LXL04_035866 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_035866

当前版本: OH-1004 染色体: Chr08 坐标: 30934961-30942281 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2130 bp · LXL04_035866|LXL04_035866|OH1004|cDNA

atgCAACGTATTCAAAAAGCTTCACTCCAGTCACCAGGTATCTCCTCTAATGGAACTTCATCTTCACGGGGGATTTTCCGAGGTTTAAGCTTTAAAAAGAAGGATCATATTCCTCCTAATGGTGAAAGCAGCTCTCTTCTTCCTTCCGACTCAAATGCACCACCGCCTGAAAGCCCTCTTGTCCCCAACACCGCCTCCCATTTATATCGGAAACGCTGCACATCTCTTCCAGTCAAACACACATCAAATCCTTCTCCGTC...

CDS

下载 CDS FASTA

1995 bp · LXL04_035866|LXL04_035866|OH1004|CDS

ATGCAACGTATTCAAAAAGCTTCACTCCAGTCACCAGGTATCTCCTCTAATGGAACTTCATCTTCACGGGGGATTTTCCGAGGTTTAAGCTTTAAAAAGAAGGATCATATTCCTCCTAATGGTGAAAGCAGCTCTCTTCTTCCTTCCGACTCAAATGCACCACCGCCTGAAAGCCCTCTTGTCCCCAACACCGCCTCCCATTTATATCGGAAACGCTGCACATCTCTTCCAGTCAAACACACATCAAATCCTTCTCCGTC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

664 aa · LXL04_035866|LXL04_035866|OH1004|PROTEIN

MQRIQKASLQSPGISSNGTSSSRGIFRGLSFKKKDHIPPNGESSSLLPSDSNAPPPESPLVPNTASHLYRKRCTSLPVKHTSNPSPSATTPISARTYNEQQKSQIWAAQASVSRSLSVPGRNIVIVRSISFAARKDNDKIDSVDDEIGGVEVENDEEIDEEEAICRICFDPCDEGNQLKMECSCKGALRLVHEECAAKWFSVKGNKNCDVCGREVSNLPCVAGFCGAGFDKYNLLLLLPRAASDDSILSRQPYHQRFSNR...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_035866`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_035866

位置 Chr08:30934961-30942281 (+)

描述 Similar to ACA8: Calcium-transporting ATPase 8, plasma membrane-type

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g57110`	这种依赖镁的酶催化ATP的水解，同时将钙从胞质转运出细胞。	暂无已核实直接文献
`At4g29900`	这种镁依赖性酶催化ATP的水解，同时将钙从胞质转运到内质网。	暂无已核实直接文献
`At3g21180`	这种依赖镁的酶催化ATP水解，并伴随钙离子从胞质转运出细胞或进入细胞器。	暂无已核实直接文献
`At3g57330`	这种依赖镁的酶催化ATP水解，并伴随钙离子从胞质转运出细胞或进入细胞器。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os04g0605500`	这种依赖镁的酶催化 ATP 水解，并伴随钙从细胞质外运入内质网或细胞器（通过相似性）。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_035866 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009409 response to cold 生物过程

GO:0009414 response to water deprivation 生物过程

GO:0009555 pollen development 生物过程

GO:0009567 double fertilization forming a zygote and endosperm 生物过程

GO:0009624 response to nematode 生物过程

GO:0051480 regulation of cytosolic calcium ion concentration 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0009506 plasmodesma 细胞组分

GO:0009536 plastid 细胞组分

GO:0016020 membrane 细胞组分

GO:0005388 P-type calcium transporter activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G21180

ath:AT4G29900

ath:AT5G57110

dosa:Os04g0605500

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.273

排名 1 · LXL04_035866 · OH-1004

内质网0.235

排名 2 · LXL04_035866 · OH-1004

细胞质0.166

排名 3 · LXL04_035866 · OH-1004

细胞核0.163

排名 4 · LXL04_035866 · OH-1004

高尔基体0.142

排名 5 · LXL04_035866 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF12906.14RINGv165-211 aa

PF00122.26E1-E2_ATPase393-484 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_035866	`PF12906.14`	RINGv	165	211	1.8e-13	51.1
LXL04_035866	`PF00122.26`	E1-E2_ATPase	393	484	2.3e-17	63.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LF79`	拟南芥	Calcium-transporting ATPase 8, plasma membrane-type	57.704%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9SZR1`	拟南芥	Calcium-transporting ATPase 10, plasma membrane-type	56.818%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9LU41`	拟南芥	Calcium-transporting ATPase 9, plasma membrane-type	67.347%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9M2L4`	拟南芥	Putative calcium-transporting ATPase 11, plasma membrane-type	39.118%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q7X8B5`	水稻	Calcium-transporting ATPase 5, plasma membrane-type	57.792%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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