TkA01G024050 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA01G024050

当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 6200833-6208600 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

548 bp · TkA01G024050|TK1151|cDNA

TTAACATCAACCAAAGAGCCGCAAAAAAAAGCTTCCACAAATGGTGGTAGTGCAAGTGAGGGGTTTATCATCCGCCAAACGGCTTTACCAGACGATCTGGTATCAATGCTCACGAACAATTACATCCAACAGATTGATTCAGGAGCCAATTTCTCGAATCCAAACAACACTTGACTCAGAAATGGTGGGAAAATCAGGCATCGAAAACCTCGACCTTTCATGGGATTCGCTCCTGACTTCTATTCGTTCTTCCGCCCCTC...

CDS

下载 CDS FASTA

1254 bp · TkA01G024050|TK1151|CDS

ATGGTGGTAGTGCAAGTGAGGGGTTTATCATCCGCCAAACGGCTTTACCAGACGATCTGGTATCAATGCTCACGAACAATTACATCCAACAGATTGATTCAGGAGCCAATTTCTCGAATCCAAACAACACTTGACTCAGAAATGGTGGGAAAATCAGGCATCGAAAACCTCGACCTTTCATGGGATTCGCTCCTGACTTCTATTCGTTCTTCCGCCCCTCACAAAGCTCAGCTCGTTCTTGAACGGGGGTTACAGAAATT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

417 aa · TkA01G024050|TK1151|PROTEIN

MVVVQVRGLSSAKRLYQTIWYQCSRTITSNRLIQEPISRIQTTLDSEMVGKSGIENLDLSWDSLLTSIRSSAPHKAQLVLERGLQKLQKENEKNHDIYLELIHICAKIQNPKTAMRVFTLMENQGLKPTTTILNALISAHISSGNTITSLSIFQTMQNSDDYKPTSHTYNLFISSFANYGNSKAMLAWYESKMNLGFSADLDTYEAIILGCIKLKRYEEANRFYKEMLSSPQIKPNTSILNNMLMGLCEQNDLDKIRDFL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA01G024050`
TK1151 ID	TkA01G024050
OH-1004 ID	LXL04_005675
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`TkA01G024050`
位置	Chr01:6200833-6208600 (+)
描述	Similar to At4g26680: Pentatricopeptide repeat-containing protein At4g26680, mitochondrial
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_005675` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0000373 Group II intron splicing 生物过程 GO:0006397 mRNA processing 生物过程 GO:0006417 regulation of translation 生物过程 GO:0031425 chloroplast RNA processing 生物过程 GO:0005739 mitochondrion 细胞组分 GO:0009507 chloroplast 细胞组分 GO:0003723 RNA binding 分子功能 GO:0003727 single-stranded RNA binding 分子功能 GO:0003729 mRNA binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用	ath:AT2G30780 ath:AT4G26680 ath:AT5G38730 ath:AT5G48730 dosa:Os02g0750400 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.834

排名 1 · TkA01G024050 · TK1151

质体0.090

排名 2 · TkA01G024050 · TK1151

细胞核0.052

排名 3 · TkA01G024050 · TK1151

细胞质0.043

排名 4 · TkA01G024050 · TK1151

细胞膜0.011

排名 5 · TkA01G024050 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF10298WhiA_N4-19 aa

PF17177PPR_long12-38 aa

PF29070MSC6_N54-185 aa

PF00637Clathrin84-119 aa

PF25058ARM_TT2185-162 aa

PF12921ATP1389-113 aa

PF17177PPR_long94-194 aa

PF13812PPR_398-139 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA01G024050	`PF10298`	WhiA_N	4	19	0.27	12.1
TkA01G024050	`PF17177`	PPR_long	12	38	9.9e-06	25.8
TkA01G024050	`PF29070`	MSC6_N	54	185	1.2e-18	68.1
TkA01G024050	`PF00637`	Clathrin	84	119	0.002	18.6
TkA01G024050	`PF25058`	ARM_TT21	85	162	0.0091	16.7
TkA01G024050	`PF12921`	ATP13	89	113	0.012	16.2
TkA01G024050	`PF17177`	PPR_long	94	194	9.9e-06	25.8
TkA01G024050	`PF13812`	PPR_3	98	139	1.4e-15	57.9
TkA01G024050	`PF23276`	TPR_24	98	227	1.2e-07	32.4
TkA01G024050	`PF13041`	PPR_2	100	130	1.5e-19	70.6
TkA01G024050	`PF01535`	PPR	101	125	2.4e-20	72.0
TkA01G024050	`PF10298`	WhiA_N	103	132	0.27	12.1
TkA01G024050	`PF12854`	PPR_1	112	122	4.6e-06	27.0
TkA01G024050	`PF12921`	ATP13	119	159	0.012	16.2
TkA01G024050	`PF12854`	PPR_1	125	139	4.6e-06	27.0
TkA01G024050	`PF13041`	PPR_2	128	178	1.5e-19	70.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情