LXL04_035863 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_035863

当前版本: OH-1004 染色体: Chr08 坐标: 30884356-30886089 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1734 bp · LXL04_035863|LXL04_035863|OH1004|cDNA

ATGGCCACCGCCGTCGAGCCGTTACTGCAAAAGTGCTCCACCCTCGCCCAAATTAAACAATTTCAAGCTCACCTCATCACCACCGGTATTTTCCAGTTTCAACCTTCTCCTCGTGCCAAATTCCTAGAAGTATGCTCCACCTCCTCTGCCGCAGCCAGCCTCCTCTACGCCGTCGAAATCTTCCGTCACATTGCGTCCCCCGTGACTAATGACTGGAACGCCATCATCCGCGGCCTCGCCCAGAGCCATCAACCAGCCGA...

CDS

下载 CDS FASTA

1734 bp · LXL04_035863|LXL04_035863|OH1004|CDS

ATGGCCACCGCCGTCGAGCCGTTACTGCAAAAGTGCTCCACCCTCGCCCAAATTAAACAATTTCAAGCTCACCTCATCACCACCGGTATTTTCCAGTTTCAACCTTCTCCTCGTGCCAAATTCCTAGAAGTATGCTCCACCTCCTCTGCCGCAGCCAGCCTCCTCTACGCCGTCGAAATCTTCCGTCACATTGCGTCCCCCGTGACTAATGACTGGAACGCCATCATCCGCGGCCTCGCCCAGAGCCATCAACCAGCCGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

577 aa · LXL04_035863|LXL04_035863|OH1004|PROTEIN

MATAVEPLLQKCSTLAQIKQFQAHLITTGIFQFQPSPRAKFLEVCSTSSAAASLLYAVEIFRHIASPVTNDWNAIIRGLAQSHQPADAVAFYRQGLRMLTCKPDALTCSFTLKACARALACNEAIQIHSQVIRFGFIADILLQTTLLDVYAKSGYLDNARKLFDEMSNRDVTCWNAMIAGLAQGNQPNEALQLFTRMRDLGFKPNEITVLGALSACAQLGVVREGENIYNYIKNQNLEKNEQVCNVVIDMFGKCGYVTKA...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_035863`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_035863

位置 Chr08:30884356-30886089 (-)

描述 Similar to PCMP-H68: Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g34160

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g34160`	含五重复肽序列蛋白At1g34160。	暂无已核实直接文献
`At4g21065`	含五聚肽重复的蛋白质 At4g21065。	暂无已核实直接文献
`At3g56550`	含五肽重复的蛋白At3g56550。	暂无已核实直接文献
`At5g06540`	含五肽重复序列的蛋白 At5g06540。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os12g0270200`	参与线粒体中多个位点的RNA编辑事件。	Rice OGR1 encodes a pentatricopeptide repeat-DYW protein and is essential for RNA editing in mitochondria.2009 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2009.03909.x

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_035863 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006397 mRNA processing 生物过程

GO:0009451 RNA modification 生物过程

GO:0080156 mitochondrial mRNA modification 生物过程

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0003723 RNA binding 分子功能

GO:0003729 mRNA binding 分子功能

GO:0008270 zinc ion binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G34160

ath:AT3G56550

ath:AT4G21065

ath:AT5G06540

dosa:Os12g0270200

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.624

排名 1 · LXL04_035863 · OH-1004

质体0.221

排名 2 · LXL04_035863 · OH-1004

细胞核0.061

排名 3 · LXL04_035863 · OH-1004

细胞质0.036

排名 4 · LXL04_035863 · OH-1004

细胞膜0.006

排名 5 · LXL04_035863 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13041.13PPR_2144-172 aa

PF01535.27PPR144-170 aa

PF13041.13PPR_2169-217 aa

PF01535.27PPR173-202 aa

PF29070.1MSC6_N193-286 aa

PF17177.11PPR_long212-369 aa

PF13041.13PPR_2241-269 aa

PF13041.13PPR_2273-318 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_035863	`PF13041.13`	PPR_2	144	172	1.2e-45	154.1
LXL04_035863	`PF01535.27`	PPR	144	170	2.4e-44	147.2
LXL04_035863	`PF13041.13`	PPR_2	169	217	1.2e-45	154.1
LXL04_035863	`PF01535.27`	PPR	173	202	2.4e-44	147.2
LXL04_035863	`PF29070.1`	MSC6_N	193	286	5.8e-11	42.8
LXL04_035863	`PF17177.11`	PPR_long	212	369	2e-08	34.6
LXL04_035863	`PF13041.13`	PPR_2	241	269	1.2e-45	154.1
LXL04_035863	`PF13041.13`	PPR_2	273	318	1.2e-45	154.1
LXL04_035863	`PF01535.27`	PPR	274	304	2.4e-44	147.2
LXL04_035863	`PF20431.5`	E_motif	389	450	1.4e-21	77.2
LXL04_035863	`PF14432.13`	DYW_deaminase	487	577	1.4e-36	124.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FX24`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g34160	55.746%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`A8MQA3`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At4g21065	39.555%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9LXY5`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g56550	37.564%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9FG16`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At5g06540	38.322%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`B8YEK4`	水稻	Pentatricopeptide repeat-containing protein OGR1, mitochondrial	50.937%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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