TkA01G076710 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA01G076710

当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 19596875-19599371 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2285 bp · TkA01G076710|TK1151|cDNA

AAAATATTGACTTCAAAGAATAAAAACACTTTCAAGTTCCCAAGCACAATATATTGGATTGAAACTCGTTCGAGAATTGGGGTACCATAGAAGGCCAGAAGAACTAGGAAATCGTATAGCGTGGAGTTAATGGTAGGCCGACGATCGGAGAAAGGTTAATGCCTCAGTTGGAAGTTTTGGATTGTTAGGATTCATCAGTCAACAAAAAGGGATAAGTAGTCGATTAACCCTAAATAATTGCATATACCAGTACAATTTAC...

CDS

下载 CDS FASTA

1692 bp · TkA01G076710|TK1151|CDS

ATGGACGAGGGCAGAGAGGAGCTGAGCAGAATCGCCGAGGCACAGCACCGGGAGGTAACGGCGGCCCGAGCCTTGGCGTCTGACCTAGACCTAGCATTCCGCCTCCAACTTGAAGAAGCCATGGTTGCCTCTCTCGCGTTTCAGCCCTCCTCCTCATCCACTCCACCAACGGAATCTCAACAGCCACCAGTCCTGGTCTCTAACGATGACGAAGTAAACCTGACCGACCTCCAAACCCTAGAGCTTGACGATTTTGAGGC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

563 aa · TkA01G076710|TK1151|PROTEIN

MDEGREELSRIAEAQHREVTAARALASDLDLAFRLQLEEAMVASLAFQPSSSSTPPTESQQPPVLVSNDDEVNLTDLQTLELDDFEAEIRDHVVIETEKKKLQVDLHRRINDREMALTIHSMRDDRWEAEGDNYERPYGEGSSSSKREETSEVFRVYFKGMLSEERVRSTNSSQKTMTFAGIGVAICDSSDSIIFEMRKPLDLIDDDRISRRNVEGKSLIEALNAATALDLKRIEFYCDNYTLYQYVSGRWQPKQAKIKQ...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA01G076710`
TK1151 ID	TkA01G076710
OH-1004 ID	LXL04_005198
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA01G076710

位置 Chr01:19596875-19599371 (+)

描述 Similar to At5g10370: ATP-dependent RNA helicase DEAH12, chloroplastic

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g26130`	作为E3泛素蛋白连接酶，或作为E3复合体的一部分，接受特定E2泛素结合酶的泛素，并随后将其转移到底物上。	A forward genetic approach in Arabidopsis thaliana identifies a RING-type ubiquitin ligase as a novel determinant of seed longevity.2014 · DOI: 10.1016/j.plantsci.2013.11.004

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_005198 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000209 protein polyubiquitination 生物过程

GO:0006511 ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程

GO:0006605 protein targeting 生物过程

GO:0009738 abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程

GO:0009740 gibberellic acid mediated signaling pathway 生物过程

GO:0009788 negative regulation of abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程

GO:0010431 seed maturation 生物过程

GO:0010476 gibberellin mediated signaling pathway 生物过程

GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程

GO:0030435 sporulation resulting in formation of a cellular spore 生物过程

GO:0140547 acquisition of seed longevity 生物过程

GO:0000151 ubiquitin ligase complex 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G26130

ath:AT4G01020

ath:AT5G10370

ddi:DDB_G0286961

xtr:100144731

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.596

排名 1 · TkA01G076710 · TK1151

细胞质0.405

排名 2 · TkA01G076710 · TK1151

细胞膜0.079

排名 3 · TkA01G076710 · TK1151

内质网0.052

排名 4 · TkA01G076710 · TK1151

溶酶体／液泡0.024

排名 5 · TkA01G076710 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13456RVT_3177-295 aa

PF13639zf-RING_2313-358 aa

PF22191IBR_1314-318 aa

PF00097zf-C3HC4314-358 aa

PF01485IBR330-343 aa

PF22191IBR_1331-345 aa

PF22605IBR_2331-343 aa

PF26200Rcat_RNF216332-344 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA01G076710	`PF13456`	RVT_3	177	295	4.5e-19	69.3
TkA01G076710	`PF13639`	zf-RING_2	313	358	0.093	13.7
TkA01G076710	`PF22191`	IBR_1	314	318	5.8e-08	33.2
TkA01G076710	`PF00097`	zf-C3HC4	314	358	4.7e-05	23.9
TkA01G076710	`PF01485`	IBR	330	343	2.9e-17	63.2
TkA01G076710	`PF22191`	IBR_1	331	345	5.8e-08	33.2
TkA01G076710	`PF22605`	IBR_2	331	343	0.015	16.1
TkA01G076710	`PF26200`	Rcat_RNF216	332	344	0.00019	22.6
TkA01G076710	`PF01485`	IBR	356	367	2.9e-17	63.2
TkA01G076710	`PF01485`	IBR	395	450	2.9e-17	63.2
TkA01G076710	`PF22191`	IBR_1	403	412	5.8e-08	33.2
TkA01G076710	`PF13639`	zf-RING_2	425	447	0.093	13.7
TkA01G076710	`PF26200`	Rcat_RNF216	427	437	0.00019	22.6
TkA01G076710	`PF22191`	IBR_1	428	447	5.8e-08	33.2
TkA01G076710	`PF00097`	zf-C3HC4	429	450	4.7e-05	23.9
TkA01G076710	`PF22605`	IBR_2	429	447	0.015	16.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`F4ITM1`	拟南芥	sp\|F4ITM1\|RGSL1_ARATH E3 ubiquitin-protein ligase RSL1	39.900%	Swiss-Prot	中等置信

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