LXL04_038616 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_038616

当前版本: OH-1004 染色体: Chr09 坐标: 45625868-45626655 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

573 bp · LXL04_038616|LXL04_038616|OH1004|cDNA

ATGGAAAGTGGTGGGAATGGTGGCGCCGGCTTTCCTAATTACGTGAATTTACATAAACACCCTCTTGCTCCTCCTCCATTGACAACCATTGGTAGGTTCTTGCAAGGTCAAAGTCTTCAAAACCATTTTCATCACAACTTCGAGAATAATGGATTTTCTTCGTGCTCTAATGCTGGGATCGGTGGTTTGTATGATGAATATGAAGTTCCATTAGTCCCAAGTTTGTCCATTGATAAGTTTTTGGATCCTGATTATGGTGT...

CDS

下载 CDS FASTA

573 bp · LXL04_038616|LXL04_038616|OH1004|CDS

ATGGAAAGTGGTGGGAATGGTGGCGCCGGCTTTCCTAATTACGTGAATTTACATAAACACCCTCTTGCTCCTCCTCCATTGACAACCATTGGTAGGTTCTTGCAAGGTCAAAGTCTTCAAAACCATTTTCATCACAACTTCGAGAATAATGGATTTTCTTCGTGCTCTAATGCTGGGATCGGTGGTTTGTATGATGAATATGAAGTTCCATTAGTCCCAAGTTTGTCCATTGATAAGTTTTTGGATCCTGATTATGGTGT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

190 aa · LXL04_038616|LXL04_038616|OH1004|PROTEIN

MESGGNGGAGFPNYVNLHKHPLAPPPLTTIGRFLQGQSLQNHFHHNFENNGFSSCSNAGIGGLYDEYEVPLVPSLSIDKFLDPDYGVFSSNYRNIELSNQVLKSGKKIMKSKGCGRKSLIKGQWTKEENRKWAHIAEQMIGRAGKQCRERWHNHLRPHIKNCDVTPPNQEFGGNVWGLRDVIQVSQHKKA

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_038616`
TK1151 ID	TkA01G022850
OH-1004 ID	LXL04_038616
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	87.800
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 90.184 / OH-1004 70.526 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_038616

位置 Chr09:45625868-45626655 (-)

描述 Similar to MYB119: Transcription factor MYB119

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g58850`	雌配子体生育力所需的转录因子。	MYB64 and MYB119 are required for cellularization and differentiation during female gametogenesis in Arabidopsis thaliana.2013 · DOI: 10.1371/journal.pgen.1003783
`At4g18770`	结合DD11、DD18等靶基因启动子5′-GTAACNT-3′基序，促进这些基因在胚珠助细胞（如丝状器部位）表达的转录因子。	MYB98 is required for pollen tube guidance and synergid cell differentiation in Arabidopsis.2005 · DOI: 10.1105/tpc.105.034603 Genome-wide expression profiling of the Arabidopsis female gametophyte identifies families of small, secreted proteins.2007 · DOI: 10.1371/journal.pgen.0030171 Cytoplasmic Ca2+ changes dynamically during the interaction of the pollen tube with synergid cells.2012 · DOI: 10.1242/dev.081208
`At5g11050`	雌配子体生育力所需的转录因子。	MYB64 and MYB119 are required for cellularization and differentiation during female gametogenesis in Arabidopsis thaliana.2013 · DOI: 10.1371/journal.pgen.1003783
`At3g27785`	转录激活因子，识别胚乳诱导基因启动子中的5'-TAACGG-3'基序。	Overexpression of PGA37/MYB118 and MYB115 promotes vegetative-to-embryonic transition in Arabidopsis.2009 · DOI: 10.1038/cr.2008.276 Involvement of an R2R3-MYB transcription factor gene AtMYB118 in embryogenesis in Arabidopsis.2009 · DOI: 10.1007/s00299-008-0644-4 MYB118 represses endosperm maturation in seeds of Arabidopsis.2014 · DOI: 10.1105/tpc.114.130021 Transcriptional Activation of Two Delta-9 Palmitoyl-ACP Desaturase Genes by MYB115 and MYB118 Is Critical for Biosynthesis of Omega-7 Monounsaturated Fatty Acids in the Endosperm of Arabidopsis Seeds.2016 · DOI: 10.1105/tpc.16.00612

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_038616 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000278 mitotic cell cycle 生物过程

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0009553 embryo sac development 生物过程

GO:0009960 endosperm development 生物过程

GO:0010183 pollen tube guidance 生物过程

GO:0010228 vegetative to reproductive phase transition of meristem 生物过程

GO:0010262 somatic embryogenesis 生物过程

GO:0010439 regulation of glucosinolate biosynthetic process 生物过程

GO:0045691 regulation of embryo sac central cell differentiation 生物过程

GO:0045697 regulation of synergid differentiation 生物过程

GO:0045723 positive regulation of fatty acid biosynthetic process 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G27785

ath:AT4G18770

ath:AT5G11050

ath:AT5G58850

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.963

排名 1 · LXL04_038616 · OH-1004

细胞质0.094

排名 2 · LXL04_038616 · OH-1004

细胞膜0.031

排名 3 · LXL04_038616 · OH-1004

内质网0.022

排名 4 · LXL04_038616 · OH-1004

质体0.014

排名 5 · LXL04_038616 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13921.13Myb_DNA-bind_6128-161 aa

PF00249.38Myb_DNA-binding131-155 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_038616	`PF13921.13`	Myb_DNA-bind_6	128	161	1.7e-08	35.2
LXL04_038616	`PF00249.38`	Myb_DNA-binding	131	155	5.9e-07	30.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FIM4`	拟南芥	Transcription factor MYB119	35.583%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9S7L2`	拟南芥	Transcription factor MYB98	54.098%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9FY60`	拟南芥	Transcription factor MYB64	33.548%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9LVW4`	拟南芥	Transcription factor MYB118	44.872%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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