LXL04_038186 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_038186

当前版本: OH-1004 染色体: Chr09 坐标: 33402925-33404775 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1455 bp · LXL04_038186|LXL04_038186|OH1004|cDNA

ATGGCTCCAGAGGATCGCGCCACCTCGGCAGGAAGAAACACGGCTGGCGGTGGTGGTAGTTGTGCACGGGTAAACAACGGACAGGTCTTGAAAAAAGGGCCATGGACAGCGGCGGAAGATGCGATTTTAATGGAGTATGTGAAGAAACACGGCGAAGGGAATTGGAATGCTGTTCAACGGAATTCCGGGTTGATGAGATGCGGCAAAAGTTGCAGGCTCCGATGGGCGAACCATTTAAGACCGAATCTCAAGAAAGGAGC...

CDS

下载 CDS FASTA

1455 bp · LXL04_038186|LXL04_038186|OH1004|CDS

ATGGCTCCAGAGGATCGCGCCACCTCGGCAGGAAGAAACACGGCTGGCGGTGGTGGTAGTTGTGCACGGGTAAACAACGGACAGGTCTTGAAAAAAGGGCCATGGACAGCGGCGGAAGATGCGATTTTAATGGAGTATGTGAAGAAACACGGCGAAGGGAATTGGAATGCTGTTCAACGGAATTCCGGGTTGATGAGATGCGGCAAAAGTTGCAGGCTCCGATGGGCGAACCATTTAAGACCGAATCTCAAGAAAGGAGC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

484 aa · LXL04_038186|LXL04_038186|OH1004|PROTEIN

MAPEDRATSAGRNTAGGGGSCARVNNGQVLKKGPWTAAEDAILMEYVKKHGEGNWNAVQRNSGLMRCGKSCRLRWANHLRPNLKKGAFTPEEERQIIELHSKFGNKWARMALHLQGRTDNEIKNYWNTRLKRRLRAGLPIYPVDFQQQHHHHRRHLEQPVQNQPLPFPTSSSSTNHAHAALNSISPMLFSPINYPVLNTPLYYPNSQSHYKLLRDNNGGVALSLPSHSNPQFNNSTPSSMSFYNQGLPSSDHGMSPIPTR...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_038186`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_038186

位置 Chr09:33402925-33404775 (+)

描述 Similar to MYB101: Transcription factor MYB101

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g32460`	转录激活因子。	ABA induction of miR159 controls transcript levels of two MYB factors during Arabidopsis seed germination.2007 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2006.02980.x The microRNA159-regulated GAMYB-like genes inhibit growth and promote programmed cell death in Arabidopsis.2010 · DOI: 10.1104/pp.110.160630 MYB97, MYB101 and MYB120 function as male factors that control pollen tube-synergid interaction in Arabidopsis thaliana fertilization.2013 · DOI: 10.1371/journal.pgen.1003933 The over-expression of two transcription factors, ABS5/bHLH30 and ABS7/MYB101, leads to upwardly curly leaves.2014 · DOI: 10.1371/journal.pone.0107637
`At4g26930`	转录激活因子。	MYB97, MYB101 and MYB120 function as male factors that control pollen tube-synergid interaction in Arabidopsis thaliana fertilization.2013 · DOI: 10.1371/journal.pgen.1003933
`At5g06100`	α-淀粉酶表达的转录激活剂，与靶基因启动子中的 5'-CAACTGTC-3' 基序结合。	The Arabidopsis GAMYB-like genes, MYB33 and MYB65, are microRNA-regulated genes that redundantly facilitate anther development.2005 · DOI: 10.1105/tpc.104.027920 ABA induction of miR159 controls transcript levels of two MYB factors during Arabidopsis seed germination.2007 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2006.02980.x The microRNA159-regulated GAMYB-like genes inhibit growth and promote programmed cell death in Arabidopsis.2010 · DOI: 10.1104/pp.110.160630

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`UniProt: A2WW87`	激活糊粉层细胞中赤霉素依赖的α-淀粉酶表达的转录激活因子。	暂无已核实直接文献
`Os01g0812000`	糊粉细胞中赤霉素依赖性 α-淀粉酶表达的转录激活剂。	Loss-of-function mutations of the rice GAMYB gene impair alpha-amylase expression in aleurone and flower development.2004 · DOI: 10.1105/tpc.017327 Gibberellin modulates anther development in rice via the transcriptional regulation of GAMYB.2009 · DOI: 10.1105/tpc.108.062935 Identification of gamyb-4 and analysis of the regulatory role of GAMYB in rice anther development.2010 · DOI: 10.1111/j.1744-7909.2010.00959.x Convergent starvation signals and hormone crosstalk in regulating nutrient mobilization upon germination in cereals.2012 · DOI: 10.1105/tpc.112.097741

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_038186 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0008285 negative regulation of cell population proliferation 生物过程

GO:0009555 pollen development 生物过程

GO:0009723 response to ethylene 生物过程

GO:0009735 response to cytokinin 生物过程

GO:0009739 response to gibberellin 生物过程

GO:0009740 gibberellic acid mediated signaling pathway 生物过程

GO:0009789 positive regulation of abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程

GO:0010468 regulation of gene expression 生物过程

GO:0030154 cell differentiation 生物过程

GO:0043068 positive regulation of programmed cell death 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G32460

ath:AT4G26930

ath:AT5G06100

dosa:Os01g0812000

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.965

排名 1 · LXL04_038186 · OH-1004

细胞质0.100

排名 2 · LXL04_038186 · OH-1004

细胞膜0.029

排名 3 · LXL04_038186 · OH-1004

内质网0.017

排名 4 · LXL04_038186 · OH-1004

质体0.012

排名 5 · LXL04_038186 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00249.38Myb_DNA-binding32-79 aa

PF13921.13Myb_DNA-bind_635-95 aa

PF00249.38Myb_DNA-binding85-129 aa

PF13921.13Myb_DNA-bind_688-134 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_038186	`PF00249.38`	Myb_DNA-binding	32	79	2e-34	118.2
LXL04_038186	`PF13921.13`	Myb_DNA-bind_6	35	95	9.6e-21	74.5
LXL04_038186	`PF00249.38`	Myb_DNA-binding	85	129	2e-34	118.2
LXL04_038186	`PF13921.13`	Myb_DNA-bind_6	88	134	9.6e-21	74.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`O80883`	拟南芥	Transcription factor MYB101	75.373%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9S773`	拟南芥	Transcription factor MYB97	64.557%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q8W1W6`	拟南芥	Transcription factor MYB33	73.600%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`A2WW87`	水稻	Transcription factor GAMYB	76.692%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q0JIC2`	水稻	Transcription factor GAMYB	76.692%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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