LXL04_038367 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_038367

当前版本: OH-1004 染色体: Chr09 坐标: 38729230-38731125 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1086 bp · LXL04_038367|LXL04_038367|OH1004|cDNA

ATGAGGAGAGGGAGGTGTTTTCTCGATATTAGCATTGGAGGTGAGCTAGAGGGAAGGATAGTTGTGGAGCTGTACACTGATATCGTCCCCAAAACAGCCGAGAATTTCAGAGCACTCTGTACCGGAGAAAATGGTGTTAGCCCTATCACCGGCGTTCCGCTTCACTATAagGGAGTTCGATTCCACAAGCTCATCAGAAGCTGTATGATCGAAGGCGGCGACATTTCTTCCGGCGACGGTACTGGTGGAGAATCGATCTA...

CDS

下载 CDS FASTA

1086 bp · LXL04_038367|LXL04_038367|OH1004|CDS

ATGAGGAGAGGGAGGTGTTTTCTCGATATTAGCATTGGAGGTGAGCTAGAGGGAAGGATAGTTGTGGAGCTGTACACTGATATCGTCCCCAAAACAGCCGAGAATTTCAGAGCACTCTGTACCGGAGAAAATGGTGTTAGCCCTATCACCGGCGTTCCGCTTCACTATAAGGGAGTTCGATTCCACAAGCTCATCAGAAGCTGTATGATCGAAGGCGGCGACATTTCTTCCGGCGACGGTACTGGTGGAGAATCGATCTA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

361 aa · LXL04_038367|LXL04_038367|OH1004|PROTEIN

MRRGRCFLDISIGGELEGRIVVELYTDIVPKTAENFRALCTGENGVSPITGVPLHYKGVRFHKLIRSCMIEGGDISSGDGTGGESIYGSTFEDENLETKHERKGMLSMANSGSNTNGSRFLITTTRTPHLDGKHVVFGRIVKGMGVLKSIEHVPTGENDSPTLDVVIADCGEIKEGEDDGIGNFFKDGDVYPDWPADIDNGPVELSWWLDAVDSIRACGNEAFKKQEHKMALRKYKKAVRYLDVCWEKEGIDDDRSISLG...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_038367`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_038367

位置 Chr09:38729230-38731125 (+)

描述 Similar to CYP40: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase CYP40

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g15790`	PPIases 加速蛋白质的折叠。	Regulation of vegetative phase change in Arabidopsis thaliana by cyclophilin 40.2001 · DOI: 10.1126/science.1057144

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_038367 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000122 negative regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程

GO:0000413 protein peptidyl-prolyl isomerization 生物过程

GO:0006457 protein folding 生物过程

GO:0006979 response to oxidative stress 生物过程

GO:0010050 vegetative phase change 生物过程

GO:0010582 floral meristem determinacy 生物过程

GO:0015031 protein transport 生物过程

GO:0019076 viral release from host cell 生物过程

GO:0034389 lipid droplet organization 生物过程

GO:0045070 positive regulation of viral genome replication 生物过程

GO:0050714 positive regulation of protein secretion 生物过程

GO:0051881 regulation of mitochondrial membrane potential 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G15790

bta:281420

hsa:5481

mmu:67738

rno:361967

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.551

排名 1 · LXL04_038367 · OH-1004

细胞核0.320

排名 2 · LXL04_038367 · OH-1004

线粒体0.105

排名 3 · LXL04_038367 · OH-1004

质体0.089

排名 4 · LXL04_038367 · OH-1004

细胞膜0.055

排名 5 · LXL04_038367 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00160.27Pro_isomerase8-171 aa

PF23914.2TPR_CcmH_CycH291-350 aa

PF07719.24TPR_2298-331 aa

PF00515.35TPR_1298-331 aa

PF13181.13TPR_8298-331 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_038367	`PF00160.27`	Pro_isomerase	8	171	1.7e-45	155.8
LXL04_038367	`PF23914.2`	TPR_CcmH_CycH	291	350	5.3e-08	33.6
LXL04_038367	`PF07719.24`	TPR_2	298	331	4.7e-09	36.4
LXL04_038367	`PF00515.35`	TPR_1	298	331	7.3e-08	32.6
LXL04_038367	`PF13181.13`	TPR_8	298	331	3.6e-06	27.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9C566`	拟南芥	Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase CYP40	70.278%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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