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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA01G131780
当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 33336194-33336781 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

588 bp · TkA01G131780|TK1151|cDNA

ATGGAGCAGCATCAGTCTGAACATGGCGACGAGCACCTCCGCCTCTTCCCCTTTGATCCTTATCAACACCATCATTCTTCTCTCATCAACATGAACTTCCTTTCCTACCGCCGGAGTTTACTACAAGATGAAGAGACCTCCAGAGCTATCGGATCGCCGACGCCATCCTTCACCACCAACTCACCTTTCGACTCTTCACTAGCCCTCACGATCCTCGTCCTTCTCACCGTTCTCTTCTTCATGGCCTTCTTCTCTCTCTA...

CDS

下载 CDS FASTA

588 bp · TkA01G131780|TK1151|CDS

ATGGAGCAGCATCAGTCTGAACATGGCGACGAGCACCTCCGCCTCTTCCCCTTTGATCCTTATCAACACCATCATTCTTCTCTCATCAACATGAACTTCCTTTCCTACCGCCGGAGTTTACTACAAGATGAAGAGACCTCCAGAGCTATCGGATCGCCGACGCCATCCTTCACCACCAACTCACCTTTCGACTCTTCACTAGCCCTCACGATCCTCGTCCTTCTCACCGTTCTCTTCTTCATGGCCTTCTTCTCTCTCTA...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

195 aa · TkA01G131780|TK1151|PROTEIN

MEQHQSEHGDEHLRLFPFDPYQHHHSSLINMNFLSYRRSLLQDEETSRAIGSPTPSFTTNSPFDSSLALTILVLLTVLFFMAFFSLYIRRFSSVSNSDDSLSGRRRSAPHLRRDKHGGLDASTVRSLPVVPYSADSKIWGECSICLSEFQERETVKVIPYCNHGFHPLCIDTWLSSHVSCPLCRSTELFPAGDEA

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA01G131780
TK1151 IDTkA01G131780
OH-1004 IDLXL04_004595
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)100.000
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 100.000
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA01G131780
位置Chr01:33336194-33336781 (+)
描述Similar to ATL57: RING-H2 finger protein ATL57
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At2g27940 RING-H2指蛋白ATL57。 暂无已核实直接文献
At1g72200 RING-H2指蛋白ATL11。 暂无已核实直接文献
At3g05200 E3 泛素蛋白连接酶，能够与泛素结合酶 E2 UBC8 在体外催化多泛素化反应。 暂无已核实直接文献
At4g40070 RING-H2指蛋白ATL32。 暂无已核实直接文献
At5g27420 E3 泛素蛋白连接酶，是幼苗生长转变期间植物 C/N 响应所需的。
CNI1/ATL31, a RING-type ubiquitin ligase that functions in the carbon/nitrogen response for growth phase transition in Arabidopsis seedlings.2009 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2009.04006.x

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_004595 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0009416 response to light stimulus 生物过程
GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程
GO:0033591 response to L-ascorbic acid 生物过程
GO:0042742 defense response to bacterium 生物过程
GO:0098542 defense response to other organism 生物过程
GO:0005576 extracellular region 细胞组分
GO:0005739 mitochondrion 细胞组分
GO:0005886 plasma membrane 细胞组分
GO:0016020 membrane 细胞组分
GO:0004842 ubiquitin-protein transferase activity 分子功能
GO:0008270 zinc ion binding 分子功能
GO:0061630 ubiquitin protein ligase activity 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G22500
ath:AT1G72200
ath:AT2G27940
ath:AT3G05200
ath:AT4G40070
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

内质网0.303
排名 1 · TkA01G131780 · TK1151
细胞膜0.269
排名 2 · TkA01G131780 · TK1151
溶酶体／液泡0.233
排名 3 · TkA01G131780 · TK1151
细胞核0.195
排名 4 · TkA01G131780 · TK1151
细胞质0.163
排名 5 · TkA01G131780 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF12678zf-rbx1138-184 aa
PF13639zf-RING_2141-184 aa
PF17123zf-RING_11141-170 aa
PF13923zf-C3HC4_2141-183 aa
PF14634zf-RING_5141-184 aa
PF13920zf-C3HC4_3141-185 aa
PF29721TMEM129_C141-163 aa
PF11793FANCL_C141-177 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA01G131780PF12678zf-rbx11381846.6e-0936.6
TkA01G131780PF13639zf-RING_21411842.9e-1350.6
TkA01G131780PF17123zf-RING_111411704.8e-1039.7
TkA01G131780PF13923zf-C3HC4_21411839.1e-0832.5
TkA01G131780PF14634zf-RING_51411840.001419.3
TkA01G131780PF13920zf-C3HC4_31411850.01316.0
TkA01G131780PF29721TMEM129_C1411630.2112.7
TkA01G131780PF11793FANCL_C1411770.611.2
TkA01G131780PF17120zf-RING_161411811.98.9
TkA01G131780PF00097zf-C3HC41421836.2e-0729.9
TkA01G131780PF13445zf-RING_UBOX1421810.001419.3
TkA01G131780PF14447Prok-RING_41421850.1712.5
TkA01G131780PF23412zf_RING_Vps81421720.6710.6
TkA01G131780PF24921RING_XB3-XBAT311421851.69.5
TkA01G131780PF12861zf-ANAPC111561860.0005920.5
TkA01G131780PF23413zf_RING_Vps8_fungal1601720.06613.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9SJJ7拟南芥sp|Q9SJJ7|ATL57_ARATH RING-H2 finger protein ATL5746.900%Swiss-Prot中等置信
Q84W40拟南芥sp|Q84W40|ATL11_ARATH RING-H2 finger protein ATL1141.500%Swiss-Prot中等置信
Q8RXX9拟南芥sp|Q8RXX9|ATL6_ARATH E3 ubiquitin-protein ligase ATL640.100%Swiss-Prot中等置信
Q8W571拟南芥sp|Q8W571|ATL32_ARATH RING-H2 finger protein ATL3246.600%Swiss-Prot中等置信
Q8LGA5拟南芥sp|Q8LGA5|ATL31_ARATH E3 ubiquitin-protein ligase ATL3139.700%Swiss-Prot中等置信

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