LXL04_038360 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_038360

当前版本: OH-1004 染色体: Chr09 坐标: 38555731-38557258 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

933 bp · LXL04_038360|LXL04_038360|OH1004|cDNA

ATGGGAAGCTTAAATCCATATCCTGAGCTAAGTTTCGATTTCCGACCATGTTTTATCCCCAAAACAATCGGCCAGTTTCTTGGAGAAGTGTCGAGGATCAATAACGTAACCGCTAAGGTTTCGCAAGTTGATGATTTTGTTAACCACTTGGAAATCGAAACGCGGAAAATTGAAGCAGTCAAAGGAGAATTCCCTCTTTGCATGCTTCTTATCAACGATGCAATCGATGTGTTGAAGAACGAATCAATGAAGTTGAAGAA...

CDS

下载 CDS FASTA

933 bp · LXL04_038360|LXL04_038360|OH1004|CDS

ATGGGAAGCTTAAATCCATATCCTGAGCTAAGTTTCGATTTCCGACCATGTTTTATCCCCAAAACAATCGGCCAGTTTCTTGGAGAAGTGTCGAGGATCAATAACGTAACCGCTAAGGTTTCGCAAGTTGATGATTTTGTTAACCACTTGGAAATCGAAACGCGGAAAATTGAAGCAGTCAAAGGAGAATTCCCTCTTTGCATGCTTCTTATCAACGATGCAATCGATGTGTTGAAGAACGAATCAATGAAGTTGAAGAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

310 aa · LXL04_038360|LXL04_038360|OH1004|PROTEIN

MGSLNPYPELSFDFRPCFIPKTIGQFLGEVSRINNVTAKVSQVDDFVNHLEIETRKIEAVKGEFPLCMLLINDAIDVLKNESMKLKKTSNPEPVLEEFIPMKNNCNDDSKVEITASQKDAGDKRNWLSSTHLWNANENADQKAISVKENSSERTEEEDAVKLCLITEINGVNGGLGCRPPPQKQTTTRKQRRCWSTELHRRFLSALQDLGGSQAATPKQIRDLMQVDGLTNDEVKSHLQKYRIHTRRHPSSNTNQIMGGG...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_038360`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_038360

位置 Chr09:38555731-38557258 (+)

描述 Similar to HHO5: Transcription factor HHO5

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g37180`	转录抑制因子，与ULT1一起在调节花分生组织稳态和花器官数量的通路中发挥作用。	暂无已核实直接文献
`At2g03500`	作为开花抑制子的转录因子，在叶脉中剂量依赖性地直接抑制FT表达。	暂无已核实直接文献
`At1g13300`	参与根部硝酸盐和磷酸盐信号传导的转录因子。	Overexpressing HRS1 confers hypersensitivity to low phosphate-elicited inhibition of primary root growth in Arabidopsis thaliana.2009 · DOI: 10.1111/j.1744-7909.2009.00819.x HRS1 acts as a negative regulator of abscisic acid signaling to promote timely germination of Arabidopsis seeds.2012 · DOI: 10.1371/journal.pone.0035764 AtNIGT1/HRS1 integrates nitrate and phosphate signals at the Arabidopsis root tip.2015 · DOI: 10.1038/ncomms7274
`At1g49560`	可能的转录因子，参与根中的磷信号传导。	暂无已核实直接文献
`At1g25550`	可能的转录因子，参与根中的磷信号传导。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_038360 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0009266 response to temperature stimulus 生物过程

GO:0009740 gibberellic acid mediated signaling pathway 生物过程

GO:0009788 negative regulation of abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程

GO:0009908 flower development 生物过程

GO:0010629 negative regulation of gene expression 生物过程

GO:0016036 cellular response to phosphate starvation 生物过程

GO:0032107 regulation of response to nutrient levels 生物过程

GO:0034244 negative regulation of transcription elongation by RNA polymerase II 生物过程

GO:0048449 floral organ formation 生物过程

GO:0048579 negative regulation of long-day photoperiodism, flowering 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G13300

ath:AT1G25550

ath:AT1G49560

ath:AT2G03500

ath:AT4G37180

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.973

排名 1 · LXL04_038360 · OH-1004

细胞质0.089

排名 2 · LXL04_038360 · OH-1004

细胞膜0.024

排名 3 · LXL04_038360 · OH-1004

内质网0.012

排名 4 · LXL04_038360 · OH-1004

质体0.011

排名 5 · LXL04_038360 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF26575.1HHO5_N13-83 aa

PF00249.38Myb_DNA-binding191-242 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_038360	`PF26575.1`	HHO5_N	13	83	1.2e-23	83.6
LXL04_038360	`PF00249.38`	Myb_DNA-binding	191	242	2.7e-06	28.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`F4JRB0`	拟南芥	Transcription factor HHO5	36.278%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9ZQ85`	拟南芥	Myb family transcription factor EFM	34.954%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9FX67`	拟南芥	Transcription factor HRS1	37.405%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9FX84`	拟南芥	Transcription factor HHO6	36.061%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9FPE8`	拟南芥	Transcription factor HHO3	37.024%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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