LXL04_037184 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_037184

当前版本: OH-1004 染色体: Chr09 坐标: 1285449-1288817 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1101 bp · LXL04_037184|LXL04_037184|OH1004|cDNA

ATGGAGACCTTAGCTCCCTCAAATCAAACCCTAATTTCCGCTAATTTCACCTCCAGATCTGTTTCTCTACCATGCCTTAAATCTCCGGTGGTGCTATGTCATCAACGCCGGAAGCTCACCTTCATTAAAGCTTCAATTGCCGTTGAACAACAAACTCAGAAAAAAGTCGCACTTATCAGAATTGGCACCAGAGGGAGTCCATTAGCGCTTGCACAAGCATACGAGACACGAGAAAAACTCATAGCTTCAAGTAGCGAGTT...

CDS

下载 CDS FASTA

1101 bp · LXL04_037184|LXL04_037184|OH1004|CDS

ATGGAGACCTTAGCTCCCTCAAATCAAACCCTAATTTCCGCTAATTTCACCTCCAGATCTGTTTCTCTACCATGCCTTAAATCTCCGGTGGTGCTATGTCATCAACGCCGGAAGCTCACCTTCATTAAAGCTTCAATTGCCGTTGAACAACAAACTCAGAAAAAAGTCGCACTTATCAGAATTGGCACCAGAGGGAGTCCATTAGCGCTTGCACAAGCATACGAGACACGAGAAAAACTCATAGCTTCAAGTAGCGAGTT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

366 aa · LXL04_037184|LXL04_037184|OH1004|PROTEIN

METLAPSNQTLISANFTSRSVSLPCLKSPVVLCHQRRKLTFIKASIAVEQQTQKKVALIRIGTRGSPLALAQAYETREKLIASSSELAEEGAIEIVVIKTTGDKILSQPLADIGGKGLFTKEIDEALLNSEIDIAVHSMKDVPTYLPDKTILPCNLPREDVRDAFISLNASSLADLPSGSVVGTASLRRKSQLLHRYPSLTVLENFRGNVQTRLKKLNDGVVQATLLALAGLKRLSMTEHVSSILSIDDMLPAVAQGAIG...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_037184`
TK1151 ID	TkA04G256370
OH-1004 ID	LXL04_037184
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_037184

位置 Chr09:1285449-1288817 (+)

描述 Similar to HEMC: Porphobilinogen deaminase, chloroplastic

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g08280`	单吡咯 PBG 在几个离散步骤中四聚成羟甲基联烷前尿卟啉原。	PORPHOBILINOGEN DEAMINASE deficiency alters vegetative and reproductive development and causes lesions in Arabidopsis.2013 · DOI: 10.1371/journal.pone.0053378

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os02g0168800`	单吡咯PBG经几个离散步骤四聚化为羟甲基胆红素前尿卟啉原。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_037184 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006779 porphyrin-containing compound biosynthetic process 生物过程

GO:0006782 protoporphyrinogen IX biosynthetic process 生物过程

GO:0006783 heme biosynthetic process 生物过程

GO:0015995 chlorophyll biosynthetic process 生物过程

GO:1900865 chloroplast RNA modification 生物过程

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0009570 chloroplast stroma 细胞组分

GO:0009941 chloroplast envelope 细胞组分

GO:0048046 apoplast 细胞组分

GO:0004418 hydroxymethylbilane synthase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT5G08280

dosa:Os02g0168800

nha:Nham_0562

nwi:Nwi_0471

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.951

排名 1 · LXL04_037184 · OH-1004

线粒体0.089

排名 2 · LXL04_037184 · OH-1004

细胞质0.036

排名 3 · LXL04_037184 · OH-1004

细胞核0.024

排名 4 · LXL04_037184 · OH-1004

过氧化物酶体0.017

排名 5 · LXL04_037184 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF01379.26Porphobil_deam59-271 aa

PF03900.21Porphobil_deamC284-356 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_037184	`PF01379.26`	Porphobil_deam	59	271	2.8e-79	266.2
LXL04_037184	`PF03900.21`	Porphobil_deamC	284	356	4.6e-14	53.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q43316`	拟南芥	Porphobilinogen deaminase, chloroplastic	78.613%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q6H6D2`	水稻	Porphobilinogen deaminase, chloroplastic	77.244%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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