TkA01G038310 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA01G038310

当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 9896246-9896697 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

411 bp · TkA01G038310|TK1151|cDNA

ATGCCGGCAATTCCTTCGCCTTCCACCATTGATTCCTTCGCCTTCCACCTGAGGAAACTTGATTTGTCGAATAATTCGATCAATGGGTCAATTCCTTTGTCGTTGTATAATGCTACGGAGCTTACATTTCTCGATTTTTCGAATAATTTGATCTCCGACGAGCTTCGGGAGCTTGTTAGAGGGTGGGTGGGTCTTCAAGTTCTTAATGCTTCTGGGAACTCGTTAACAGGGAAGTTACGGGAGAGTCTTGGTGGTCTTCG...

CDS

下载 CDS FASTA

411 bp · TkA01G038310|TK1151|CDS

ATGCCGGCAATTCCTTCGCCTTCCACCATTGATTCCTTCGCCTTCCACCTGAGGAAACTTGATTTGTCGAATAATTCGATCAATGGGTCAATTCCTTTGTCGTTGTATAATGCTACGGAGCTTACATTTCTCGATTTTTCGAATAATTTGATCTCCGACGAGCTTCGGGAGCTTGTTAGAGGGTGGGTGGGTCTTCAAGTTCTTAATGCTTCTGGGAACTCGTTAACAGGGAAGTTACGGGAGAGTCTTGGTGGTCTTCG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

136 aa · TkA01G038310|TK1151|PROTEIN

MPAIPSPSTIDSFAFHLRKLDLSNNSINGSIPLSLYNATELTFLDFSNNLISDELRELVRGWVGLQVLNASGNSLTGKLRESLGGLRNLTVVSLKNNYLHRNLPTGFDSVKFLDLSANFINGSLPKDFGGGDLVYQ

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA01G038310`
TK1151 ID	TkA01G038310
OH-1004 ID	LXL04_006765
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 22.794 / OH-1004 3.429 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`TkA01G038310`
位置	Chr01:9896246-9896697 (-)
描述	Similar to At4g37250: Probable LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase At4g37250
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_006765` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0009789 positive regulation of abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程 GO:0010030 positive regulation of seed germination 生物过程 GO:0010069 zygote asymmetric cytokinesis in embryo sac 生物过程 GO:0010070 zygote asymmetric cell division 生物过程 GO:0042631 cellular response to water deprivation 生物过程 GO:0042742 defense response to bacterium 生物过程 GO:0046777 protein autophosphorylation 生物过程 GO:0062207 regulation of pattern recognition receptor signaling pathway 生物过程 GO:0000325 plant-type vacuole 细胞组分 GO:0005576 extracellular region 细胞组分 GO:0005634 nucleus 细胞组分 GO:0005886 plasma membrane 细胞组分
KEGG 基因交叉引用	ath:AT1G48480 ath:AT1G66830 ath:AT2G01210 ath:AT4G34220 ath:AT4G37250 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.366

排名 1 · TkA01G038310 · TK1151

细胞外0.198

排名 2 · TkA01G038310 · TK1151

内质网0.175

排名 3 · TkA01G038310 · TK1151

细胞质0.092

排名 4 · TkA01G038310 · TK1151

细胞核0.088

排名 5 · TkA01G038310 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF24048LRR_NXF1-510-28 aa

PF23598LRR_1411-113 aa

PF00560LRR_116-37 aa

PF12799LRR_416-53 aa

PF13855LRR_816-51 aa

PF13516LRR_616-29 aa

PF23211LRR_LRWD117-53 aa

PF24141LRR_ComC25-133 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA01G038310	`PF24048`	LRR_NXF1-5	10	28	0.013	15.8
TkA01G038310	`PF23598`	LRR_14	11	113	0.0039	16.7
TkA01G038310	`PF00560`	LRR_1	16	37	4.9e-16	56.1
TkA01G038310	`PF12799`	LRR_4	16	53	1.3e-11	45.0
TkA01G038310	`PF13855`	LRR_8	16	51	1.7e-08	34.8
TkA01G038310	`PF13516`	LRR_6	16	29	0.04	14.7
TkA01G038310	`PF23211`	LRR_LRWD1	17	53	0.45	10.9
TkA01G038310	`PF24141`	LRR_ComC	25	133	0.017	15.6
TkA01G038310	`PF24048`	LRR_NXF1-5	37	99	0.013	15.8
TkA01G038310	`PF00560`	LRR_1	41	58	4.9e-16	56.1
TkA01G038310	`PF13516`	LRR_6	41	54	0.04	14.7
TkA01G038310	`PF13855`	LRR_8	60	99	1.7e-08	34.8
TkA01G038310	`PF00560`	LRR_1	65	86	4.9e-16	56.1
TkA01G038310	`PF12799`	LRR_4	65	99	1.3e-11	45.0
TkA01G038310	`PF13516`	LRR_6	65	77	0.04	14.7
TkA01G038310	`PF13516`	LRR_6	87	97	0.04	14.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

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