LXL04_038601 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_038601

当前版本: OH-1004 染色体: Chr09 坐标: 44968877-44971696 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2077 bp · LXL04_038601|LXL04_038601|OH1004|cDNA

ATGCCCAACAAGTATTTCAGGTTTGAACCCGAaaagtctctctctctctctctctcaaatgGAATCTTCTGCTTCCATAGAAATACAGAATCACCAGGAGGTGGAGATCACATCCCATTCACCAAAACTACAACACGGTAATGAAGGAGTTGAACGTCCCATTTGTAGTGAAGGCGACACCAATAATGGTCTCTCTCTGACATGGAAAGAGTTGTGGGTTTCGGTGCCCGATGGAACATTAATTGGTGGGCGCCGCTCTA...

CDS

下载 CDS FASTA

2055 bp · LXL04_038601|LXL04_038601|OH1004|CDS

TTGAACCCGAAAAGTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCAAATGGAATCTTCTGCTTCCATAGAAATACAGAATCACCAGGAGGTGGAGATCACATCCCATTCACCAAAACTACAACACGGTAATGAAGGAGTTGAACGTCCCATTTGTAGTGAAGGCGACACCAATAATGGTCTCTCTCTGACATGGAAAGAGTTGTGGGTTTCGGTGCCCGATGGAACATTAATTGGTGGGCGCCGCTCTATACTTGAAGGTGTTACAGGGTA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

684 aa · LXL04_038601|LXL04_038601|OH1004|PROTEIN

MNPKSLSLSLSQMESSASIEIQNHQEVEITSHSPKLQHGNEGVERPICSEGDTNNGLSLTWKELWVSVPDGTLIGGRRSILEGVTGYARPGEILAIMGPSGSGKSTLLDALAGRLDSKTRQTGDILVNGFKTTLAYGTSAYVTQDDTLITTLTVRESVYYSAQLQLPDAMSKAEKKERAETTIREMGLQDSMDTRIGGWGAKGLSGGQMRRVSICIEILTRPKLLFLDEPTSGLDSAASYYVMSRISKLDQHEGRTIIAS...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_038601`
TK1151 ID	TkA04G446030
OH-1004 ID	LXL04_038601
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)	99.900
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 98.410 / OH-1004 99.561 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_038601

位置 Chr09:44968877-44971696 (+)

描述 Similar to ABCG11: ABC transporter G family member 11

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g17840`	通过控制角质层和可能的蜡质向细胞外基质的运输，为角质层、根木栓质和花粉皮的发育所必需。	Characterization of Arabidopsis ABCG11/WBC11, an ATP binding cassette (ABC) transporter that is required for cuticular lipid secretion.2007 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2007.03252.x The Arabidopsis DESPERADO/AtWBC11 transporter is required for cutin and wax secretion.2007 · DOI: 10.1104/pp.107.105676 Cytological and biochemical analysis of COF1, an Arabidopsis mutant of an ABC transporter gene.2007 · DOI: 10.1093/pcp/pcm139 An ABC transporter gene of Arabidopsis thaliana, AtWBC11, is involved in cuticle development and prevention of organ fusion.2007 · DOI: 10.1093/pcp/pcm152 The Arabidopsis DSO/ABCG11 transporter affects cutin metabolism in reproductive organs and suberin in roots.2010 · DOI: 10.1093/mp/ssp103 ABCG9, ABCG11 and ABCG14 ABC transporters are required for vascular development in Arabidopsis.2013 · DOI: 10.1111/tpj.12334 Expression analysis of transporter genes for screening candidate monolignol transporters using Arabidopsis thaliana cell suspensions during tracheary element differentiation.2018 · DOI: 10.1007/s10265-017-0979-4
`At3g21090`	ABC转运蛋白G家族成员15。	暂无已核实直接文献
`At1g51500`	参与角质层蜡从表皮细胞向角质层的分泌，特别是醛、醇和酸的运输。	Cuticular waxes on eceriferum mutants of Arabidopsis thaliana.2001 · DOI: 10.1016/s0031-9422(00)00513-6 Plant cuticular lipid export requires an ABC transporter.2004 · DOI: 10.1126/science.1102331 Wax and cutin mutants of Arabidopsis: Quantitative characterization of the cuticular transport barrier in relation to chemical composition.2016 · DOI: 10.1016/j.bbalip.2016.03.002 The effects of surface structure mutations in Arabidopsis thaliana on the polarization of reflections from virus-infected leaves.2017 · DOI: 10.1371/journal.pone.0174014
`At1g51460`	ABC 转运蛋白 G 家族成员 13。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_038601 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006869 lipid transport 生物过程

GO:0009611 response to wounding 生物过程

GO:0009651 response to salt stress 生物过程

GO:0009737 response to abscisic acid 生物过程

GO:0010025 wax biosynthetic process 生物过程

GO:0010222 stem vascular tissue pattern formation 生物过程

GO:0010345 suberin biosynthetic process 生物过程

GO:0010588 cotyledon vascular tissue pattern formation 生物过程

GO:0010597 green leaf volatile biosynthetic process 生物过程

GO:0015908 fatty acid transport 生物过程

GO:0051607 defense response to virus 生物过程

GO:0055085 transmembrane transport 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G17840

ath:AT1G51460

ath:AT1G51500

ath:AT3G21090

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.558

排名 1 · LXL04_038601 · OH-1004

溶酶体／液泡0.172

排名 2 · LXL04_038601 · OH-1004

内质网0.154

排名 3 · LXL04_038601 · OH-1004

细胞质0.099

排名 4 · LXL04_038601 · OH-1004

高尔基体0.078

排名 5 · LXL04_038601 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00005.34ABC_tran82-232 aa

PF13555.13AAA_2993-113 aa

PF19055.7ABC2_membrane_7262-319 aa

PF01061.30ABC2_membrane381-593 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_038601	`PF00005.34`	ABC_tran	82	232	9.8e-28	98.2
LXL04_038601	`PF13555.13`	AAA_29	93	113	4.8e-06	27.0
LXL04_038601	`PF19055.7`	ABC2_membrane_7	262	319	1.1e-06	28.6
LXL04_038601	`PF01061.30`	ABC2_membrane	381	593	9.5e-37	127.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8RXN0`	拟南芥	ABC transporter G family member 11	53.323%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q8RWI9`	拟南芥	ABC transporter G family member 15	46.802%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9C8K2`	拟南芥	ABC transporter G family member 12	44.140%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9C8J8`	拟南芥	ABC transporter G family member 13	44.586%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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