LXL04_039109 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_039109

当前版本: OH-1004 染色体: Chr09 坐标: 59441833-59443477 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

897 bp · LXL04_039109|LXL04_039109|OH1004|cDNA

ATGAAGAGAAACTTCAGTTGCTCTGATTCTTTGACTCATTTTCTCTCACACCCACTTGAAGGGGAGATAAAAGCAGAAGAAGACTGCATTTTCAACGGAGAATTTCAATCAATGGTAGACGGCCGTGGTGGCGGAGATGGAGAAGATTACGGTGGGGAAGAAACAGGGCAATTCGGTGACAAAAAGAGAAGATTAAGCAATCATCAAGTGAAATCATTAGAGAAAATATTTGAAGTCGATAACAAACTTGACCCAGAAAG...

CDS

下载 CDS FASTA

897 bp · LXL04_039109|LXL04_039109|OH1004|CDS

ATGAAGAGAAACTTCAGTTGCTCTGATTCTTTGACTCATTTTCTCTCACACCCACTTGAAGGGGAGATAAAAGCAGAAGAAGACTGCATTTTCAACGGAGAATTTCAATCAATGGTAGACGGCCGTGGTGGCGGAGATGGAGAAGATTACGGTGGGGAAGAAACAGGGCAATTCGGTGACAAAAAGAGAAGATTAAGCAATCATCAAGTGAAATCATTAGAGAAAATATTTGAAGTCGATAACAAACTTGACCCAGAAAG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

298 aa · LXL04_039109|LXL04_039109|OH1004|PROTEIN

MKRNFSCSDSLTHFLSHPLEGEIKAEEDCIFNGEFQSMVDGRGGGDGEDYGGEETGQFGDKKRRLSNHQVKSLEKIFEVDNKLDPERKVKVAQDLGLQPRQVAIWFQNRRARWKTKQLERDYNLLKSSYDTLKHNYHKLEKEKEIIIKELVELKAKLHEETTQGSEEFEDRENVLFLGSDPTDTNHEVYTSLNYESTRKSLDLKDGFSDSDSSGVLNEENMNVSNDNGSSSLNMASFGLSSLCSSSATTSNHTGHVDPRT...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_039109`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_039109

位置 Chr09:59441833-59443477 (-)

描述 Similar to ATHB-16: Homeobox-leucine zipper protein ATHB-16

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g40060`	可能的转录因子，可作为光周期对开花时间反应的负调控因子。	暂无已核实直接文献
`At5g65310`	可能的转录因子，作为ABA反应的正向调节因子，介导ABA在幼苗建立期间对生长的抑制作用。	暂无已核实直接文献
`At2g22430`	转录激活子，可能作为对水分不足的生长调节因子。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os09g0470500`	可能的转录激活因子，结合DNA序列5'-CAAT[AT]ATTG-3'。	HD-Zip proteins of families I and II from rice: interactions and functional properties.2000 · DOI: 10.1007/pl00008671 Functional analysis of rice HOMEOBOX4 (Oshox4) gene reveals a negative function in gibberellin responses.2008 · DOI: 10.1007/s11103-007-9270-8
`UniProt: Q9XH37`	可能的转录激活因子，结合DNA序列5'-CAAT[AT]ATTG-3'。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_039109 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0009414 response to water deprivation 生物过程

GO:0009637 response to blue light 生物过程

GO:0009737 response to abscisic acid 生物过程

GO:0009738 abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程

GO:0009788 negative regulation of abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程

GO:0030308 negative regulation of cell growth 生物过程

GO:0045893 positive regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0048510 regulation of timing of transition from vegetative to reproductive phase 生物过程

GO:0048573 photoperiodism, flowering 生物过程

GO:0048768 root hair cell tip growth 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G22430

ath:AT4G40060

ath:AT5G65310

dosa:Os09g0470500

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.978

排名 1 · LXL04_039109 · OH-1004

细胞质0.086

排名 2 · LXL04_039109 · OH-1004

细胞膜0.022

排名 3 · LXL04_039109 · OH-1004

内质网0.012

排名 4 · LXL04_039109 · OH-1004

质体0.010

排名 5 · LXL04_039109 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00046.36Homeodomain61-114 aa

PF02183.24HALZ116-157 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_039109	`PF00046.36`	Homeodomain	61	114	2.5e-17	63.1
LXL04_039109	`PF02183.24`	HALZ	116	157	1.4e-12	48.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q940J1`	拟南芥	Homeobox-leucine zipper protein ATHB-16	37.143%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`P46667`	拟南芥	Homeobox-leucine zipper protein ATHB-5	50.000%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`P46668`	拟南芥	Homeobox-leucine zipper protein ATHB-6	49.367%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q6K498`	水稻	Homeobox-leucine zipper protein HOX4	56.489%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9XH37`	水稻	Homeobox-leucine zipper protein HOX4	56.489%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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