LXL04_037635 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_037635

当前版本: OH-1004 染色体: Chr09 坐标: 16803609-16805784 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1650 bp · LXL04_037635|LXL04_037635|OH1004|cDNA

ATGTCCTTATCCGGCTCAAGGGAGAAGGAAACCAAATTTCTCCCCTTTCTGCGCAGATATCTTAGTAGGAAAAAAATCGTCATGCTAATTTTAGTATCATTCGCTCTCATGGCTTTCCTATCAAACTTCTTCACCACCAATAGAGAAGATGCATCAGAGAGCattatatttgataatttcAATGAAGCATACAACACATCTCTACAATTCTCCAGAAAGTTCGGTACTCAAAAAGACGATAACTATTCATCCATTCAGAC...

CDS

下载 CDS FASTA

1650 bp · LXL04_037635|LXL04_037635|OH1004|CDS

ATGTCCTTATCCGGCTCAAGGGAGAAGGAAACCAAATTTCTCCCCTTTCTGCGCAGATATCTTAGTAGGAAAAAAATCGTCATGCTAATTTTAGTATCATTCGCTCTCATGGCTTTCCTATCAAACTTCTTCACCACCAATAGAGAAGATGCATCAGAGAGCATTATATTTGATAATTTCAATGAAGCATACAACACATCTCTACAATTCTCCAGAAAGTTCGGTACTCAAAAAGACGATAACTATTCATCCATTCAGAC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

549 aa · LXL04_037635|LXL04_037635|OH1004|PROTEIN

MSLSGSREKETKFLPFLRRYLSRKKIVMLILVSFALMAFLSNFFTTNREDASESIIFDNFNEAYNTSLQFSRKFGTQKDDNYSSIQTTTALSVCEEIPHIHHFSSPLSTESTIFHSNFCQNFAFPPPPPGGRRRPGPRPCPVCYLPVEEAIASMPRVPSPSPVLNHLTYFHEESSTKKTEPHEGSDFGGYPSLKQRNESFNIKESMTVHCGFVKGCRPGYKTGFDIDISDLVELEQYHDIIVASAIFGNYDVIQQPTKIS...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_037635`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_037635

位置 Chr09:16803609-16805784 (+)

描述 Protein of unknown function

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g28240`	可能的糖基转移酶，参与细胞壁果胶和/或木聚糖的生物合成（根据相似性）。	Identification of Key Enzymes for Pectin Synthesis in Seed Mucilage.2018 · DOI: 10.1104/pp.18.00584
`At5g46220`	内质网神经酰胺酶，在碱性 pH下催化神经酰胺水解成鞘氨醇和游离脂肪酸。	The Arabidopsis alkaline ceramidase TOD1 is a key turgor pressure regulator in plant cells.2015 · DOI: 10.1038/ncomms7030

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_037635 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006629 lipid metabolic process 生物过程

GO:0009737 response to abscisic acid 生物过程

GO:0009738 abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程

GO:0009860 pollen tube growth 生物过程

GO:0009992 intracellular water homeostasis 生物过程

GO:0010118 stomatal movement 生物过程

GO:0010246 rhamnogalacturonan I biosynthetic process 生物过程

GO:0045491 xylan metabolic process 生物过程

GO:0048358 mucilage pectin biosynthetic process 生物过程

GO:0080001 mucilage extrusion from seed coat 生物过程

GO:1902456 regulation of stomatal opening 生物过程

GO:0000139 Golgi membrane 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G28240

ath:AT5G46220

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

高尔基体0.730

排名 1 · LXL04_037635 · OH-1004

内质网0.094

排名 2 · LXL04_037635 · OH-1004

细胞质0.082

排名 3 · LXL04_037635 · OH-1004

细胞膜0.081

排名 4 · LXL04_037635 · OH-1004

溶酶体／液泡0.048

排名 5 · LXL04_037635 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF04765.20TOD1_MUCI70167-481 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_037635	`PF04765.20`	TOD1_MUCI70	167	481	6.3e-149	496.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FZ97`	拟南芥	Probable hexosyltransferase MUCI70	57.143%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q6DBD7`	拟南芥	Alkaline ceramidase TOD1	39.236%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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