LXL04_037555 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_037555

当前版本: OH-1004 染色体: Chr09 坐标: 14091640-14102970 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2922 bp · LXL04_037555|LXL04_037555|OH1004|cDNA

ATGCCGACTGACGGAGATGATTATGCAACGATTGAATCCCAACTCGGGATAGCGAAGAGGGCAGATCGATTCCAGCGaaagaaagagaagaggGCAGATCGATTCGATCGATGCAGCGAGCAGCACACGtcggaagaaagaaagagaaggaGATCGAGGTTTCTCCCACCGTCGCGAGCAGCACACGAGCCGGCGAAGGGTTTCTCCCACCATCGCACACGAGCAGTACCGTCACTCTCTCCTATGGATCGGCTGTCGGc...

CDS

下载 CDS FASTA

2922 bp · LXL04_037555|LXL04_037555|OH1004|CDS

ATGCCGACTGACGGAGATGATTATGCAACGATTGAATCCCAACTCGGGATAGCGAAGAGGGCAGATCGATTCCAGCGAAAGAAAGAGAAGAGGGCAGATCGATTCGATCGATGCAGCGAGCAGCACACGTCGGAAGAAAGAAAGAGAAGGAGATCGAGGTTTCTCCCACCGTCGCGAGCAGCACACGAGCCGGCGAAGGGTTTCTCCCACCATCGCACACGAGCAGTACCGTCACTCTCTCCTATGGATCGGCTGTCGGC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

973 aa · LXL04_037555|LXL04_037555|OH1004|PROTEIN

MPTDGDDYATIESQLGIAKRADRFQRKKEKRADRFDRCSEQHTSEERKRRRSRFLPPSRAAHEPAKGFSHHRTRAVPSLSPMDRLSAEERKRRGFLSRKKEKRTDGSCGFIHRGEGDCFGSVELLFFHKTPSPEVEAMILFLLLLFSLNIQSIFAVELTAISASKFLTEGDTLVSPAGLLELGFFRPGTSENKYVGIWYKKIPIQTVVWVANRNNPLSGDSTGTLKIVKTGNLVLVNETNDVVWSTNMTSSAVNAIATAN...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_037555`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_037555

位置 Chr09:14091640-14102970 (-)

描述 Similar to At4g27290: G-type lectin S-receptor-like serine/threonine-protein kinase At4g27290

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g27290`	G型凝集素 S-受体样丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶 At4g27290。	暂无已核实直接文献
`At4g21380`	参与细胞扩张和分化的调节。	暂无已核实直接文献
`At1g65790`	参与细胞扩张和分化的调节。	暂无已核实直接文献
`At1g65800`	参与细胞扩张和分化的调节。	暂无已核实直接文献
`At4g27300`	G型凝集素 S-受体样丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶 SD1-1。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_037555 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006468 protein phosphorylation 生物过程

GO:0006955 immune response 生物过程

GO:0007165 signal transduction 生物过程

GO:0009738 abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程

GO:0046777 protein autophosphorylation 生物过程

GO:0048544 recognition of pollen 生物过程

GO:0071215 cellular response to abscisic acid stimulus 生物过程

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005773 vacuole 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G65790

ath:AT1G65800

ath:AT4G21380

ath:AT4G27290

ath:AT4G27300

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.843

排名 1 · LXL04_037555 · OH-1004

细胞质0.085

排名 2 · LXL04_037555 · OH-1004

内质网0.083

排名 3 · LXL04_037555 · OH-1004

细胞核0.053

排名 4 · LXL04_037555 · OH-1004

细胞外0.025

排名 5 · LXL04_037555 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF01453.31B_lectin206-311 aa

PF00954.26S_locus_glycop343-446 aa

PF08276.18PAN_2475-542 aa

PF00069.32Pkinase642-905 aa

PF07714.24PK_Tyr_Ser-Thr643-909 aa

PF11883.14DUF3403912-953 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_037555	`PF01453.31`	B_lectin	206	311	2.3e-34	118.7
LXL04_037555	`PF00954.26`	S_locus_glycop	343	446	2e-25	90.2
LXL04_037555	`PF08276.18`	PAN_2	475	542	2.9e-21	76.0
LXL04_037555	`PF00069.32`	Pkinase	642	905	1.2e-42	146.8
LXL04_037555	`PF07714.24`	PK_Tyr_Ser-Thr	643	909	2.5e-46	158.8
LXL04_037555	`PF11883.14`	DUF3403	912	953	2.1e-06	28.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`O81832`	拟南芥	G-type lectin S-receptor-like serine/threonine-protein kinase At4g27290	49.939%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`O81905`	拟南芥	Receptor-like serine/threonine-protein kinase SD1-8	48.642%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q39086`	拟南芥	Receptor-like serine/threonine-protein kinase SD1-7	47.317%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9S972`	拟南芥	Receptor-like serine/threonine-protein kinase SD1-6	48.756%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`O81833`	拟南芥	G-type lectin S-receptor-like serine/threonine-protein kinase SD1-1	47.654%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情