LXL04_037710 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_037710

当前版本: OH-1004 染色体: Chr09 坐标: 19127633-19133857 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1812 bp · LXL04_037710|LXL04_037710|OH1004|cDNA

TGAGATCTTTCTGACCCTCTTTCGACGGTTATTAGATCCCATCACCAGTGATCGAACCAGATCGTCGCCGGCCACATGGCGAGCAATTCGCTTCTCTTACTCACACTCTCAACTCTCCTCATCTTCACCGTCTCCGGCCGTGTAATCACCACCACGACGACGACTTCAACATCAGATCTCGTCTCTGACGGCGTTCACGATGGCCAAGGCGGCATACTTCGTCTTAACCCCTTCGTATCAGCTGAGGAACCAGAAGCTTG...

CDS

下载 CDS FASTA

1737 bp · LXL04_037710|LXL04_037710|OH1004|CDS

ATGGCGAGCAATTCGCTTCTCTTACTCACACTCTCAACTCTCCTCATCTTCACCGTCTCCGGCCGTGTAATCACCACCACGACGACGACTTCAACATCAGATCTCGTCTCTGACGGCGTTCACGATGGCCAAGGCGGCATACTTCGTCTTAACCCCTTCGTATCAGCTGAGGAACCAGAAGCTTGCGAGCAGTCGTACGGATTCTTACCTTGCACCAACACAGCGCTTGGCAACGTCTTCCTCATTTTGGTCTATGGGTA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

578 aa · LXL04_037710|LXL04_037710|OH1004|PROTEIN

MASNSLLLLTLSTLLIFTVSGRVITTTTTTSTSDLVSDGVHDGQGGILRLNPFVSAEEPEACEQSYGFLPCTNTALGNVFLILVYGYLMYLAATYLSAGSELLLEILGPGLVGGLLLPILGALPDAMLILVSGLSGSVDVAQDQVSVGMGLLAGSTVMLITVIWGTCIIVGKCDIENSVAIDNTDTKGFSLLGSGVSTDIWTSYSGMIMAVSVLPFIVVQFPQIMHSDSGRHVAVLLGLIVSVSLLITYCIYQVLQPKLQ...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_037710`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_037710

位置 Chr09:19127633-19133857 (-)

描述 Similar to NCL: Sodium/calcium exchanger NCL

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g53210`	当在异源哺乳动物CHO-K1细胞系统中表达时，具有钠/钙交换（NCX）活性。	暂无已核实直接文献
`At1g55720`	液泡阳离子/质子交换器 (CAX)。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os02g0247800`	可能作为钠/钙交换蛋白（NCX）发挥功能，并参与维持钙稳态。	暂无已核实直接文献
`Os01g0212400`	可能作为钠/钙交换蛋白（NCX）发挥功能，并参与维持钙稳态。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_037710 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006814 sodium ion transport 生物过程

GO:0006874 intracellular calcium ion homeostasis 生物过程

GO:0055074 calcium ion homeostasis 生物过程

GO:0070588 calcium ion transmembrane transport 生物过程

GO:0071472 cellular response to salt stress 生物过程

GO:0000325 plant-type vacuole 细胞组分

GO:0005773 vacuole 细胞组分

GO:0005774 vacuolar membrane 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0009506 plasmodesma 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0009705 plant-type vacuole membrane 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G53210

ath:AT1G55720

dosa:Os01g0212400

dosa:Os02g0247800

osa:4325568

osa:4328874

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.579

排名 1 · LXL04_037710 · OH-1004

溶酶体／液泡0.227

排名 2 · LXL04_037710 · OH-1004

内质网0.122

排名 3 · LXL04_037710 · OH-1004

细胞质0.081

排名 4 · LXL04_037710 · OH-1004

高尔基体0.051

排名 5 · LXL04_037710 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF01699.30Na_Ca_ex79-255 aa

PF13499.13EF-hand_7298-363 aa

PF01699.30Na_Ca_ex425-569 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_037710	`PF01699.30`	Na_Ca_ex	79	255	3.7e-21	76.4
LXL04_037710	`PF13499.13`	EF-hand_7	298	363	1.2e-10	42.3
LXL04_037710	`PF01699.30`	Na_Ca_ex	425	569	3.7e-21	76.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8L636`	拟南芥	Sodium/calcium exchanger NCL	64.632%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9LFZ8`	拟南芥	Putative vacuolar cation/proton exchanger 6	32.673%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q6K3R5`	水稻	Sodium/calcium exchanger NCL2	60.634%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q5QNI2`	水稻	Sodium/calcium exchanger NCL1	61.923%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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