LXL04_036443 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_036443

当前版本: OH-1004 染色体: Chr08 坐标: 42130474-42132754 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1413 bp · LXL04_036443|LXL04_036443|OH1004|cDNA

ATGGGGCAGGGTCTTAGTTGCAGAATACCGGATGAACATGGCTTGTTCACCGCAGTACAGTTTGGCGATTTGGAGATTGTGAAGACTGTTTTGGAAAGAGATCCATCTCTTCTTCAACAAAAGACCGTTTATGATCGCCATTCTGCTCTTCACATAGCTGCTGCCAATGGCCAGATCGAGGTTCGTGGTTTGAGATTTCACGATTTCTCTGTTCGAAATTTGGTGCTTTATTCGGATATTGATATAATTCTTTCTATGCT...

CDS

下载 CDS FASTA

1413 bp · LXL04_036443|LXL04_036443|OH1004|CDS

ATGGGGCAGGGTCTTAGTTGCAGAATACCGGATGAACATGGCTTGTTCACCGCAGTACAGTTTGGCGATTTGGAGATTGTGAAGACTGTTTTGGAAAGAGATCCATCTCTTCTTCAACAAAAGACCGTTTATGATCGCCATTCTGCTCTTCACATAGCTGCTGCCAATGGCCAGATCGAGGTTCGTGGTTTGAGATTTCACGATTTCTCTGTTCGAAATTTGGTGCTTTATTCGGATATTGATATAATTCTTTCTATGCT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

470 aa · LXL04_036443|LXL04_036443|OH1004|PROTEIN

MGQGLSCRIPDEHGLFTAVQFGDLEIVKTVLERDPSLLQQKTVYDRHSALHIAAANGQIEVRGLRFHDFSVRNLVLYSDIDIILSMLLENRSVNPDSVNRHKQTPLMLAAMHGKIACVEKLIEAGANVLMFDSLNGRTCLHYAAYYGHSDCLQTILSSARTSHIASSWGFSRFVNIRGGKGETPLHLAARQRRPECVHILLDNGALACASTGGHGLPGSTPLHLAARGGSIDCIRKLLAWGADRLQRDASGRIPYAVALK...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_036443`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_036443

位置 Chr08:42130474-42132754 (-)

描述 Similar to XBAT31: Putative E3 ubiquitin-protein ligase XBAT31

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g28840`	当与E2酶UBC8在体外结合时，未观察到E3泛素-蛋白连接酶活性。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os05g0112000`	E3 泛素蛋白连接酶，需用于 XA21 LRR 受体激酶的充分积累及 XA21 介导的抗病性。	暂无已核实直接文献
`Os01g0974400`	可能的 E3 泛素-蛋白连接酶 XBOS31。	暂无已核实直接文献
`Os08g0258200`	可能的E3泛素蛋白连接酶XBOS35。	暂无已核实直接文献
`Os02g0791200`	可能的E3泛素-蛋白连接酶XBOS32。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_036443 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009408 response to heat 生物过程

GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程

GO:0042742 defense response to bacterium 生物过程

GO:0051865 protein autoubiquitination 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0004842 ubiquitin-protein transferase activity 分子功能

GO:0008270 zinc ion binding 分子功能

GO:0061630 ubiquitin protein ligase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G28840

dosa:Os01g0974400

dosa:Os02g0791200

dosa:Os05g0112000

dosa:Os08g0258200

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.566

排名 1 · LXL04_036443 · OH-1004

细胞核0.270

排名 2 · LXL04_036443 · OH-1004

细胞膜0.165

排名 3 · LXL04_036443 · OH-1004

高尔基体0.106

排名 4 · LXL04_036443 · OH-1004

溶酶体／液泡0.095

排名 5 · LXL04_036443 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF12796.14Ank_215-129 aa

PF12796.14Ank_284-158 aa

PF13857.13Ank_587-133 aa

PF00023.37Ank103-130 aa

PF13637.13Ank_4109-154 aa

PF12796.14Ank_2135-205 aa

PF00023.37Ank135-158 aa

PF13857.13Ank_5174-205 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_036443	`PF12796.14`	Ank_2	15	129	3.2e-52	175.8
LXL04_036443	`PF12796.14`	Ank_2	84	158	3.2e-52	175.8
LXL04_036443	`PF13857.13`	Ank_5	87	133	9.4e-29	99.9
LXL04_036443	`PF00023.37`	Ank	103	130	6.5e-35	117.9
LXL04_036443	`PF13637.13`	Ank_4	109	154	3e-26	91.6
LXL04_036443	`PF12796.14`	Ank_2	135	205	3.2e-52	175.8
LXL04_036443	`PF00023.37`	Ank	135	158	6.5e-35	117.9
LXL04_036443	`PF13857.13`	Ank_5	174	205	9.4e-29	99.9
LXL04_036443	`PF12796.14`	Ank_2	179	243	3.2e-52	175.8
LXL04_036443	`PF00023.37`	Ank	181	205	6.5e-35	117.9
LXL04_036443	`PF13606.13`	Ank_3	181	205	3.9e-28	94.8
LXL04_036443	`PF13637.13`	Ank_4	185	238	3e-26	91.6
LXL04_036443	`PF12796.14`	Ank_2	218	270	3.2e-52	175.8
LXL04_036443	`PF00023.37`	Ank	218	248	6.5e-35	117.9
LXL04_036443	`PF13857.13`	Ank_5	218	258	9.4e-29	99.9
LXL04_036443	`PF24921.2`	RING_XB3-XBAT31	345	400	7.9e-22	77.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q94B55`	拟南芥	Putative E3 ubiquitin-protein ligase XBAT31	63.825%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q65XV2`	水稻	E3 ubiquitin-protein ligase XB3	61.684%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q94CT7`	水稻	Probable E3 ubiquitin-protein ligase XBOS31	50.939%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q7EZ44`	水稻	Probable E3 ubiquitin-protein ligase XBOS35	28.166%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q6KAE5`	水稻	Probable E3 ubiquitin-protein ligase XBOS32	29.930%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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