LXL04_038514 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_038514

当前版本: OH-1004 染色体: Chr09 坐标: 42881611-42882798 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

643 bp · LXL04_038514|LXL04_038514|OH1004|cDNA

ATGGCGGCATCATCCATCTCTCTATCACCAGCGTCATCATCTCGGCTCTCTCCAACCATTTCTCGGCCACGATCACCACAACATCTCTCCTTCTCTTCCTATACCTTCATCCCCACATTTCGGCTTCAACCTCATGGTCACCGTCTCCAAGCTACTCGCCGTCCTCAAAATTTCTCTCAGTTGGATTGACCAGGAAGGTGAGAATCCGGCGGCGGATCCTCGGATATGGAATCGGAATCGTAACGATATGACTTTTTCCG...

CDS

下载 CDS FASTA

510 bp · LXL04_038514|LXL04_038514|OH1004|CDS

ATGGTCACCGTCTCCAAGCTACTCGCCGTCCTCAAAATTTCTCTCAGTTGGATTGACCAGGAAGGTGAGAATCCGGCGGCGGATCCTCGGATATGGAATCGGAATCGTAACGATATGACTTTTTCCGGAGATTACGATGAAGACGATGACGAAGATGATGATGAGGAGGAAGATGACAGGAGCATGGATCTTCTAATTAGGTTTGTTGAGAACGTTTTTAAGAAGATTTCTAAGCGAGCTCGCAAAGCCGTTCGATCCGT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

169 aa · LXL04_038514|LXL04_038514|OH1004|PROTEIN

MVTVSKLLAVLKISLSWIDQEGENPAADPRIWNRNRNDMTFSGDYDEDDDEDDDEEEDDRSMDLLIRFVENVFKKISKRARKAVRSVLPINIPTKLVGFSVNGVIILAFFWILKAFLEVVCTLGSVVFVSILLVRGVWTGISYFQEGDYRRTNDFDDGNQAWNGTQPAG

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_038514`
TK1151 ID	TkA04G437510
OH-1004 ID	LXL04_038514
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)	97.600
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 62.437 / OH-1004 72.781 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_038514

位置 Chr09:42881611-42882798 (+)

描述 Similar to SHW1: Protein SHORT HYPOCOTYL IN WHITE LIGHT 1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g69935`	光形态建成的负调控因子，调节光和脱落酸（ABA）信号通路。	SHORT HYPOCOTYL IN WHITE LIGHT1, a serine-arginine-aspartate-rich protein in Arabidopsis, acts as a negative regulator of photomorphogenic growth.2008 · DOI: 10.1104/pp.108.118174 SHW1, a common regulator of abscisic acid (ABA) and light signaling pathways.2008 · DOI: 10.4161/psb.3.10.6038 Short Hypocotyl in White Light1 Interacts with Elongated Hypocotyl5 (HY5) and Constitutive Photomorphogenic1 (COP1) and Promotes COP1-Mediated Degradation of HY5 during Arabidopsis Seedling Development.2015 · DOI: 10.1104/pp.15.01184

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_038514 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009416 response to light stimulus 生物过程

GO:0009642 response to light intensity 生物过程

GO:0009738 abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程

GO:0009787 regulation of abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程

GO:0009908 flower development 生物过程

GO:0009958 positive gravitropism 生物过程

GO:0010100 negative regulation of photomorphogenesis 生物过程

GO:0010380 regulation of chlorophyll biosynthetic process 生物过程

GO:0031540 regulation of anthocyanin biosynthetic process 生物过程

GO:0048578 positive regulation of long-day photoperiodism, flowering 生物过程

GO:0090227 regulation of red or far-red light signaling pathway 生物过程

GO:1901333 positive regulation of lateral root development 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G69935

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

内质网0.228

排名 1 · LXL04_038514 · OH-1004

高尔基体0.178

排名 2 · LXL04_038514 · OH-1004

细胞质0.138

排名 3 · LXL04_038514 · OH-1004

质体0.138

排名 4 · LXL04_038514 · OH-1004

溶酶体／液泡0.118

排名 5 · LXL04_038514 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF28670.1SHW1_helical50-168 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_038514	`PF28670.1`	SHW1_helical	50	168	1.4e-52	177.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`F4I3V6`	拟南芥	Protein SHORT HYPOCOTYL IN WHITE LIGHT 1	49.412%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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