TkA01G072240 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA01G072240

当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 18566633-18573758 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3164 bp · TkA01G072240|TK1151|cDNA

CTCAACTTTAATAAGAAAGAATTAGAAAGAGAGAGTGACCTCAAAATCCACCACTAACATCTACAAAGTGTGAAGCAAAATGGAATGAGGATCCGAAAATCGTCTGCTTCTGTCTCCTTCTTGGGGTTTCCCTTTTAACACTTCCCTTTCAATTTCATACCATTTCTTTCACTTGGGAGTTATTTCCGCATATAACCTAACAATTTGACCCATTTGAGGAAAAATCCTCCATCGAATTTCTCAATCTTGAGTGATCCAAT...

CDS

下载 CDS FASTA

1974 bp · TkA01G072240|TK1151|CDS

ATGCCTGGGATGAAGCCTGGTCCGGATTCCATTGGAATCATCGCTATTTCTCATGGTTGCACTGGTGTCGCATCACGTGCATGTGGTCTTGTAGGTCTAGAACCTACGAGAGTTGTTGAGATCTTAAAAGATCGGCCGTCATGGTGTCGCGATTGTCGAGCTGTTGACGTTCTTAATGTGCTCACAACGGGATCTAACGGCACCATCGAGCTTCTTTACATGCAGCTTTATGCACCAACTACTTTAGCACCAGCACGTGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

657 aa · TkA01G072240|TK1151|PROTEIN

MPGMKPGPDSIGIIAISHGCTGVASRACGLVGLEPTRVVEILKDRPSWCRDCRAVDVLNVLTTGSNGTIELLYMQLYAPTTLAPARDFWLLRYTSALEDGSLVVCERSLNNTQNGPSMPPVPHFVRAKMLPSGYLIRPCDGGGSIIHIVDHVDFESGSVPEVLRPLYDSSTLLAQRTTLAALRQLRQISQEISQPMVTSWGRRPSALRALGQRMSRGFNEAINGFSDEGWSVMESDGVDDVTVLVNSSPDKVMGAAPIYA...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA01G072240`
TK1151 ID	TkA01G072240
OH-1004 ID	LXL04_002118
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	70.300
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 99.848 / OH-1004 78.121 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA01G072240

位置 Chr01:18566633-18573758 (-)

描述 Similar to ATHB-15: Homeobox-leucine zipper protein ATHB-15

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g32880`	可能参与调控维管组织发育的转录因子。	The arabidopsis ATHB-8 HD-zip protein acts as a differentiation-promoting transcription factor of the vascular meristems.2001 · DOI: 10.1104/pp.126.2.643
`At1g52150`	可能参与分生组织发育调节以促进侧生器官形成的转录因子。	Mutations in the microRNA complementarity site of the INCURVATA4 gene perturb meristem function and adaxialize lateral organs in arabidopsis.2006 · DOI: 10.1104/pp.106.077149

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os03g0640800`	可能的转录因子。	暂无已核实直接文献
`UniProt: A2XK30`	可能的转录因子。	暂无已核实直接文献
`UniProt: A2WLR5`	可能的转录因子。	暂无已核实直接文献
`Os01g0200300`	可能为维管束正确分布模式的形成所必需的转录因子。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_002118 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0008284 positive regulation of cell population proliferation 生物过程

GO:0009733 response to auxin 生物过程

GO:0009855 determination of bilateral symmetry 生物过程

GO:0009965 leaf morphogenesis 生物过程

GO:0010014 meristem initiation 生物过程

GO:0010067 procambium histogenesis 生物过程

GO:0010072 primary shoot apical meristem specification 生物过程

GO:0010073 meristem maintenance 生物过程

GO:0010075 regulation of meristem growth 生物过程

GO:0010087 phloem or xylem histogenesis 生物过程

GO:0010089 xylem development 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G52150

ath:AT4G32880

dosa:Os03g0640800

dosa:Os12g0612700

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.431

排名 1 · TkA01G072240 · TK1151

细胞质0.364

排名 2 · TkA01G072240 · TK1151

细胞膜0.146

排名 3 · TkA01G072240 · TK1151

内质网0.077

排名 4 · TkA01G072240 · TK1151

质体0.076

排名 5 · TkA01G072240 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF01852START2-187 aa

PF25797PDF2_C128-138 aa

PF25797PDF2_C209-298 aa

PF25797PDF2_C400-421 aa

PF08670MEKHLA515-656 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA01G072240	`PF01852`	START	2	187	4e-45	154.4
TkA01G072240	`PF25797`	PDF2_C	128	138	6.7e-06	26.1
TkA01G072240	`PF25797`	PDF2_C	209	298	6.7e-06	26.1
TkA01G072240	`PF25797`	PDF2_C	400	421	6.7e-06	26.1
TkA01G072240	`PF08670`	MEKHLA	515	656	6.3e-46	156.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q39123`	拟南芥	sp\|Q39123\|ATHB8_ARATH Homeobox-leucine zipper protein ATHB-8	71.500%	Swiss-Prot	高置信
`Q9ZU11`	拟南芥	sp\|Q9ZU11\|ATB15_ARATH Homeobox-leucine zipper protein ATHB-15	71.700%	Swiss-Prot	高置信
`Q6AST1`	水稻	sp\|Q6AST1\|HOX32_ORYSJ Homeobox-leucine zipper protein HOX32	63.000%	Swiss-Prot	高置信
`A2XK30`	水稻	sp\|A2XK30\|HOX32_ORYSI Homeobox-leucine zipper protein HOX32	63.000%	Swiss-Prot	高置信
`A2WLR5`	水稻	sp\|A2WLR5\|HOX29_ORYSI Homeobox-leucine zipper protein HOX29	61.700%	Swiss-Prot	高置信
`Q5QMZ9`	水稻	sp\|Q5QMZ9\|HOX29_ORYSJ Homeobox-leucine zipper protein HOX29	56.500%	Swiss-Prot	高置信

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