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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

LXL04_039103
当前版本: OH-1004 染色体: Chr09 坐标: 59326418-59332743 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

2886 bp · LXL04_039103|LXL04_039103|OH1004|cDNA

ATGCCCACAAGGCAAATCAAAGAAGTAGTGGAACAACACCTTGTGATCAAACCGAAATCAAACTTACAAAATCAGATGCAAAAAACCCCCAACGTATTCCCAGAAGAAAATGGGAGTTGTCCACCTTGTACGACTCACGAAAACCACCATCATCAGCCACACAGGAACAAAGcaagaagaagaggaagaggaagaggTGGCCGGAAATCATCTGATCAAGAAACCCGGCGGCCATGTGCGGTGGCTGCTTCACCAAATCC...

CDS

下载 CDS FASTA

2886 bp · LXL04_039103|LXL04_039103|OH1004|CDS

ATGCCCACAAGGCAAATCAAAGAAGTAGTGGAACAACACCTTGTGATCAAACCGAAATCAAACTTACAAAATCAGATGCAAAAAACCCCCAACGTATTCCCAGAAGAAAATGGGAGTTGTCCACCTTGTACGACTCACGAAAACCACCATCATCAGCCACACAGGAACAAAGCAAGAAGAAGAGGAAGAGGAAGAGGTGGCCGGAAATCATCTGATCAAGAAACCCGGCGGCCATGTGCGGTGGCTGCTTCACCAAATCC...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

961 aa · LXL04_039103|LXL04_039103|OH1004|PROTEIN

MPTRQIKEVVEQHLVIKPKSNLQNQMQKTPNVFPEENGSCPPCTTHENHHHQPHRNKARRRGRGRGGRKSSDQETRRPCAVAASPNPADTQDKISEMGFPWSNKSLRFAPRPGYGQTGTVCIVKANHFMAQLPDKDLNQYDVSIFPEVTSKSWNRAIMGELVKRYKESDLGMRLPAYDGRKCLYTAGELPFVWKEFRIKMVDEDDGINSPKREREYKVVIRFVAHVNLHHLGQFLAGKRADGSQEAIQILDIVLKELSTK...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDLXL04_039103
版本OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDLXL04_039103
位置Chr09:59326418-59332743 (+)
描述Similar to AGO10: Protein argonaute 10
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At5g43810 参与 RNA 介导的转录后基因沉默。
Redundant and specific roles of the ARGONAUTE proteins AGO1 and ZLL in development and small RNA-directed gene silencing.2009 · DOI: 10.1371/journal.pgen.1000646
microRNA-directed cleavage and translational repression of the copper chaperone for superoxide dismutase mRNA in Arabidopsis.2010 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2010.04162.x
At1g48410 参与 RNA 介导的转录后基因沉默。
Arabidopsis ARGONAUTE1 is an RNA Slicer that selectively recruits microRNAs and short interfering RNAs.2005 · DOI: 10.1073/pnas.0505461102
Cucumber mosaic virus-encoded 2b suppressor inhibits Arabidopsis Argonaute1 cleavage activity to counter plant defense.2006 · DOI: 10.1101/gad.1495506
Sorting of small RNAs into Arabidopsis argonaute complexes is directed by the 5' terminal nucleotide.2008 · DOI: 10.1016/j.cell.2008.02.034
Arabidopsis DRB4, AGO1, AGO7, and RDR6 participate in a DCL4-initiated antiviral RNA silencing pathway negatively regulated by DCL1.2008 · DOI: 10.1073/pnas.0805760105
Redundant and specific roles of the ARGONAUTE proteins AGO1 and ZLL in development and small RNA-directed gene silencing.2009 · DOI: 10.1371/journal.pgen.1000646
The Arabidopsis thaliana double-stranded RNA binding protein DRB1 directs guide strand selection from microRNA duplexes.2009 · DOI: 10.1261/rna.1646909
Unique functionality of 22-nt miRNAs in triggering RDR6-dependent siRNA biogenesis from target transcripts in Arabidopsis.2010 · DOI: 10.1038/nsmb.1866
AGO1 defines a novel locus of Arabidopsis controlling leaf development.1998 · DOI: 10.1093/emboj/17.1.170

水稻

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
Os06g0597400 可能参与RNA沉默途径。 暂无已核实直接文献
Os02g0672200 参与 RNA 沉默通路，特别是在抗病毒反应期间。 暂无已核实直接文献
Os04g0566500 参与 RNA 沉默通路，特别是在抗病毒反应期间。 暂无已核实直接文献
功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_039103 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程
GO:0006417 regulation of translation 生物过程
GO:0009616 RNAi-mediated antiviral immune response 生物过程
GO:0009733 response to auxin 生物过程
GO:0009753 response to jasmonic acid 生物过程
GO:0009850 auxin metabolic process 生物过程
GO:0009934 regulation of meristem structural organization 生物过程
GO:0009955 adaxial/abaxial pattern specification 生物过程
GO:0009965 leaf morphogenesis 生物过程
GO:0010072 primary shoot apical meristem specification 生物过程
GO:0010218 response to far red light 生物过程
GO:0010267 ta-siRNA processing 生物过程
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G48410
ath:AT5G43810
dosa:Os02g0672200
osa:9269490
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.657
排名 1 · LXL04_039103 · OH-1004
细胞核0.358
排名 2 · LXL04_039103 · OH-1004
线粒体0.077
排名 3 · LXL04_039103 · OH-1004
细胞膜0.073
排名 4 · LXL04_039103 · OH-1004
内质网0.050
排名 5 · LXL04_039103 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF16486.12ArgoN121-254 aa
PF08699.16ArgoL1264-314 aa
PF02170.29PAZ347-450 aa
PF16488.11ArgoL2460-506 aa
PF16487.11ArgoMid517-594 aa
PF02171.24Piwi609-928 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
LXL04_039103PF16486.12ArgoN1212541.4e-33117.0
LXL04_039103PF08699.16ArgoL12643149.4e-2070.7
LXL04_039103PF02170.29PAZ3474505.6e-29101.3
LXL04_039103PF16488.11ArgoL24605061.9e-1660.7
LXL04_039103PF16487.11ArgoMid5175943.6e-1453.5
LXL04_039103PF02171.24Piwi6099285.4e-116387.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9XGW1拟南芥Protein argonaute 1083.908%Swiss-Prot强数据库同源证据
O04379拟南芥Protein argonaute 172.398%Swiss-Prot强数据库同源证据
Q69VD5水稻Protein argonaute PNH179.358%Swiss-Prot强数据库同源证据
Q6EU14水稻Protein argonaute 1A72.666%Swiss-Prot强数据库同源证据
Q7XSA2水稻Protein argonaute 1B73.198%Swiss-Prot强数据库同源证据

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