LXL04_038304 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_038304

当前版本: OH-1004 染色体: Chr09 坐标: 36915774-36916379 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

339 bp · LXL04_038304|LXL04_038304|OH1004|cDNA

ATGCCGCGCAAGGCGCGGTTTTTCGACTCGTTAGATATAATTATGGTGGTTGGTGGGTGGAATTCAAGCAACACTTCACACCTACAAGAGATTGCAGAGGATCGTGGCATTCCGTCTTATTGGGTCGATAGTGAAGCTAGAGTAGGTCCCGGAAACCACATAACTTACAAATTAATGCATGGTGAGTTGGTTGAGAAGAAAAATTGGCTACCAAAAGGGCATGTAACAATTGGTGTCACATCTGGTGCATGCGCATCTAC...

CDS

下载 CDS FASTA

339 bp · LXL04_038304|LXL04_038304|OH1004|CDS

ATGCCGCGCAAGGCGCGGTTTTTCGACTCGTTAGATATAATTATGGTGGTTGGTGGGTGGAATTCAAGCAACACTTCACACCTACAAGAGATTGCAGAGGATCGTGGCATTCCGTCTTATTGGGTCGATAGTGAAGCTAGAGTAGGTCCCGGAAACCACATAACTTACAAATTAATGCATGGTGAGTTGGTTGAGAAGAAAAATTGGCTACCAAAAGGGCATGTAACAATTGGTGTCACATCTGGTGCATGCGCATCTAC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

112 aa · LXL04_038304|LXL04_038304|OH1004|PROTEIN

MPRKARFFDSLDIIMVVGGWNSSNTSHLQEIAEDRGIPSYWVDSEARVGPGNHITYKLMHGELVEKKNWLPKGHVTIGVTSGACASTPDKVVEDVLMRIFEIKGEESLHDMN

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_038304`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_038304

位置 Chr09:36915774-36916379 (-)

描述 Similar to ISPH: 4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase, chloroplastic

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g34350`	用于类异戊二烯生物合成的质体非甲羟戊酸途径的酶，可将 1-羟基-2-甲基-2--丁烯基 4-二磷酸转化为异戊烯基二磷酸和二甲基烯丙基二磷酸。	Characterization of the Arabidopsis clb6 mutant illustrates the importance of posttranscriptional regulation of the methyl-D-erythritol 4-phosphate pathway.2005 · DOI: 10.1105/tpc.104.028860 The Arabidopsis IspH homolog is involved in the plastid nonmevalonate pathway of isoprenoid biosynthesis.2005 · DOI: 10.1104/pp.104.058735

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os03g0731900`	质体非甲羟戊酸途径中的异戊二烯类生物合成酶，将1-羟基-2-甲基-2-(E)-丁烯基4-二磷酸转化为异戊烯基二磷酸（IPP）和二甲基烯丙基二磷酸（DMAPP）。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_038304 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0016114 terpenoid biosynthetic process 生物过程

GO:0019288 isopentenyl diphosphate biosynthetic process, methylerythritol 4-phosphate pathway 生物过程

GO:0050992 dimethylallyl diphosphate biosynthetic process 生物过程

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0009570 chloroplast stroma 细胞组分

GO:0046429 4-hydroxy-3-methylbut-2-en-1-yl diphosphate synthase activity (ferredoxin) 分子功能

GO:0046872 metal ion binding 分子功能

GO:0051539 4 iron, 4 sulfur cluster binding 分子功能

GO:0051745 4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT4G34350

dosa:Os03g0731900

syc:syc1431_d

syf:Synpcc7942_0073

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.683

排名 1 · LXL04_038304 · OH-1004

细胞核0.278

排名 2 · LXL04_038304 · OH-1004

细胞外0.096

排名 3 · LXL04_038304 · OH-1004

线粒体0.061

排名 4 · LXL04_038304 · OH-1004

过氧化物酶体0.050

排名 5 · LXL04_038304 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF02401.24LYTB10-99 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_038304	`PF02401.24`	LYTB	10	99	2e-16	60.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q94B35`	拟南芥	4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase, chloroplastic	71.287%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q6AVG6`	水稻	4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase, chloroplastic	72.277%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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