LXL04_039499 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_039499

当前版本: OH-1004 染色体: JAJTUU010000012.1 坐标: 977428-987284 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2799 bp · LXL04_039499|LXL04_039499|OH1004|cDNA

atgggtgcaggtggtgcaccgacggtggtccgacggtggtccggcggtggtccggtggtgggtgcaggtggtggtccggtgAAAAGTTTATGCAATGGATGTTGTGGGAACGATTCCAGAAGCACTTTGGACTCTGACTTATCTTATCAATCTATTTATAATGTTGAATTTGAACTTTTTAATAGGACATTTGGCATCAATGCTTTATCCGGCCAAATTCCACCAGACCTAGGGCGGCTTATAGATCTTAGATCATTAGC...

CDS

下载 CDS FASTA

2799 bp · LXL04_039499|LXL04_039499|OH1004|CDS

ATGGGTGCAGGTGGTGCACCGACGGTGGTCCGACGGTGGTCCGGCGGTGGTCCGGTGGTGGGTGCAGGTGGTGGTCCGGTGAAAAGTTTATGCAATGGATGTTGTGGGAACGATTCCAGAAGCACTTTGGACTCTGACTTATCTTATCAATCTATTTATAATGTTGAATTTGAACTTTTTAATAGGACATTTGGCATCAATGCTTTATCCGGCCAAATTCCACCAGACCTAGGGCGGCTTATAGATCTTAGATCATTAGC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

932 aa · LXL04_039499|LXL04_039499|OH1004|PROTEIN

MGAGGAPTVVRRWSGGGPVVGAGGGPVKSLCNGCCGNDSRSTLDSDLSYQSIYNVEFELFNRTFGINALSGQIPPDLGRLIDLRSLAFGTNNFNGSLPSELGNLRRLQQLYIDSAGLSGEIPPTFANLVDMRTVWASDNNFTGKIPYFIGNWSHLQSLRLEGNSFDGSIPSSFSRLTVLQDLRISGLSSGTLDFIRDLKSLGLLTLRNNGISGSIPSDLGEYVNLTLLDLSFNNLSGTIPRGLFNLNQLSFLFLGNNSLS...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_039499`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_039499

位置 JAJTUU010000012.1:977428-987284 (-)

描述 Similar to At1g56140: Probable LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase At1g56140

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g56140`	可能的 LRR 受体样丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶 At1g56140。	暂无已核实直接文献
`At1g56130`	可能的 LRR 受体样丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶 At1g56130。	暂无已核实直接文献
`At1g53440`	可能的 LRR 受体样丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶 At1g53440。	暂无已核实直接文献
`At1g53430`	可能的 LRR 受体样丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶 At1g53430。	暂无已核实直接文献
`At1g07650`	可能的LRR受体样丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶At1g07650。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_039499 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0045088 regulation of innate immune response 生物过程

GO:0052542 defense response by callose deposition 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0004672 protein kinase activity 分子功能

GO:0004674 protein serine/threonine kinase activity 分子功能

GO:0005524 ATP binding 分子功能

GO:0106310 protein serine kinase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G53430

ath:AT1G53440

ath:AT1G56130

ath:AT1G56140

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.734

排名 1 · LXL04_039499 · OH-1004

内质网0.104

排名 2 · LXL04_039499 · OH-1004

细胞质0.086

排名 3 · LXL04_039499 · OH-1004

溶酶体／液泡0.062

排名 4 · LXL04_039499 · OH-1004

细胞核0.058

排名 5 · LXL04_039499 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF23598.2LRR_1476-183 aa

PF23598.2LRR_14137-294 aa

PF11721.15Malectin329-510 aa

PF00069.32Pkinase598-859 aa

PF07714.24PK_Tyr_Ser-Thr599-861 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_039499	`PF23598.2`	LRR_14	76	183	2.8e-15	56.7
LXL04_039499	`PF23598.2`	LRR_14	137	294	2.8e-15	56.7
LXL04_039499	`PF11721.15`	Malectin	329	510	3.4e-40	138.4
LXL04_039499	`PF00069.32`	Pkinase	598	859	3.8e-44	151.8
LXL04_039499	`PF07714.24`	PK_Tyr_Ser-Thr	599	861	1.1e-45	156.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`C0LGH3`	拟南芥	Probable LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase At1g56140	60.476%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`C0LGH2`	拟南芥	Probable LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase At1g56130	57.223%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`C0LGG9`	拟南芥	Probable LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase At1g53440	45.443%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`C0LGG8`	拟南芥	Probable LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase At1g53430	45.554%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`C0LGE0`	拟南芥	Probable LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase At1g07650	44.287%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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