TkA01G042990 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA01G042990

当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 11016480-11020594 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2369 bp · TkA01G042990|TK1151|cDNA

TTTCTTTAACTTTCTTGCAAATTTGTCCCCACTACCCACCCCCTCCCCTCCCCTCCTCAAAAACAGCAAAAAAGAAGCTGTCTCACACACTCTCTCTCTCTCCCTCTCTCCCAAATCTCTCCATTTCACAAACACTTTTTCTCTCCCTTTCTCTCTCTCTTTCTCTTTCTCTCCCTCGATTGATAATGTAAACCCCCCCTGAAAAAGCCACACAATTATTTTGATTCCAAAATTTTCTCATTGAGAGCAAAGATTATATA...

CDS

下载 CDS FASTA

1776 bp · TkA01G042990|TK1151|CDS

ATGGCTTCTTCTTCTACCTTTCGCTACTCTCTCCTTTTCGTCTACATTTCCTTGTTTCTGAGCTTCGCGTTAGCTGAAGATCCTACTGTTTCCTACAAATTTGAATATTCTTACATTACGGCTTCGCCTCTTGGAGTCCCGCAACAGGTTATCGCCATCAATGGAAAATTTCCTGGCCCTACCATAAATTCAACTACCAACAACAATGTTGTTGTCAATGTGAGGAACAAGTTAGATGAGAATCTACTCGTCACTTGGGC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

591 aa · TkA01G042990|TK1151|PROTEIN

MASSSTFRYSLLFVYISLFLSFALAEDPTVSYKFEYSYITASPLGVPQQVIAINGKFPGPTINSTTNNNVVVNVRNKLDENLLVTWAGIQQKRESWQDGVLGTNCPIPPKWNWTYNFQVKDQIGSYFYFPSLNFQRASGGFGGFIINPRSVIPTPFDNPAGDIVVLIGDWYIRNHTDLRKSLDAGRTLGMPDGVLINGKGPYRYNDTLVPDKIDHETINVEPGKTYRIRVSNVGISTSLNFRIQNHNLLLAETEGSYTVQ...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA01G042990`
TK1151 ID	TkA01G042990
OH-1004 ID	LXL04_005492
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	97.300
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 97.124 / OH-1004 97.199 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA01G042990

位置 Chr01:11016480-11020594 (-)

描述 Similar to SKU5: Monocopper oxidase-like protein SKU5

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g12420`	可能是一种具有未知特异性的单铜氧化酶。	暂无已核实直接文献
`At5g51480`	单铜氧化酶样蛋白 SKS2。	暂无已核实直接文献
`At4g25240`	单铜氧化酶样蛋白 SKS1。	暂无已核实直接文献
`At1g55560`	可能参与花粉管生长的可疑氧化还原酶。	Two Arabidopsis late pollen transcripts are detected in cytoplasmic granules.2017 · DOI: 10.1002/pld3.12

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_005492 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009932 cell tip growth 生物过程

GO:0000325 plant-type vacuole 细胞组分

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0009505 plant-type cell wall 细胞组分

GO:0009506 plasmodesma 细胞组分

GO:0016020 membrane 细胞组分

GO:0048046 apoplast 细胞组分

GO:0098552 side of membrane 细胞组分

GO:0005507 copper ion binding 分子功能

GO:0016491 oxidoreductase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G55560

ath:AT4G12420

ath:AT4G25240

ath:AT5G51480

bna:106452325

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞外0.446

排名 1 · TkA01G042990 · TK1151

细胞膜0.374

排名 2 · TkA01G042990 · TK1151

细胞质0.095

排名 3 · TkA01G042990 · TK1151

内质网0.079

排名 4 · TkA01G042990 · TK1151

高尔基体0.050

排名 5 · TkA01G042990 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF07732Cu-oxidase_337-150 aa

PF00394Cu-oxidase48-90 aa

PF00394Cu-oxidase162-316 aa

PF07731Cu-oxidase_2210-231 aa

PF07732Cu-oxidase_3215-291 aa

PF02018CBM_4_9215-231 aa

PF02018CBM_4_9271-307 aa

PF07732Cu-oxidase_3327-349 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA01G042990	`PF07732`	Cu-oxidase_3	37	150	1.1e-43	148.9
TkA01G042990	`PF00394`	Cu-oxidase	48	90	3.1e-47	161.3
TkA01G042990	`PF00394`	Cu-oxidase	162	316	3.1e-47	161.3
TkA01G042990	`PF07731`	Cu-oxidase_2	210	231	3.2e-31	108.6
TkA01G042990	`PF07732`	Cu-oxidase_3	215	291	1.1e-43	148.9
TkA01G042990	`PF02018`	CBM_4_9	215	231	0.21	12.7
TkA01G042990	`PF02018`	CBM_4_9	271	307	0.21	12.7
TkA01G042990	`PF07732`	Cu-oxidase_3	327	349	1.1e-43	148.9
TkA01G042990	`PF07731`	Cu-oxidase_2	400	535	3.2e-31	108.6
TkA01G042990	`PF02018`	CBM_4_9	453	500	0.21	12.7
TkA01G042990	`PF00394`	Cu-oxidase	491	516	3.1e-47	161.3
TkA01G042990	`PF00394`	Cu-oxidase	538	554	3.1e-47	161.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SU40`	拟南芥	sp\|Q9SU40\|SKU5_ARATH Monocopper oxidase-like protein SKU5	78.500%	Swiss-Prot	高置信
`Q9FHN6`	拟南芥	sp\|Q9FHN6\|SKS2_ARATH Monocopper oxidase-like protein SKS2	67.400%	Swiss-Prot	高置信
`Q8VXX5`	拟南芥	sp\|Q8VXX5\|SKS1_ARATH Monocopper oxidase-like protein SKS1	67.900%	Swiss-Prot	高置信
`Q9SMW3`	拟南芥	sp\|Q9SMW3\|SKS14_ARATH Protein SKU5 SIMILAR 14	46.900%	Swiss-Prot	中等置信

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