LXL04_037413 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_037413

当前版本: OH-1004 染色体: Chr09 坐标: 10394475-10398087 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1224 bp · LXL04_037413|LXL04_037413|OH1004|cDNA

ATGTCTTGGAAGAACAGAGGTGGTGGTACGGAGTCGAATTCGAGAAGTCTGGTGTCGAAACAGCTGGCGTTATTCCTGTGTGCCGGTTGTTTCTTCGCCGGAACGCTCTTCACCGACAgAATGTGGACCGAACCTGAAGCTAAAGGCCTATCAAGACCAACTGGAACTAATAATGAACAAATTCAAGTCCTTGCAGACGGGTGCGACACAAGAACCAAGGACGTTAGGAGGGATTCGAAAGATATAATCCGTGAAGTTTC...

CDS

下载 CDS FASTA

1224 bp · LXL04_037413|LXL04_037413|OH1004|CDS

ATGTCTTGGAAGAACAGAGGTGGTGGTACGGAGTCGAATTCGAGAAGTCTGGTGTCGAAACAGCTGGCGTTATTCCTGTGTGCCGGTTGTTTCTTCGCCGGAACGCTCTTCACCGACAGAATGTGGACCGAACCTGAAGCTAAAGGCCTATCAAGACCAACTGGAACTAATAATGAACAAATTCAAGTCCTTGCAGACGGGTGCGACACAAGAACCAAGGACGTTAGGAGGGATTCGAAAGATATAATCCGTGAAGTTTC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

407 aa · LXL04_037413|LXL04_037413|OH1004|PROTEIN

MSWKNRGGGTESNSRSLVSKQLALFLCAGCFFAGTLFTDRMWTEPEAKGLSRPTGTNNEQIQVLADGCDTRTKDVRRDSKDIIREVSKTHNAVQTLDKTISSLEMELAAARAMQDSILTGSPISDDLILPEPIKKRKYLMVVGVNTAFSSRKRRDSVRATWMPQGEKLRKLEVEKGIVMRFVIGHGATSGGILDRAIEAEDRKHGDFLRLEHIEGYLELSAKTKTYFTTAVALWDADFYVKVDDDVHVNIATLGATLAKH...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_037413`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_037413

位置 Chr09:10394475-10398087 (-)

描述 Similar to B3GALT2: Probable beta-1,3-galactosyltransferase 2

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g05170`	β-1,3-半乳糖基转移酶，将半乳糖从 UDP-半乳糖转移到具有末端糖基残基的底物上。	暂无已核实直接文献
`At4g26940`	β-1,3-半乳糖基转移酶，将半乳糖从 UDP-半乳糖转移到具有末端糖基残基的底物上。	暂无已核实直接文献
`At2g32430`	β-1,3-半乳糖基转移酶，将半乳糖从 UDP-半乳糖转移到具有末端糖基残基的底物上。	暂无已核实直接文献
`At1g32930`	参与阿拉伯半乳糖蛋白中β-1,6-连结半乳聚糖侧链延长的β-半乳糖基转移酶。	A galactosyltransferase acting on arabinogalactan protein glycans is essential for embryo development in Arabidopsis.2013 · DOI: 10.1111/tpj.12281 Galactosyltransferases from Arabidopsis thaliana in the biosynthesis of type II arabinogalactan: molecular interaction enhances enzyme activity.2014 · DOI: 10.1186/1471-2229-14-90
`At1g11730`	β-1,3-半乳糖基转移酶，将半乳糖从 UDP-半乳糖转移到具有末端糖基残基的底物上。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_037413 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009101 glycoprotein biosynthetic process 生物过程

GO:0009793 embryo development ending in seed dormancy 生物过程

GO:0030244 cellulose biosynthetic process 生物过程

GO:0000139 Golgi membrane 细胞组分

GO:0005794 Golgi apparatus 细胞组分

GO:0008378 galactosyltransferase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G05170

ath:AT1G11730

ath:AT1G32930

ath:AT2G32430

ath:AT4G26940

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

高尔基体0.842

排名 1 · LXL04_037413 · OH-1004

内质网0.083

排名 2 · LXL04_037413 · OH-1004

细胞膜0.064

排名 3 · LXL04_037413 · OH-1004

细胞质0.055

排名 4 · LXL04_037413 · OH-1004

细胞外0.045

排名 5 · LXL04_037413 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13334.12DUF409420-112 aa

PF01762.28Galactosyl_T152-349 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_037413	`PF13334.12`	DUF4094	20	112	9.9e-33	113.2
LXL04_037413	`PF01762.28`	Galactosyl_T	152	349	4e-49	167.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`A8MRC7`	拟南芥	Probable beta-1,3-galactosyltransferase 2	73.171%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q8LEJ9`	拟南芥	Probable beta-1,3-galactosyltransferase 4	75.980%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9ZV71`	拟南芥	Probable beta-1,3-galactosyltransferase 3	73.869%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9MAP8`	拟南芥	Beta-1,6-galactosyltransferase GALT31A	61.097%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9SAA4`	拟南芥	Probable beta-1,3-galactosyltransferase 1	60.197%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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