LXL04_038223 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_038223

当前版本: OH-1004 染色体: Chr09 坐标: 34591659-34594761 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1473 bp · LXL04_038223|LXL04_038223|OH1004|cDNA

ATGGCGGATCAGACGATCGAGAAACGTTCGTCTGAAGTTGGTGATCATGAGAAAGAGCCGAGGAAAAAAAAGGACGTCACCGAGGATCCAGAAACCTTCAGCTGTATGCTTCAGCCTTGTCCTACCGACTCCGATCCTAAATACGTCGGAATTCGCCGCCTTCTTCTCTTTCGGAAGGCTCAATCGGGCGTCCTTCTCCGAAAGGACTGGAGATGCAATTCGAAAGGTTATGTAGCTTACCGCAATTTCATCAACAGGCC...

CDS

下载 CDS FASTA

1473 bp · LXL04_038223|LXL04_038223|OH1004|CDS

ATGGCGGATCAGACGATCGAGAAACGTTCGTCTGAAGTTGGTGATCATGAGAAAGAGCCGAGGAAAAAAAAGGACGTCACCGAGGATCCAGAAACCTTCAGCTGTATGCTTCAGCCTTGTCCTACCGACTCCGATCCTAAATACGTCGGAATTCGCCGCCTTCTTCTCTTTCGGAAGGCTCAATCGGGCGTCCTTCTCCGAAAGGACTGGAGATGCAATTCGAAAGGTTATGTAGCTTACCGCAATTTCATCAACAGGCC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

490 aa · LXL04_038223|LXL04_038223|OH1004|PROTEIN

MADQTIEKRSSEVGDHEKEPRKKKDVTEDPETFSCMLQPCPTDSDPKYVGIRRLLLFRKAQSGVLLRKDWRCNSKGYVAYRNFINRPDNWLNSQILSRTSTPGTSGRWIPSPNQLSIEVESWAASSWTGMKDLHDSQSQTLSQTVSSIGVNSSEFEHPRRKTEHAYSFVGMHCIFDECKSMVTVIKFGHMSSDVLAYGATDGTLTVCSVSDPPSIMNKLTGHSKDVTDFDFSLNNQYIASSSLDKTVRVWDIPNNLCIRV...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_038223`
TK1151 ID	TkAUNG028260
OH-1004 ID	LXL04_038223
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Probable
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_038223

位置 Chr09:34591659-34594761 (+)

描述 Similar to WDR13: WD repeat-containing protein 13

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g49660`	通过与ATX1、SDG14、SDG16等组蛋白H3第4位赖氨酸甲基转移酶互作，形成多种参与组蛋白甲基化的COMPASS样复合物。	Establishment of the winter-annual growth habit via FRIGIDA-mediated histone methylation at FLOWERING LOCUS C in Arabidopsis.2009 · DOI: 10.1105/tpc.109.067967

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_038223 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0010228 vegetative to reproductive phase transition of meristem 生物过程

GO:0032259 methylation 生物过程

GO:1904691 negative regulation of type B pancreatic cell proliferation 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005654 nucleoplasm 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0034451 centriolar satellite 细胞组分

GO:0048188 Set1C/COMPASS complex 细胞组分

GO:0042393 histone binding 分子功能

GO:0140938 histone H3 methyltransferase activity 分子功能

GO:1990841 promoter-specific chromatin binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G49660

hsa:64743

mmu:73447

pon:100171581

ptr:449584

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.468

排名 1 · LXL04_038223 · OH-1004

细胞核0.454

排名 2 · LXL04_038223 · OH-1004

细胞膜0.092

排名 3 · LXL04_038223 · OH-1004

溶酶体／液泡0.059

排名 4 · LXL04_038223 · OH-1004

高尔基体0.046

排名 5 · LXL04_038223 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF24817.2WD40_WDHD1_1st127-350 aa

PF25173.2Beta-prop_WDR3_1st172-267 aa

PF24805.2EIF3I173-254 aa

PF23414.2Beta-prop_EML_2175-254 aa

PF24782.3WD40_MABP1-WDR62_2nd176-321 aa

PF25175.2Beta-prop_WDR5178-485 aa

PF24796.2WDR55178-388 aa

PF25168.2Beta-prop_WDR36-Utp21_2nd181-305 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_038223	`PF24817.2`	WD40_WDHD1_1st	127	350	8.6e-26	91.5
LXL04_038223	`PF25173.2`	Beta-prop_WDR3_1st	172	267	1.1e-27	97.6
LXL04_038223	`PF24805.2`	EIF3I	173	254	1.1e-10	42.0
LXL04_038223	`PF23414.2`	Beta-prop_EML_2	175	254	3.6e-25	89.6
LXL04_038223	`PF24782.3`	WD40_MABP1-WDR62_2nd	176	321	1.1e-07	31.8
LXL04_038223	`PF25175.2`	Beta-prop_WDR5	178	485	1.3e-31	110.7
LXL04_038223	`PF24796.2`	WDR55	178	388	2.9e-15	56.8
LXL04_038223	`PF25168.2`	Beta-prop_WDR36-Utp21_2nd	181	305	4.1e-14	53.3
LXL04_038223	`PF24814.2`	WD40_Prp19	182	302	4.5e-24	85.7
LXL04_038223	`PF24807.2`	WD40_CDC20-Fz	188	325	8.3e-25	88.4
LXL04_038223	`PF25174.2`	Beta-prop_THOC3	191	339	1.7e-37	129.6
LXL04_038223	`PF23381.2`	Beta-prop_IFT122_1st	194	441	1.7e-29	103.7
LXL04_038223	`PF24105.2`	Beta-prop_CAF1B_HIR1	216	306	1.1e-11	45.0
LXL04_038223	`PF00400.39`	WD40	217	251	6.8e-22	77.7
LXL04_038223	`PF25391.2`	WD40_Gbeta	217	343	2.6e-07	30.7
LXL04_038223	`PF23409.2`	Beta-prop_EML	220	363	1.9e-06	28.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9M2Z2`	拟南芥	COMPASS-like H3K4 histone methylase component WDR5A	28.076%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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