LXL04_036058 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_036058

当前版本: OH-1004 染色体: Chr08 坐标: 34828158-34831786 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1551 bp · LXL04_036058|LXL04_036058|OH1004|cDNA

ATGGCTGCCGCAGCCGGAAACGCCGCCGTTACTTCTAAAGCTCCTGCATTCGGCGCAAGATCTTCAAAGATTTCCGATGCCCATTTGAATTCGGTTCGTTTCAGGAAACCCCTTTTCGGATTTCGATATAATATTGAACGGAAATGGGGGAATTTGTCACTGCAAGGTGGCGGCGCGAGGAACATAGAGGCGATTGTAGAGAGAGGGAAAAAAAGTAGGGGGTTGGTGAAGTGTACGGCGGAGGGGATCGAGAGAGGAAT...

CDS

下载 CDS FASTA

1551 bp · LXL04_036058|LXL04_036058|OH1004|CDS

ATGGCTGCCGCAGCCGGAAACGCCGCCGTTACTTCTAAAGCTCCTGCATTCGGCGCAAGATCTTCAAAGATTTCCGATGCCCATTTGAATTCGGTTCGTTTCAGGAAACCCCTTTTCGGATTTCGATATAATATTGAACGGAAATGGGGGAATTTGTCACTGCAAGGTGGCGGCGCGAGGAACATAGAGGCGATTGTAGAGAGAGGGAAAAAAAGTAGGGGGTTGGTGAAGTGTACGGCGGAGGGGATCGAGAGAGGAAT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

516 aa · LXL04_036058|LXL04_036058|OH1004|PROTEIN

MAAAAGNAAVTSKAPAFGARSSKISDAHLNSVRFRKPLFGFRYNIERKWGNLSLQGGGARNIEAIVERGKKSRGLVKCTAEGIERGILTGGRGQEGTFVMPERLKVVALMACVMCLCNADRVVMSVAIVPLAAKHGWSSSFLGIVQSSFLWGYIFSSVIGGALVDKYGGKRVIAWGVALWSLATLLTPWAANHSTIALLAVRAFFGLAEGVALPSMNILLSKWFPCNERATAVGLSMGGFHLGNVVGLVLTPIVMSSVGL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_036058`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_036058

位置 Chr08:34828158-34831786 (-)

描述 Similar to ANTR3: Probable anion transporter 3, chloroplastic

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g38060`	无机磷酸盐和可能的阴离子转运蛋白。	暂无已核实直接文献
`At3g46980`	无机磷酸盐和可能的阴离子转运蛋白。	暂无已核实直接文献
`At2g29650`	特异性用于通过类囊体膜的无机磷酸盐转运，依赖钠离子。	Arabidopsis ANTR1 is a thylakoid Na+-dependent phosphate transporter: functional characterization in Escherichia coli.2008 · DOI: 10.1074/jbc.m709371200

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os05g0451100`	可能的阴离子转运蛋白。	暂无已核实直接文献
`Os01g0852200`	可能的阴离子转运蛋白。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_036058 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006811 monoatomic ion transport 生物过程

GO:0006814 sodium ion transport 生物过程

GO:0009416 response to light stimulus 生物过程

GO:0009624 response to nematode 生物过程

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0009535 chloroplast thylakoid membrane 细胞组分

GO:0009536 plastid 细胞组分

GO:0009579 thylakoid 细胞组分

GO:0031969 chloroplast membrane 细胞组分

GO:0005315 phosphate transmembrane transporter activity 分子功能

GO:0015293 symporter activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G29650

ath:AT2G38060

ath:AT3G46980

dosa:Os01g0852200

dosa:Os05g0451100

osa:4324813

osa:4338960

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.948

排名 1 · LXL04_036058 · OH-1004

线粒体0.034

排名 2 · LXL04_036058 · OH-1004

高尔基体0.027

排名 3 · LXL04_036058 · OH-1004

过氧化物酶体0.025

排名 4 · LXL04_036058 · OH-1004

内质网0.022

排名 5 · LXL04_036058 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF07690.22MFS_1112-474 aa

PF00083.31Sugar_tr138-273 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_036058	`PF07690.22`	MFS_1	112	474	9.1e-49	166.9
LXL04_036058	`PF00083.31`	Sugar_tr	138	273	9.8e-07	28.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q7XJR2`	拟南芥	Probable anion transporter 3, chloroplastic	71.063%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q66GI9`	拟南芥	Probable anion transporter 4, chloroplastic	59.953%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`O82390`	拟南芥	Sodium-dependent phosphate transport protein 1, chloroplastic	42.651%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q53WP9`	水稻	Probable anion transporter 2, chloroplastic	69.544%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q8W0H5`	水稻	Probable anion transporter 3, chloroplastic	58.531%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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