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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

LXL04_038462
当前版本: OH-1004 染色体: Chr09 坐标: 41723316-41724813 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1311 bp · LXL04_038462|LXL04_038462|OH1004|cDNA

ATGGCGACCAATGATCAGAGCGACATGAAGGTGATTCAGTTCATTGAGGAGATGACAGGGAATGCAGACACCGTCCAGACTAACGTTTTGGCAGAGATACTCGGCCGGAACGCAGATACCGAATATCTCAGGTATTACAATCTCAACGGAGCTACCGATCGTCAAACTTTCAAGTCGACGATTCCGATGGTGACCTACGACGACCTGCAACCAATCATTCAACGCATCGCCGATGGTGATCGTTCTCCCATTCTGTCAGC...

CDS

下载 CDS FASTA

1311 bp · LXL04_038462|LXL04_038462|OH1004|CDS

ATGGCGACCAATGATCAGAGCGACATGAAGGTGATTCAGTTCATTGAGGAGATGACAGGGAATGCAGACACCGTCCAGACTAACGTTTTGGCAGAGATACTCGGCCGGAACGCAGATACCGAATATCTCAGGTATTACAATCTCAACGGAGCTACCGATCGTCAAACTTTCAAGTCGACGATTCCGATGGTGACCTACGACGACCTGCAACCAATCATTCAACGCATCGCCGATGGTGATCGTTCTCCCATTCTGTCAGC...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

436 aa · LXL04_038462|LXL04_038462|OH1004|PROTEIN

MATNDQSDMKVIQFIEEMTGNADTVQTNVLAEILGRNADTEYLRYYNLNGATDRQTFKSTIPMVTYDDLQPIIQRIADGDRSPILSAHPISEFLTSSGTSAGERKLMPTIHEDLDRRQLLYSLLMPVMNLYMPGLDKGKALYFLFVKSETTTPGGLLARPVLTSYYKSDRFKARPYDPYNVYTSPDVAILCPDSFQSMYTQMLCGLYDRKEVLRIGAIFASGLVRAIRFLQLNWKELCYDIRTGTLNRKIIDRDIRCYMD...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDLXL04_038462
TK1151 IDTkA04G432480
OH-1004 IDLXL04_038462
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)97.000
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 100.000
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDLXL04_038462
位置Chr09:41723316-41724813 (+)
描述Similar to GH3.1: Probable indole-3-acetic acid-amido synthetase GH3.1
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At2g14960 催化吲哚-3-乙酸 -氨基酸缀合物的合成，为植物提供应对过量生长素存在的机制。
Characterization of an Arabidopsis enzyme family that conjugates amino acids to indole-3-acetic acid.2005 · DOI: 10.1105/tpc.104.026690
At4g37390 催化吲哚-3-乙酸 -氨基酸缀合物的合成，为植物提供应对过量生长素存在的机制。
ydk1-D, an auxin-responsive GH3 mutant that is involved in hypocotyl and root elongation.2004 · DOI: 10.1046/j.1365-313x.2003.01973.x
Characterization of an Arabidopsis enzyme family that conjugates amino acids to indole-3-acetic acid.2005 · DOI: 10.1105/tpc.104.026690
At2g23170 催化吲哚-3-乙酸 (IAA)-氨基酸缀合物的合成，为植物提供应对过量生长素存在的机制。 暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
Os07g0592600 催化吲哚-3-乙酸 -氨基酸缀合物的合成，为植物提供应对过量游离生长素存在的机制。
Activation of the indole-3-acetic acid-amido synthetase GH3-8 suppresses expansin expression and promotes salicylate- and jasmonate-independent basal immunity in rice.2008 · DOI: 10.1105/tpc.107.055657
Auxin-responsive OsMGH3, a common downstream target of OsMADS1 and OsMADS6, controls rice floret fertility.2011 · DOI: 10.1093/pcp/pcr142
UniProt: A3BLS0 催化吲哚-3-乙酸（IAA）-氨基酸共轭物的合成，为植物应对过量游离生长素提供了一种机制。 暂无已核实直接文献
功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_038462 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006952 defense response 生物过程
GO:0009555 pollen development 生物过程
GO:0009733 response to auxin 生物过程
GO:0009851 auxin biosynthetic process 生物过程
GO:0140964 intracellular auxin homeostasis 生物过程
GO:1900424 regulation of defense response to bacterium 生物过程
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0005737 cytoplasm 细胞组分
GO:0010279 indole-3-acetic acid amido synthetase activity 分子功能
GO:0016208 AMP binding 分子功能
GO:0016881 acid-amino acid ligase activity 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT2G14960
ath:AT2G23170
ath:AT4G37390
dosa:Os07g0592600
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.404
排名 1 · LXL04_038462 · OH-1004
细胞核0.255
排名 2 · LXL04_038462 · OH-1004
线粒体0.145
排名 3 · LXL04_038462 · OH-1004
过氧化物酶体0.139
排名 4 · LXL04_038462 · OH-1004
质体0.052
排名 5 · LXL04_038462 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF03321.20GH312-319 aa
PF23571.2GH3_M347-400 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
LXL04_038462PF03321.20GH3123191.7e-118396.0
LXL04_038462PF23571.2GH3_M3474001.5e-1867.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
O82333拟南芥Probable indole-3-acetic acid-amido synthetase GH3.173.737%Swiss-Prot强数据库同源证据
Q9SZT9拟南芥Indole-3-acetic acid-amido synthetase GH3.270.516%Swiss-Prot强数据库同源证据
O22190拟南芥Indole-3-acetic acid-amido synthetase GH3.368.900%Swiss-Prot强数据库同源证据
Q0D4Z6水稻Indole-3-acetic acid-amido synthetase GH3.869.849%Swiss-Prot强数据库同源证据
A3BLS0水稻Indole-3-acetic acid-amido synthetase GH3.869.849%Swiss-Prot强数据库同源证据

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