RubberDandelionOmics 橡胶草多组学网站
更多
转录组数据查询 注释 橡胶合成 转录因子预测 靶基因 蛋白关联网络 重测序 工具 下载
ZH EN

本页使用教程

基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA01G137210
当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 34815718-34819876 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

2408 bp · TkA01G137210|TK1151|cDNA

TATCAAACGGGTGATTTTGCAAATTCTGTACAGCATGAGGGATGTCAATGAAATTTCCTACAGTAAATAATTGGCATGGAGTAATTTAACAATGAACCCCTTCAGTTCCGACACCATTTTTTCTCTTTCGTTCTCCCACTCTACTGTCACTCTAATCAAATCCAGGCCCCACGCATTCGTCTTCAAATTGAAGACACTATAATGGAAGAAATACAGTCTCAATCAGATAATTACAGATCTTCATCTTCTTCAGCCAGCAG...

CDS

下载 CDS FASTA

2172 bp · TkA01G137210|TK1151|CDS

ATGGAAGAAATACAGTCTCAATCAGATAATTACAGATCTTCATCTTCTTCAGCCAGCAGTCCAGTTAGTAAATTCCCCTCCAGTAACTTCTACTACTTAAGAAAACCCGGTTCTTTAAGAAAACCAATTTCGTTCGAGGATTCACCTGATTGGGACGACACAGATGTTGACGTCAAGGTGGATGAGGGTCGCGACACCGTTATCCCCGCCGCTACAACAGCTTCACCATCTCTATCCAAGCTTAATAGCAGATCCACGAC...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

723 aa · TkA01G137210|TK1151|PROTEIN

MEEIQSQSDNYRSSSSSASSPVSKFPSSNFYYLRKPGSLRKPISFEDSPDWDDTDVDVKVDEGRDTVIPAATTASPSLSKLNSRSTTSPPPPPPVGRKISGASIAWKDLTVTIKGKRKYSDRVIKKSNGFALPGTITVIMGPAKSGKSTLLRSLAGRLEDSAKVYGDVFVNGSKSNSSLHYGSYGFVGRKNTLIGSLTVREYLYYSALLQLPGFLCEKKSIVEDAILAMSLADQANKLIGGHCCTKGLSKGEKRRITIAT...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA01G137210
TK1151 IDTkA01G137210
OH-1004 IDLXL04_004532
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / Probable
蛋白一致性 (%)94.800
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 100.000
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA01G137210
位置Chr01:34815718-34819876 (-)
描述Similar to ABCG3: ABC transporter G family member 3
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At2g28070 ABC转运蛋白G家族成员3。 暂无已核实直接文献
At1g17840 通过控制角质层和可能的蜡质向细胞外基质的运输，为角质层、根木栓质和花粉皮的发育所必需。
Characterization of Arabidopsis ABCG11/WBC11, an ATP binding cassette (ABC) transporter that is required for cuticular lipid secretion.2007 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2007.03252.x
The Arabidopsis DESPERADO/AtWBC11 transporter is required for cutin and wax secretion.2007 · DOI: 10.1104/pp.107.105676
Cytological and biochemical analysis of COF1, an Arabidopsis mutant of an ABC transporter gene.2007 · DOI: 10.1093/pcp/pcm139
An ABC transporter gene of Arabidopsis thaliana, AtWBC11, is involved in cuticle development and prevention of organ fusion.2007 · DOI: 10.1093/pcp/pcm152
The Arabidopsis DSO/ABCG11 transporter affects cutin metabolism in reproductive organs and suberin in roots.2010 · DOI: 10.1093/mp/ssp103
ABCG9, ABCG11 and ABCG14 ABC transporters are required for vascular development in Arabidopsis.2013 · DOI: 10.1111/tpj.12334
Expression analysis of transporter genes for screening candidate monolignol transporters using Arabidopsis thaliana cell suspensions during tracheary element differentiation.2018 · DOI: 10.1007/s10265-017-0979-4
At3g21090 ABC转运蛋白G家族成员15。 暂无已核实直接文献
At1g51500 参与角质层蜡从表皮细胞向角质层的分泌，特别是醛、醇和酸的运输。
Cuticular waxes on eceriferum mutants of Arabidopsis thaliana.2001 · DOI: 10.1016/s0031-9422(00)00513-6
Plant cuticular lipid export requires an ABC transporter.2004 · DOI: 10.1126/science.1102331
Wax and cutin mutants of Arabidopsis: Quantitative characterization of the cuticular transport barrier in relation to chemical composition.2016 · DOI: 10.1016/j.bbalip.2016.03.002
The effects of surface structure mutations in Arabidopsis thaliana on the polarization of reflections from virus-infected leaves.2017 · DOI: 10.1371/journal.pone.0174014

