LXL04_038062 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_038062

当前版本: OH-1004 染色体: Chr09 坐标: 30575170-30575923 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

511 bp · LXL04_038062|LXL04_038062|OH1004|cDNA

GGTTCATTGCGAGAGGGCAAAGAGGTTTGTTTCAACGGCTATTCAGACGACAATTGACATCGATTGTTTGTTTAACGGCATTGGTTTTTCTTCAAGGTTTACACGTGCAAAGTTTGAAGAGGTGAACATGGACTTGTTTAACAAGTGTATGGTGCTCGTTGAAAAGTGTTTGAAGGATGCGATGATGGTGAAAGAAAGAATTGATCAAGTGGTACTTGTAGGTGGATCGACTCGGATTCCTAAGGTACAACAATTGTTGA...

CDS

下载 CDS FASTA

444 bp · LXL04_038062|LXL04_038062|OH1004|CDS

TTGTTTAACGGCATTGGTTTTTCTTCAAGGTTTACACGTGCAAAGTTTGAAGAGGTGAACATGGACTTGTTTAACAAGTGTATGGTGCTCGTTGAAAAGTGTTTGAAGGATGCGATGATGGTGAAAGAAAGAATTGATCAAGTGGTACTTGTAGGTGGATCGACTCGGATTCCTAAGGTACAACAATTGTTGAAAGATTTCTTCAATGGGAAGTCACTTTGTCAAAACATCAATCCTGATGAAGCTCTTGCTCATGGCGC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

147 aa · LXL04_038062|LXL04_038062|OH1004|PROTEIN

MFNGIGFSSRFTRAKFEEVNMDLFNKCMVLVEKCLKDAMMVKERIDQVVLVGGSTRIPKVQQLLKDFFNGKSLCQNINPDEALAHGAGFLAANISGFGDQSPSEPYKMGLSVKDLEDLDTHIAETIEWLDENPDAETGELEEKKEEL

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_038062`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_038062

位置 Chr09:30575170-30575923 (-)

描述 Similar to HSP70-2: Heat shock 70 kDa protein 2

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g09440`	在其他分子伴侣的协作下，Hsp70s 是促进新合成蛋白折叠、协助前体蛋白转运到细胞器，并在应激条件下负责损伤蛋白降解的关键成分。	暂无已核实直接文献
`At3g12580`	与其他伴侣蛋白合作，Hsp70 是关键组分，可促进新合成蛋白的折叠，协助前体蛋白转运进入细胞器，并负责在应激条件下降解受损蛋白（可能）。	Comprehensive expression profile analysis of the Arabidopsis Hsp70 gene family.2001 · DOI: 10.1104/pp.126.2.789 Heat shock protein cognate 70-4 and an E3 ubiquitin ligase, CHIP, mediate plastid-destined precursor degradation through the ubiquitin-26S proteasome system in Arabidopsis.2009 · DOI: 10.1105/tpc.109.071548
`At5g02500`	与其他伴侣蛋白合作，Hsp70 是关键组分，可促进新合成蛋白的折叠，协助前体蛋白转运进入细胞器，并负责在应激条件下降解受损蛋白（可能）。	Physiological and molecular assessment of altered expression of Hsc70-1 in Arabidopsis. Evidence for pleiotropic consequences.2003 · DOI: 10.1104/pp.102.019398 Interaction between SGT1 and cytosolic/nuclear HSC70 chaperones regulates Arabidopsis immune responses.2007 · DOI: 10.1105/tpc.107.051896 WPP-domain proteins mimic the activity of the HSC70-1 chaperone in preventing mistargeting of RanGAP1-anchoring protein WIT1.2009 · DOI: 10.1104/pp.109.143404 The cytosolic/nuclear HSC70 and HSP90 molecular chaperones are important for stomatal closure and modulate abscisic acid-dependent physiological responses in Arabidopsis.2011 · DOI: 10.1104/pp.111.174425

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_038062 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006457 protein folding 生物过程

GO:0006950 response to stress 生物过程

GO:0009266 response to temperature stimulus 生物过程

GO:0009408 response to heat 生物过程

GO:0009615 response to virus 生物过程

GO:0009617 response to bacterium 生物过程

GO:0010187 negative regulation of seed germination 生物过程

GO:0010286 heat acclimation 生物过程

GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程

GO:0042026 protein refolding 生物过程

GO:0042742 defense response to bacterium 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G09440

ath:AT3G12580

ath:AT5G02500

sly:101247772

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.698

排名 1 · LXL04_038062 · OH-1004

细胞核0.313

排名 2 · LXL04_038062 · OH-1004

内质网0.061

排名 3 · LXL04_038062 · OH-1004

细胞外0.058

排名 4 · LXL04_038062 · OH-1004

线粒体0.054

排名 5 · LXL04_038062 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00012.27HSP704-96 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_038062	`PF00012.27`	HSP70	4	96	2.1e-30	106.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`O65719`	拟南芥	Heat shock 70 kDa protein 3	67.000%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9LHA8`	拟南芥	Heat shock 70 kDa protein 4	66.000%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`P22953`	拟南芥	Heat shock 70 kDa protein 1	65.000%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情