LXL04_037275 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_037275

当前版本: OH-1004 染色体: Chr09 坐标: 4911285-4916822 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2097 bp · LXL04_037275|LXL04_037275|OH1004|cDNA

ATGAGGAGCAATCTGAAGTCCAAATTCCTGGAAGTTTACGAGACTCTGAAATCAGAGCTAATTCATGATCCTGCATTTGAGTTCGACGACGATTCTCGTCAGTGGGTTGAACGGATGCTTGACTACAATGTACCTGGAGGAAAGTTAAACAGAGGCCTTTCTGTTGTGGACAGTTACAAGCTTCTTAAAGGAGAAGAAGAACTAACagaagatgaagtttttctCGCATGTGCTCTTGGTTGGTGCATTGAATGGCTTCA...

CDS

下载 CDS FASTA

2097 bp · LXL04_037275|LXL04_037275|OH1004|CDS

ATGAGGAGCAATCTGAAGTCCAAATTCCTGGAAGTTTACGAGACTCTGAAATCAGAGCTAATTCATGATCCTGCATTTGAGTTCGACGACGATTCTCGTCAGTGGGTTGAACGGATGCTTGACTACAATGTACCTGGAGGAAAGTTAAACAGAGGCCTTTCTGTTGTGGACAGTTACAAGCTTCTTAAAGGAGAAGAAGAACTAACAGAAGATGAAGTTTTTCTCGCATGTGCTCTTGGTTGGTGCATTGAATGGCTTCA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

698 aa · LXL04_037275|LXL04_037275|OH1004|PROTEIN

MRSNLKSKFLEVYETLKSELIHDPAFEFDDDSRQWVERMLDYNVPGGKLNRGLSVVDSYKLLKGEEELTEDEVFLACALGWCIEWLQAYFLVLDDIEDESHTRRGQPCWFRLRKVGMIAVEFQTASGQMIDLITTLVGEKDLSKYSLSIHRRIVQYKTAYYSFYIPVACALLMFGENLDDHVQVKDVLVEMGIYYQVQDIIWTVLVLLRLLERLIFLCIRSDIEDFKCSWLVVKALELANEEQKKLLNGVFEDYENKTHE...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_037275`
TK1151 ID	TkA04G267310
OH-1004 ID	LXL04_037275
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)	85.100
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`LXL04_037275`
位置	Chr09:4911285-4916822 (-)
描述	Similar to FDS-2: Farnesyl diphosphate synthase 2
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_037275` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0006695 cholesterol biosynthetic process 生物过程 GO:0009739 response to gibberellin 生物过程 GO:0033384 geranyl diphosphate biosynthetic process 生物过程 GO:0045337 farnesyl diphosphate biosynthetic process 生物过程 GO:0005634 nucleus 细胞组分 GO:0005737 cytoplasm 细胞组分 GO:0004161 dimethylallyltranstransferase activity 分子功能 GO:0004337 (2E,6E)-farnesyl diphosphate synthase activity 分子功能 GO:0046872 metal ion binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用	暂无功能描述

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.702

排名 1 · LXL04_037275 · OH-1004

细胞质0.098

排名 2 · LXL04_037275 · OH-1004

内质网0.088

排名 3 · LXL04_037275 · OH-1004

线粒体0.082

排名 4 · LXL04_037275 · OH-1004

过氧化物酶体0.068

排名 5 · LXL04_037275 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00348.23polyprenyl_synt34-119 aa

PF00348.23polyprenyl_synt120-261 aa

PF05757.17PsbQ304-487 aa

PF13499.13EF-hand_7553-601 aa

PF13499.13EF-hand_7612-677 aa

PF00036.39EF-hand_1658-682 aa

PF13202.13EF-hand_5658-682 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_037275	`PF00348.23`	polyprenyl_synt	34	119	2.4e-47	162.0
LXL04_037275	`PF00348.23`	polyprenyl_synt	120	261	2.4e-47	162.0
LXL04_037275	`PF05757.17`	PsbQ	304	487	3.7e-23	83.4
LXL04_037275	`PF13499.13`	EF-hand_7	553	601	1.2e-14	55.2
LXL04_037275	`PF13499.13`	EF-hand_7	612	677	1.2e-14	55.2
LXL04_037275	`PF00036.39`	EF-hand_1	658	682	5.6e-17	60.7
LXL04_037275	`PF13202.13`	EF-hand_5	658	682	4.7e-14	51.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情