LXL04_037958 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_037958

当前版本: OH-1004 染色体: Chr09 坐标: 26847384-26849365 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1122 bp · LXL04_037958|LXL04_037958|OH1004|cDNA

ATGGGATCTAAGCGATCTGACTTCGGCGACGGCGCCAGTCCCGGGAAGATATTTATCGGAGGCTTAGCGAGAGATACTAGTATAGATGCTTTTGTTAAGTACTTTGGCAAGTATGGAGAGATTACGGACTCGGTTATTATGAAAGATCGACAAACTGGTCGGCCGAGAGGTTTTGGATTTATCACATATGCAGATCCTTCTGTTGTTGACACTGTAATTGCTGAGACACATGTCATAAATGGAAAACAGGTTGAGATCAA...

CDS

下载 CDS FASTA

1122 bp · LXL04_037958|LXL04_037958|OH1004|CDS

ATGGGATCTAAGCGATCTGACTTCGGCGACGGCGCCAGTCCCGGGAAGATATTTATCGGAGGCTTAGCGAGAGATACTAGTATAGATGCTTTTGTTAAGTACTTTGGCAAGTATGGAGAGATTACGGACTCGGTTATTATGAAAGATCGACAAACTGGTCGGCCGAGAGGTTTTGGATTTATCACATATGCAGATCCTTCTGTTGTTGACACTGTAATTGCTGAGACACATGTCATAAATGGAAAACAGGTTGAGATCAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

373 aa · LXL04_037958|LXL04_037958|OH1004|PROTEIN

MGSKRSDFGDGASPGKIFIGGLARDTSIDAFVKYFGKYGEITDSVIMKDRQTGRPRGFGFITYADPSVVDTVIAETHVINGKQVEIKRTIPKGSGESRDYKTKKIFVGGIPTSVTEDELKDFFSKHGTIVEHEIIRDHVTKRSRGFGFIVFDSEQTVDEILVNGNMIDMNGTQVEIKKAEPKKPSNPAPHSYNREPKGRGYTDSFDAYDDPYGGGYGGIGGGGGGGGGYGPPSYRSFSGIPSRYGDYGPYGPGASEFANR...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_037958`
TK1151 ID	TkA04G367830
OH-1004 ID	LXL04_037958
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_037958

位置 Chr09:26847384-26849365 (+)

描述 Similar to RNP1: Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein 1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g14300`	参与前 mRNA 加工。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_037958 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006397 mRNA processing 生物过程

GO:0007283 spermatogenesis 生物过程

GO:0007319 negative regulation of oskar mRNA translation 生物过程

GO:0008283 cell population proliferation 生物过程

GO:0008380 RNA splicing 生物过程

GO:0010228 vegetative to reproductive phase transition of meristem 生物过程

GO:0030154 cell differentiation 生物过程

GO:0045727 positive regulation of translation 生物过程

GO:0048024 regulation of mRNA splicing, via spliceosome 生物过程

GO:0048026 positive regulation of mRNA splicing, via spliceosome 生物过程

GO:0051028 mRNA transport 生物过程

GO:1901000 regulation of response to salt stress 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT4G14300

dme:Dmel_CG10377

hsa:26528

mmu:70248

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.839

排名 1 · LXL04_037958 · OH-1004

细胞质0.379

排名 2 · LXL04_037958 · OH-1004

细胞膜0.033

排名 3 · LXL04_037958 · OH-1004

内质网0.027

排名 4 · LXL04_037958 · OH-1004

线粒体0.022

排名 5 · LXL04_037958 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00076.29RRM_117-75 aa

PF23085.2RRM_PARP14_318-87 aa

PF16367.12RRM_7103-165 aa

PF00076.29RRM_1105-173 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_037958	`PF00076.29`	RRM_1	17	75	1.5e-32	112.0
LXL04_037958	`PF23085.2`	RRM_PARP14_3	18	87	3.6e-08	34.1
LXL04_037958	`PF16367.12`	RRM_7	103	165	9.3e-15	55.1
LXL04_037958	`PF00076.29`	RRM_1	105	173	1.5e-32	112.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8W034`	拟南芥	Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein 1	40.741%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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