LXL04_037947 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_037947

当前版本: OH-1004 染色体: Chr09 坐标: 25971592-25975292 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3120 bp · LXL04_037947|LXL04_037947|OH1004|cDNA

ATGAAAGTATTAAACCTTTCTTTCATGGTTACATTCTTGAGTCACTTCAACTTGTTGCAAACCATCTCACTGTTATACTTTTTCTTCACACTCACATGCAATGGATTATCACTAAGCCATGATGATGAATGTTCGGCCTTGTTTCAGTTTAAGCAAAGCATAATATATCAAGTTGATGAAGCACTATATTCTTGGAAACCCAAAAGAAACGCATCAGATGCTGATTTTGATTGTTGTTCATGGTTTGGGGTGGAGTGCAG...

CDS

下载 CDS FASTA

3120 bp · LXL04_037947|LXL04_037947|OH1004|CDS

ATGAAAGTATTAAACCTTTCTTTCATGGTTACATTCTTGAGTCACTTCAACTTGTTGCAAACCATCTCACTGTTATACTTTTTCTTCACACTCACATGCAATGGATTATCACTAAGCCATGATGATGAATGTTCGGCCTTGTTTCAGTTTAAGCAAAGCATAATATATCAAGTTGATGAAGCACTATATTCTTGGAAACCCAAAAGAAACGCATCAGATGCTGATTTTGATTGTTGTTCATGGTTTGGGGTGGAGTGCAG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1039 aa · LXL04_037947|LXL04_037947|OH1004|PROTEIN

MKVLNLSFMVTFLSHFNLLQTISLLYFFFTLTCNGLSLSHDDECSALFQFKQSIIYQVDEALYSWKPKRNASDADFDCCSWFGVECSNDGHVISLDLSERFLGGHINSTNTLFSLVHLQSLNLAMNYFNESQIPSEIARLKQLRRLNLSDSGFSGQIPSEISQLTQLSSLDLSRNPLKLQNPSGLKNLVQNLTGLEELHLSGVDISSSVPHLLANLSSLKSLMLQNCMLQNEFPSAILELPNLKVLNVYSNANLTGFFPK...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_037947`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_037947

位置 Chr09:25971592-25975292 (-)

描述 Similar to RLP7: Receptor-like protein 7

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g47890`	受体样蛋白 7。	暂无已核实直接文献
`At1g45616`	受体样蛋白 6。	暂无已核实直接文献
`At3g11010`	类受体蛋白 34。	暂无已核实直接文献
`At4g13920`	类受体蛋白 50。	暂无已核实直接文献
`At5g27060`	类受体蛋白 53。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_037947 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006952 defense response 生物过程

GO:0007165 signal transduction 生物过程

GO:0009791 post-embryonic development 生物过程

GO:0051707 response to other organism 生物过程

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G45616

ath:AT1G47890

ath:AT3G11010

ath:AT4G13920

ath:AT5G27060

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.854

排名 1 · LXL04_037947 · OH-1004

内质网0.101

排名 2 · LXL04_037947 · OH-1004

细胞质0.063

排名 3 · LXL04_037947 · OH-1004

细胞核0.055

排名 4 · LXL04_037947 · OH-1004

溶酶体／液泡0.024

排名 5 · LXL04_037947 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF08263.18LRRNT_240-87 aa

PF23598.2LRR_14102-296 aa

PF13855.13LRR_8267-324 aa

PF23598.2LRR_14283-479 aa

PF13855.13LRR_8629-688 aa

PF23211.1LRR_LRWD1797-882 aa

PF07939.17DUF1685999-1039 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_037947	`PF08263.18`	LRRNT_2	40	87	2.4e-07	31.6
LXL04_037947	`PF23598.2`	LRR_14	102	296	1.4e-33	116.9
LXL04_037947	`PF13855.13`	LRR_8	267	324	6.9e-37	125.7
LXL04_037947	`PF23598.2`	LRR_14	283	479	1.4e-33	116.9
LXL04_037947	`PF13855.13`	LRR_8	629	688	6.9e-37	125.7
LXL04_037947	`PF23211.1`	LRR_LRWD1	797	882	1.1e-07	32.5
LXL04_037947	`PF07939.17`	DUF1685	999	1039	1.7e-19	70.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9C699`	拟南芥	Receptor-like protein 7	39.425%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9C637`	拟南芥	Receptor-like protein 6	36.757%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9SRL2`	拟南芥	Receptor-like protein 34	35.845%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q93YT3`	拟南芥	Receptor-like protein 50	33.058%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9S9U3`	拟南芥	Receptor-like protein 53	33.761%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情