LXL04_036456 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_036456

当前版本: OH-1004 染色体: Chr08 坐标: 42509063-42521620 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

6312 bp · LXL04_036456|LXL04_036456|OH1004|cDNA

ATGACCGTGAATGCCGTTTTCAAATCAGATGCTCTGTTATTTGAGAAACCGATCAGAAGAATGCCGCCATTTGCCATAACTCCGAAAAGCTCTGCTTATTTCTCTGCTCTAACCCAAGAGATCGATAAAAAGCTCCATAGGGCAATAGCTTCAGCAACTCAGAGACGCGATTTATTACAAGCGCTGTTTGCAGACATAGCTTTAGAAGTTGATGATCGAGCCAGAGATATAATTCTTAGCAGAGAAAATGAAACTTCTGA...

CDS

下载 CDS FASTA

6312 bp · LXL04_036456|LXL04_036456|OH1004|CDS

ATGACCGTGAATGCCGTTTTCAAATCAGATGCTCTGTTATTTGAGAAACCGATCAGAAGAATGCCGCCATTTGCCATAACTCCGAAAAGCTCTGCTTATTTCTCTGCTCTAACCCAAGAGATCGATAAAAAGCTCCATAGGGCAATAGCTTCAGCAACTCAGAGACGCGATTTATTACAAGCGCTGTTTGCAGACATAGCTTTAGAAGTTGATGATCGAGCCAGAGATATAATTCTTAGCAGAGAAAATGAAACTTCTGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

2103 aa · LXL04_036456|LXL04_036456|OH1004|PROTEIN

MTVNAVFKSDALLFEKPIRRMPPFAITPKSSAYFSALTQEIDKKLHRAIASATQRRDLLQALFADIALEVDDRARDIILSRENETSETMAEVQAPICFYDVLADHFSLQPENGKPVLVLIVQLWSQPFASHIFSLLFHKWLFEVQLDGSDTLLRYSSALVQGATNVFWIDVQTNTTHFKSLFLYLFEEVALVPERLKKIPLQTQRDLFLLLSRFIFLYNLVDKIEGFLKNFPDYPNAFLVGGPADILVIELSDQLQKLKV...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_036456`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_036456

位置 Chr08:42509063-42521620 (+)

描述 Similar to At5g59900: Putative pentatricopeptide repeat-containing protein At5g59900

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g59900`	推测的五肽重复蛋白（pentatricopeptide repeat-containing protein）At5g59900。	暂无已核实直接文献
`At5g55840`	含五重复肽（Pentatricopeptide）蛋白 At5g55840。	暂无已核实直接文献
`At5g39710`	含五重复肽序列蛋白 At5g39710。	暂无已核实直接文献
`At5g14770`	含五肽重复序列的蛋白At5g14770，线粒体。	暂无已核实直接文献
`At5g01110`	含五聚体肽重复的蛋白 At5g01110。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_036456 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0003729 mRNA binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT5G39710

ath:AT5G59900

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.364

排名 1 · LXL04_036456 · OH-1004

细胞核0.216

排名 2 · LXL04_036456 · OH-1004

线粒体0.183

排名 3 · LXL04_036456 · OH-1004

细胞质0.146

排名 4 · LXL04_036456 · OH-1004

细胞膜0.047

排名 5 · LXL04_036456 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF30847.1DUF874936-340 aa

PF13041.13PPR_2599-640 aa

PF12854.14PPR_1623-650 aa

PF13041.13PPR_2627-675 aa

PF01535.27PPR629-658 aa

PF13041.13PPR_2662-708 aa

PF17177.11PPR_long681-796 aa

PF13812.13PPR_3727-780 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_036456	`PF30847.1`	DUF8749	36	340	6.6e-144	479.9
LXL04_036456	`PF13041.13`	PPR_2	599	640	2.4e-176	572.6
LXL04_036456	`PF12854.14`	PPR_1	623	650	4.4e-147	478.2
LXL04_036456	`PF13041.13`	PPR_2	627	675	2.4e-176	572.6
LXL04_036456	`PF01535.27`	PPR	629	658	4e-112	359.7
LXL04_036456	`PF13041.13`	PPR_2	662	708	2.4e-176	572.6
LXL04_036456	`PF17177.11`	PPR_long	681	796	3.9e-44	151.3
LXL04_036456	`PF13812.13`	PPR_3	727	780	2.5e-61	204.4
LXL04_036456	`PF12854.14`	PPR_1	730	759	4.4e-147	478.2
LXL04_036456	`PF13041.13`	PPR_2	731	780	2.4e-176	572.6
LXL04_036456	`PF01535.27`	PPR	735	763	4e-112	359.7
LXL04_036456	`PF12854.14`	PPR_1	762	795	4.4e-147	478.2
LXL04_036456	`PF13041.13`	PPR_2	768	815	2.4e-176	572.6
LXL04_036456	`PF01535.27`	PPR	769	798	4e-112	359.7
LXL04_036456	`PF13812.13`	PPR_3	791	848	2.5e-61	204.4
LXL04_036456	`PF12854.14`	PPR_1	798	830	4.4e-147	478.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FJE6`	拟南芥	Putative pentatricopeptide repeat-containing protein At5g59900	51.981%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9LVQ5`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At5g55840	26.510%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9FIX3`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At5g39710	29.186%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9LER0`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At5g14770, mitochondrial	26.221%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9LFC5`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At5g01110	26.275%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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