LXL04_035878 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_035878

当前版本: OH-1004 染色体: Chr08 坐标: 31103087-31105376 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1521 bp · LXL04_035878|LXL04_035878|OH1004|cDNA

ATGTCTCTCCTTCTTCATCATCCATGTTGTAAGTTTCTGCCTCCCTTAGATACCTTCTTTATCTGCAAAACCCCCATTAACAGATTCATTTCTTTCCCTAAACCCCCCAAACACTTCGACAACCTACCTTCTCTTACCAAATACCCAATCTTTAGAACCACCCATGTTGTAAATTGCTCGAATAACGAAGTCATTGATGAATTTACAAACACTCAATTGGACCAAACTCAAGAAAATGAGATCGAAGAGCTTGGATTGTT...

CDS

下载 CDS FASTA

1521 bp · LXL04_035878|LXL04_035878|OH1004|CDS

ATGTCTCTCCTTCTTCATCATCCATGTTGTAAGTTTCTGCCTCCCTTAGATACCTTCTTTATCTGCAAAACCCCCATTAACAGATTCATTTCTTTCCCTAAACCCCCCAAACACTTCGACAACCTACCTTCTCTTACCAAATACCCAATCTTTAGAACCACCCATGTTGTAAATTGCTCGAATAACGAAGTCATTGATGAATTTACAAACACTCAATTGGACCAAACTCAAGAAAATGAGATCGAAGAGCTTGGATTGTT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

506 aa · LXL04_035878|LXL04_035878|OH1004|PROTEIN

MSLLLHHPCCKFLPPLDTFFICKTPINRFISFPKPPKHFDNLPSLTKYPIFRTTHVVNCSNNEVIDEFTNTQLDQTQENEIEELGLLGKPSPMPISVPPPPEVEDEHIKPQKEEVLEPFYKFFRDGKSVEDTSDSEDVSDEISIEEEEEEDKKVSVEYYDPKQGDFVVGVVVSGNEYKLDVNIGADLLGTMLTKEVLPLYDKELDNLLCDFEKNAEEFFTKGKIGIVRNQEALSGGPVAGQSVVEHGTVLFAEVLGRTLS...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_035878`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_035878

位置 Chr08:31103087-31105376 (-)

描述 Similar to PDE338: Protein PIGMENT DEFECTIVE 338, chloroplastic

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g71720`	RNA 结合蛋白，作为 RNA 伴侣来重塑 RNA 结构并激活其翻译。	A novel RNA binding protein affects rbcL gene expression and is specific to bundle sheath chloroplasts in C4 plants.2013 · DOI: 10.1186/1471-2229-13-138 PBR1 selectively controls biogenesis of photosynthetic complexes by modulating translation of the large chloroplast gene Ycf1 in Arabidopsis.2016 · DOI: 10.1038/celldisc.2016.3
`At5g30510`	在光合作用和生长方面实现最佳质体性能所必需的。	Downregulation of chloroplast RPS1 negatively modulates nuclear heat-responsive expression of HsfA2 and its target genes in Arabidopsis.2012 · DOI: 10.1371/journal.pgen.1002669

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_035878 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006412 translation 生物过程

GO:0009416 response to light stimulus 生物过程

GO:0009657 plastid organization 生物过程

GO:0010196 nonphotochemical quenching 生物过程

GO:0032544 plastid translation 生物过程

GO:0043489 RNA stabilization 生物过程

GO:0045727 positive regulation of translation 生物过程

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0005840 ribosome 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0009536 plastid 细胞组分

GO:0009570 chloroplast stroma 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G71720

ath:AT5G30510

syc:syc0836_d

syn:slr1356

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.940

排名 1 · LXL04_035878 · OH-1004

细胞核0.052

排名 2 · LXL04_035878 · OH-1004

线粒体0.050

排名 3 · LXL04_035878 · OH-1004

细胞质0.028

排名 4 · LXL04_035878 · OH-1004

细胞膜0.016

排名 5 · LXL04_035878 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF31157.1RLSB_S1166-274 aa

PF00575.30S1363-422 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_035878	`PF31157.1`	RLSB_S1	166	274	5.8e-56	188.2
LXL04_035878	`PF00575.30`	S1	363	422	4.4e-14	53.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9M9H4`	拟南芥	Protein PIGMENT DEFECTIVE 338, chloroplastic	63.529%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q93VC7`	拟南芥	Small ribosomal subunit protein bS1c	27.660%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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