LXL04_036477 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_036477

当前版本: OH-1004 染色体: Chr08 坐标: 43014713-43016113 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1320 bp · LXL04_036477|LXL04_036477|OH1004|cDNA

ATGGATTATGTTTTGACCATAGTATATTGCTTTCCTCTCTTCTATCTCTTCTGCATTCTCCtcaatttttttgaaaaaagaAGGCATCAAAACTGTTACATACTCGATTACCAGCTCTACAAACCTTCCGATGACAGGAAACTCTGCACTGAATTTTCCGGAGACATTATCCGGAGGAACAAGAACTTGGGTCTCAACGAATACAAGTTCCTTCTCAAAGCCATCGTAAGTTCCGGCATTGGCGAAGAAACTTACGCCCC...

CDS

下载 CDS FASTA

1320 bp · LXL04_036477|LXL04_036477|OH1004|CDS

ATGGATTATGTTTTGACCATAGTATATTGCTTTCCTCTCTTCTATCTCTTCTGCATTCTCCTCAATTTTTTTGAAAAAAGAAGGCATCAAAACTGTTACATACTCGATTACCAGCTCTACAAACCTTCCGATGACAGGAAACTCTGCACTGAATTTTCCGGAGACATTATCCGGAGGAACAAGAACTTGGGTCTCAACGAATACAAGTTCCTTCTCAAAGCCATCGTAAGTTCCGGCATTGGCGAAGAAACTTACGCCCC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

439 aa · LXL04_036477|LXL04_036477|OH1004|PROTEIN

MDYVLTIVYCFPLFYLFCILLNFFEKRRHQNCYILDYQLYKPSDDRKLCTEFSGDIIRRNKNLGLNEYKFLLKAIVSSGIGEETYAPEMMFEGREENPTHEDAIHEMEEIFEDSIGKLFQRTGIRPESIDVVVVNVSMLTCMPSLSARIVNRYRMRPDVKTYNLSGMGCSASLISINLVQSIFKSKKNQLALVVTSECLTPNWYTGNDKSMILSNCLFRSGGCAMILTNKPSLAHRSMFKLKTMVRTHHGSKDEAYGCCL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_036477`
TK1151 ID	TkA04G042690
OH-1004 ID	LXL04_036477
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)	89.500
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_036477

位置 Chr08:43014713-43016113 (+)

描述 Similar to KCS12: 3-ketoacyl-CoA synthase 12

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g28630`	3-酮酰辅酶A合酶12。	暂无已核实直接文献
`At1g07720`	3-酮酰辅酶A合酶3。	暂无已核实直接文献
`At5g04530`	3-酮酰辅酶A合酶 19。	暂无已核实直接文献
`At2g46720`	参与角质层蜡和木栓质的生物合成（基于相似性推测）。	暂无已核实直接文献
`At1g01120`	有助于角质层蜡和木栓质的生物合成。	KCS1 encodes a fatty acid elongase 3-ketoacyl-CoA synthase affecting wax biosynthesis in Arabidopsis thaliana.1999 · DOI: 10.1046/j.1365-313x.1999.00352.x Specific and differential inhibition of very-long-chain fatty acid elongases from Arabidopsis thaliana by different herbicides.2004 · DOI: 10.1073/pnas.0404600101 Substrate specificity of Arabidopsis 3-ketoacyl-CoA synthases.2006 · DOI: 10.1016/j.bbrc.2006.05.162

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_036477 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000038 very long-chain fatty acid metabolic process 生物过程

GO:0006633 fatty acid biosynthetic process 生物过程

GO:0009409 response to cold 生物过程

GO:0009416 response to light stimulus 生物过程

GO:0010025 wax biosynthetic process 生物过程

GO:0030497 fatty acid elongation 生物过程

GO:0042761 very long-chain fatty acid biosynthetic process 生物过程

GO:0070417 cellular response to cold 生物过程

GO:0160062 cutin-based cuticle development 生物过程

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005783 endoplasmic reticulum 细胞组分

GO:0005789 endoplasmic reticulum membrane 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G01120

ath:AT1G07720

ath:AT2G28630

ath:AT2G46720

ath:AT5G04530

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

内质网0.759

排名 1 · LXL04_036477 · OH-1004

线粒体0.080

排名 2 · LXL04_036477 · OH-1004

细胞质0.077

排名 3 · LXL04_036477 · OH-1004

细胞膜0.070

排名 4 · LXL04_036477 · OH-1004

细胞核0.062

排名 5 · LXL04_036477 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF08392.19FAE1_CUT1_RppA26-313 aa

PF08541.17ACP_syn_III_C336-398 aa

PF02797.22Chal_sti_synt_C339-400 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_036477	`PF08392.19`	FAE1_CUT1_RppA	26	313	3.1e-115	385.2
LXL04_036477	`PF08541.17`	ACP_syn_III_C	336	398	6.3e-07	30.2
LXL04_036477	`PF02797.22`	Chal_sti_synt_C	339	400	9.5e-08	32.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SIB2`	拟南芥	3-ketoacyl-CoA synthase 12	58.643%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9LQP8`	拟南芥	3-ketoacyl-CoA synthase 3	58.099%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9LZ72`	拟南芥	3-ketoacyl-CoA synthase 19	48.678%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9ZUZ0`	拟南芥	3-ketoacyl-CoA synthase 13	40.464%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9MAM3`	拟南芥	3-ketoacyl-CoA synthase 1	40.206%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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