LXL04_038232 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_038232

当前版本: OH-1004 染色体: Chr09 坐标: 34795761-34797473 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1713 bp · LXL04_038232|LXL04_038232|OH1004|cDNA

ATGGAGATCGCAACAATGGCGGAAGCGACACAGCTACACGCCCAATTACTAAAACACCAACAAACCGATCACCAAAACCTAAGCAAAATCTTCAATTTCACTGCTCTATCACCCTCCGGCAGCCTCACCTACGCTCGCCACATTCTCAAAACCCTAAAAACCCCAACCAACTCCTATTTCCACAACACCATGATACGAGCTTACTCCGACTCATCCGACCCGTTCCAGTCCATCTCCCTCTTCCTCGCCTGGCATAATTC...

CDS

下载 CDS FASTA

1713 bp · LXL04_038232|LXL04_038232|OH1004|CDS

ATGGAGATCGCAACAATGGCGGAAGCGACACAGCTACACGCCCAATTACTAAAACACCAACAAACCGATCACCAAAACCTAAGCAAAATCTTCAATTTCACTGCTCTATCACCCTCCGGCAGCCTCACCTACGCTCGCCACATTCTCAAAACCCTAAAAACCCCAACCAACTCCTATTTCCACAACACCATGATACGAGCTTACTCCGACTCATCCGACCCGTTCCAGTCCATCTCCCTCTTCCTCGCCTGGCATAATTC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

570 aa · LXL04_038232|LXL04_038232|OH1004|PROTEIN

MEIATMAEATQLHAQLLKHQQTDHQNLSKIFNFTALSPSGSLTYARHILKTLKTPTNSYFHNTMIRAYSDSSDPFQSISLFLAWHNSEDPFSPTPDRFTYPFVLKACSKLKQKRFGKQLHGLIYKSGFAPDMYIQNALIHFYSGCNQMGFASKVFDKMHHRDVVSWTSVINGYVDNKMTIEGLRLFDKMVIEGFEPNDVTVLSVLRACADTGALNVGMKLNEFLNRKGGVLKKNIVTALIDMYSKCGSIDNATRIFNEAQ...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_038232`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_038232

位置 Chr09:34795761-34797473 (+)

描述 Similar to PCMP-H28: Pentatricopeptide repeat-containing protein At4g21065

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g21065`	含五聚肽重复的蛋白质 At4g21065。	暂无已核实直接文献
`At5g66520`	含五肽重复序列的蛋白 At5g66520。	暂无已核实直接文献
`At1g31920`	含五重复肽重复序列的蛋白 At1g31920。	暂无已核实直接文献
`At3g47530`	含五肽重复序列的蛋白质 At3g47530。	暂无已核实直接文献
`At2g02980`	参与叶绿体中的RNA编辑事件。	A study of new Arabidopsis chloroplast RNA editing mutants reveals general features of editing factors and their target sites.2009 · DOI: 10.1105/tpc.109.071472

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_038232 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006397 mRNA processing 生物过程

GO:0009451 RNA modification 生物过程

GO:0016554 cytidine to uridine editing 生物过程

GO:0031425 chloroplast RNA processing 生物过程

GO:1900865 chloroplast RNA modification 生物过程

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0003723 RNA binding 分子功能

GO:0003729 mRNA binding 分子功能

GO:0008270 zinc ion binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G31920

ath:AT2G02980

ath:AT3G47530

ath:AT4G21065

ath:AT5G66520

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.703

排名 1 · LXL04_038232 · OH-1004

质体0.144

排名 2 · LXL04_038232 · OH-1004

细胞核0.064

排名 3 · LXL04_038232 · OH-1004

细胞质0.034

排名 4 · LXL04_038232 · OH-1004

细胞膜0.007

排名 5 · LXL04_038232 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13041.13PPR_2161-209 aa

PF01535.27PPR164-194 aa

PF29070.1MSC6_N185-272 aa

PF13041.13PPR_2262-309 aa

PF01535.27PPR266-292 aa

PF29070.1MSC6_N266-359 aa

PF20431.5E_motif380-442 aa

PF14432.13DYW_deaminase478-570 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_038232	`PF13041.13`	PPR_2	161	209	3.2e-36	123.9
LXL04_038232	`PF01535.27`	PPR	164	194	7.8e-33	111.1
LXL04_038232	`PF29070.1`	MSC6_N	185	272	3.4e-13	50.2
LXL04_038232	`PF13041.13`	PPR_2	262	309	3.2e-36	123.9
LXL04_038232	`PF01535.27`	PPR	266	292	7.8e-33	111.1
LXL04_038232	`PF29070.1`	MSC6_N	266	359	3.4e-13	50.2
LXL04_038232	`PF20431.5`	E_motif	380	442	1.1e-08	35.9
LXL04_038232	`PF14432.13`	DYW_deaminase	478	570	1.7e-36	124.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`A8MQA3`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At4g21065	38.287%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9FJY7`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At5g66520	38.358%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9C6T2`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g31920	38.448%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9SN85`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g47530	39.437%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q8LK93`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At2g02980, chloroplastic	36.268%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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