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_004532 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006869 lipid transport 生物过程
GO:0009611 response to wounding 生物过程
GO:0009651 response to salt stress 生物过程
GO:0009737 response to abscisic acid 生物过程
GO:0010025 wax biosynthetic process 生物过程
GO:0010222 stem vascular tissue pattern formation 生物过程
GO:0010345 suberin biosynthetic process 生物过程
GO:0010588 cotyledon vascular tissue pattern formation 生物过程
GO:0010597 green leaf volatile biosynthetic process 生物过程
GO:0015908 fatty acid transport 生物过程
GO:0051607 defense response to virus 生物过程
GO:0055085 transmembrane transport 生物过程
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G17840
ath:AT1G51500
ath:AT2G28070
ath:AT3G21090
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.426
排名 1 · TkA01G137210 · TK1151
溶酶体／液泡0.211
排名 2 · TkA01G137210 · TK1151
内质网0.161
排名 3 · TkA01G137210 · TK1151
细胞质0.094
排名 4 · TkA01G137210 · TK1151
高尔基体0.082
排名 5 · TkA01G137210 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF25199nSTAND_NTPase5100-162 aa
PF13476AAA_23111-154 aa
PF09818ABC_ATPase125-156 aa
PF00005ABC_tran133-275 aa
PF01637ATPase_2134-181 aa
PF13555AAA_29134-151 aa
PF13401AAA_22135-172 aa
PF13173AAA_14135-159 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA01G137210PF25199nSTAND_NTPase51001620.0004220.9
TkA01G137210PF13476AAA_231111540.2212.9
TkA01G137210PF09818ABC_ATPase1251560.00616.4
TkA01G137210PF00005ABC_tran1332752e-1661.5
TkA01G137210PF01637ATPase_21341810.002118.6
TkA01G137210PF13555AAA_291341510.113.1
TkA01G137210PF13401AAA_221351720.03115.3
TkA01G137210PF13173AAA_141351590.05914.1
TkA01G137210PF13304AAA_211361550.004317.8
TkA01G137210PF13191AAA_161361810.1713.1
TkA01G137210PF13173AAA_141652030.05914.1
TkA01G137210PF05028PARG_cat_C2132650.2911.4
TkA01G137210PF13304AAA_212483030.004317.8
TkA01G137210PF25199nSTAND_NTPase52592920.0004220.9
TkA01G137210PF13173AAA_142652740.05914.1
TkA01G137210PF01061ABC2_membrane4356452e-2590.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9ZUU9拟南芥sp|Q9ZUU9|AB3G_ARATH ABC transporter G family member 370.900%Swiss-Prot高置信
Q8RXN0拟南芥sp|Q8RXN0|AB11G_ARATH ABC transporter G family member 1138.900%Swiss-Prot中等置信
Q8RWI9拟南芥sp|Q8RWI9|AB15G_ARATH ABC transporter G family member 1537.100%Swiss-Prot中等置信
Q9C8K2拟南芥sp|Q9C8K2|AB12G_ARATH ABC transporter G family member 1235.800%Swiss-Prot中等置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看