLKILGLKGKSE...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA01G216160`
TK1151 ID	TkA01G216160
OH-1004 ID	LXL04_023663
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	99.600
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA01G216160

位置 Chr01:55109370-55114338 (-)

描述 Similar to CBSDUFCH2: DUF21 domain-containing protein At1g55930, chloroplastic

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g13070`	推测含有 DUF21 结构域的蛋白 At3g13070，叶绿体蛋白。	暂无已核实直接文献
`At1g55930`	含DUF21结构域的蛋白At1g55930，叶绿体型。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_023663 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0009536 plastid 细胞组分

GO:0009706 chloroplast inner membrane 细胞组分

GO:0009941 chloroplast envelope 细胞组分

GO:0031969 chloroplast membrane 细胞组分

GO:0050660 flavin adenine dinucleotide binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G55930

ath:AT3G13070

syn:sll1254

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

内质网0.515

排名 1 · TkA01G216160 · TK1151

细胞质0.161

排名 2 · TkA01G216160 · TK1151

高尔基体0.131

排名 3 · TkA01G216160 · TK1151

溶酶体／液泡0.120

排名 4 · TkA01G216160 · TK1151

细胞膜0.103

排名 5 · TkA01G216160 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF01595CNNM35-98 aa

PF07077BPSS181835-93 aa

PF21214WHD_2nd_SelB_bact58-81 aa

PF01595CNNM108-285 aa

PF07077BPSS1818108-185 aa

PF21214WHD_2nd_SelB_bact131-154 aa

PF07077BPSS1818193-237 aa

PF21214WHD_2nd_SelB_bact265-281 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA01G216160	`PF01595`	CNNM	35	98	1.6e-57	194.8
TkA01G216160	`PF07077`	BPSS1818	35	93	0.59	10.5
TkA01G216160	`PF21214`	WHD_2nd_SelB_bact	58	81	0.0011	19.3
TkA01G216160	`PF01595`	CNNM	108	285	1.6e-57	194.8
TkA01G216160	`PF07077`	BPSS1818	108	185	0.59	10.5
TkA01G216160	`PF21214`	WHD_2nd_SelB_bact	131	154	0.0011	19.3
TkA01G216160	`PF07077`	BPSS1818	193	237	0.59	10.5
TkA01G216160	`PF21214`	WHD_2nd_SelB_bact	265	281	0.0011	19.3
TkA01G216160	`PF00571`	CBS	293	350	1.6e-12	48.3
TkA01G216160	`PF00571`	CBS	361	416	1.6e-12	48.3
TkA01G216160	`PF21214`	WHD_2nd_SelB_bact	509	517	0.0011	19.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LK65`	拟南芥	sp\|Q9LK65\|Y3307_ARATH Putative DUF21 domain-containing protein At3g13070, chloroplastic	80.600%	Swiss-Prot	中等置信
`Q84R21`	拟南芥	sp\|Q84R21\|Y1559_ARATH DUF21 domain-containing protein At1g55930, chloroplastic	80.300%	Swiss-Prot	中等置信

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