LXL04_037138 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_037138

当前版本: OH-1004 染色体: Chr08 坐标: 53876527-53882101 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3171 bp · LXL04_037138|LXL04_037138|OH1004|cDNA

ATGGCGCTCCCATCTCTGTCGCCCGCCAATAACCTTTCCTCTTCATCCTCCTATTCTGTTTCACCTTTCAGTTCCAAATTTCCCACTTGTCATCCCCAGCTCAATAGTTATTGCACTCGACATCTTTTACTATTAAGGGAATGCACCAGTAGCAGTAGCTTTCTTTTCCGGGGTGGAAAAAACAACTCGGCACACGGATATTACTATTCTTGCGTTCCAAGAGAGCGGAAGAAGACCACAGTGGCGGGGGCGTCATTAGG...

CDS

下载 CDS FASTA

3171 bp · LXL04_037138|LXL04_037138|OH1004|CDS

ATGGCGCTCCCATCTCTGTCGCCCGCCAATAACCTTTCCTCTTCATCCTCCTATTCTGTTTCACCTTTCAGTTCCAAATTTCCCACTTGTCATCCCCAGCTCAATAGTTATTGCACTCGACATCTTTTACTATTAAGGGAATGCACCAGTAGCAGTAGCTTTCTTTTCCGGGGTGGAAAAAACAACTCGGCACACGGATATTACTATTCTTGCGTTCCAAGAGAGCGGAAGAAGACCACAGTGGCGGGGGCGTCATTAGG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1056 aa · LXL04_037138|LXL04_037138|OH1004|PROTEIN

MALPSLSPANNLSSSSSYSVSPFSSKFPTCHPQLNSYCTRHLLLLRECTSSSSFLFRGGKNNSAHGYYYSCVPRERKKTTVAGASLGGLLGGIFKGGADTGESTRQQYSATVALINALESELMSLSDSELRDRTTLLKQRARQAPQSLDSILPEAFAIVREASKRVLGLRPFDVQLIGGMVLHKGEIAEMRTGEGKTLVAILPAYLNALSGKGVHVVTVNDYLARRDCEWVGQVARFLGLTVGLIQQNMTSEERRQNYLC...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_037138`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_037138

位置 Chr08:53876527-53882101 (+)

描述 Similar to SECA1: Protein translocase subunit SECA1, chloroplastic

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g01800`	在 ATP 水解与蛋白质跨类囊体膜转移的耦合中发挥核心作用。	Plastids contain a second sec translocase system with essential functions.2011 · DOI: 10.1104/pp.110.166546

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_037138 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006605 protein targeting 生物过程

GO:0006886 intracellular protein transport 生物过程

GO:0009646 response to absence of light 生物过程

GO:0009658 chloroplast organization 生物过程

GO:0010090 trichome morphogenesis 生物过程

GO:0010109 regulation of photosynthesis 生物过程

GO:0017038 protein import 生物过程

GO:0065002 intracellular protein transmembrane transport 生物过程

GO:0071806 protein transmembrane transport 生物过程

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0009535 chloroplast thylakoid membrane 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ag:CAA57798

ath:AT4G01800

olu:OSTLU_36933

tel:tll1851

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.942

排名 1 · LXL04_037138 · OH-1004

线粒体0.073

排名 2 · LXL04_037138 · OH-1004

细胞质0.036

排名 3 · LXL04_037138 · OH-1004

细胞核0.031

排名 4 · LXL04_037138 · OH-1004

过氧化物酶体0.019

排名 5 · LXL04_037138 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF07517.21SecA_DEAD102-502 aa

PF01043.27SecA_PP_bind352-458 aa

PF21090.4P-loop_SecA517-806 aa

PF07516.19SecA_SW808-1023 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_037138	`PF07517.21`	SecA_DEAD	102	502	4.4e-121	404.3
LXL04_037138	`PF01043.27`	SecA_PP_bind	352	458	5.9e-38	130.5
LXL04_037138	`PF21090.4`	P-loop_SecA	517	806	9.8e-84	280.8
LXL04_037138	`PF07516.19`	SecA_SW	808	1023	1.1e-55	189.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SYI0`	拟南芥	Protein translocase subunit SECA1, chloroplastic	78.386%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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